Doluca, Osman

Profile Picture
Profile URL
https://hdl.handle.net/20.500.14365/6710
Name Variants
Doluca, Osman
Doluca, O.
Job Title
Email Address
osman.doluca@ieu.edu.tr
Main Affiliation
05.02. Biomedical Engineering
Status
Current Staff
Website
ORCID ID
0000-0003-0412-6148
Scopus Author ID
36056081300
Turkish CoHE Profile ID
E202654C8764B0AF
Google Scholar ID
JuoIbVcAAAAJ
WoS Researcher ID
AAQ-5263-2021
Files
Osman_Doluca.jpg (10.23 KB)

Sustainable Development Goals

NO POVERTY1
NO POVERTY
0
Research Products
ZERO HUNGER2
ZERO HUNGER
1
Research Products
GOOD HEALTH AND WELL-BEING3
GOOD HEALTH AND WELL-BEING
8
Research Products
QUALITY EDUCATION4
QUALITY EDUCATION
1
Research Products
GENDER EQUALITY5
GENDER EQUALITY
0
Research Products
CLEAN WATER AND SANITATION6
CLEAN WATER AND SANITATION
3
Research Products
AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY7
AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY
4
Research Products
DECENT WORK AND ECONOMIC GROWTH8
DECENT WORK AND ECONOMIC GROWTH
1
Research Products
INDUSTRY, INNOVATION AND INFRASTRUCTURE9
INDUSTRY, INNOVATION AND INFRASTRUCTURE
4
Research Products
REDUCED INEQUALITIES10
REDUCED INEQUALITIES
0
Research Products
SUSTAINABLE CITIES AND COMMUNITIES11
SUSTAINABLE CITIES AND COMMUNITIES
0
Research Products
RESPONSIBLE CONSUMPTION AND PRODUCTION12
RESPONSIBLE CONSUMPTION AND PRODUCTION
2
Research Products
CLIMATE ACTION13
CLIMATE ACTION
3
Research Products
LIFE BELOW WATER14
LIFE BELOW WATER
1
Research Products
LIFE ON LAND15
LIFE ON LAND
1
Research Products
PEACE, JUSTICE AND STRONG INSTITUTIONS16
PEACE, JUSTICE AND STRONG INSTITUTIONS
0
Research Products
PARTNERSHIPS FOR THE GOALS17
PARTNERSHIPS FOR THE GOALS
0
Research Products
Documents

29

Citations

585

h-index

12

Go to Scopus profile
Documents

26

Citations

539

Go to WoS profile
Scholarly Output

37

Articles

20

Views / Downloads

273/474

Supervised MSc Theses

10

Supervised PhD Theses

0

WoS Citation Count

300

Scopus Citation Count

310

Patents

0

Projects

7

WoS Citations per Publication

8.11

Scopus Citations per Publication

8.38

Open Access Source

21

Supervised Theses

10

JournalCount
26th IEEE Signal Processing and Communications Applications Conference, SIU 20181
3rd International Informatics and Software Engineering Conference, IISEC 20221
58th Conference of the European-Society-of-Human-Genetics (ESHG) -- MAY 24-27, 2025 -- Milan, ITALY1
Applied Machine Learning and Multi-criteria Decision-making in Healthcare1
Bıoorganıc Chemıstry1
Current Page: 1 / 6

Scopus Quartile Distribution

Competency Cloud

GCRIS Competency Cloud

Filters

2016 - 201972020 - 202630
Reset filters

Settings

Scholarly Output Search Results

Now showing 1 - 10 of 37
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 1
    Citation - Scopus: 1
    Evaluation of Lateral Flow and Elisa Techniques for Detecting Igg and Igm Antibodies in Covid-19 Cases in Turkiye
    (Who Eastern Mediterranean Regional Office, 2023-02-26) Arikan, Ayse; Doluca, Osman; Akhan, Sila; Sanlidag, Tamer; Sayan, Murat
    Background: Antibody testing can complement molecular assays for detecting COVID-19.Aims: We evaluated the concurrence between lateral flow assay and enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for the detection of antibodies in severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2).Methods: The study was conducted at Kocaeli University, Turkiye. We used a lateral flow assay and ELISA to test serum samples from COVID-19 cases, confirmed by polymerase chain reaction assays (study group) and pre-pandemic stored serum samples (control group). We used Deming regression to evaluate the antibody measurements.Results: The study group included 100 COVID-19 cases, and the control group included pre-pandemic samples from 156 individuals. The lateral flow assay detected immunoglobulin M (IgM) and G (IgG) antibodies in 35 and 37 study group samples. ELISA detected IgM nucleocapsid (N) antibodies in 18 samples, and IgG (N) and IgG spike 1 (S1) antibodies in 31 and 29 samples, respectively. None of the techniques detected antibodies in the control samples. Strong correlations were found between lateral flow IgG (N+ receptor-binding domain + S1) and ELISA IgG (S) (r = 0.93, P < 0.01) and ELISA IgG (N) (r = 0.81, P < 0.01). Weaker correlations were seen between ELISA IgG S and IgG N (r = 0.79, P < 0.01) and lateral flow assay and ELISA IgM (N) (r = 0.70, P < 0.01).Conclusion: Lateral flow assay and ELISA techniques gave consistent results for IgG/IgM antibody measurements towards spike and nucleocapsid proteins, suggesting that both methods can be used to detect COVID-19 where access to molecular test kits is difficult.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Effect of Dna G-Quadruplex Structures (g4) on Prokaryotic Gene Expression
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Gürz, Erokay; Doluca, Osman
    DNA G-dörtlüleri (G4s), birkaç nükleotid aralıklı dört ardışık guanin tract'i içeren bir motife sahip olan ve Hoogsteen bağı ile bağlı üst üste dört guanin tetrad oluşturan 4 iplikli ikincil DNA yapılarıdır. G-dörtlüleri, birçok organizmada önemli genomik bölgelerde bulunurlar ve moleküler yapıları ve hücredeki işlevsel rolleri açısından kapsamlı olarak araştırılmışlardır. Grubumuz tarafından E. coli genomunda hem G4 hem de hairpin yapıları oluşturabilen, bunlar arasında geçiş yapabilen ve gen ifadesi üzerinde düzenleyici rolü olduğu varsayılan bir G4 motifi tanımlanmıştır. Gen ifadesinin işlevsel etkileri belirli G4 yapıları için çok değişken olabileceğinden, bu G4'ün gen düzenlemesi üzerindeki rolünü araştırmayı amaçladık. GFP raportör gen yapısının promotör bölgesine G4'ün varyantlarını ekledik, vektörü E. coli'ye transforme ettik ve floresan spektroskopisi ile gen ifadesini ölçtük. Ayrıca, gen ekspresyonu üzerindeki etkilerini daha kapsamlı bir şekilde araştırmak için hücreleri G4 yapısını stabilize ettiği bilinen ligandlar olan LiCl ve TMPyP4 ile muamele ettik. Gen ekspresyonunu etkileyen değişebilen anahtar mekanizmasında G4 yapısının hairpinden daha etkili olduğunu bulduk. Varyant grupları arasında, LiCl uygulaması genel ekspresyon modelini değiştirmedi ve TMPyP4 uygulaması, zayıflatma özelliği veya diziye özgü öngörülemeyen DNA ikincil yapısı etkileşimi ile ilgili olabilecek tutarsız bir model verdi. Bu sonuçlar, bu değişebilen G4'ler tarafından E. coli'deki gen ekspresyon mekanizmasının düzenlenmesinin anlaşılmasına olanak tanımaktadır.
  • Thumbnail Image
    Research Project
    İnsan Genomunda Bulunan G-dörtlülerinin Sınıflandırılarak Korunmuş Motiflerin Keşfi ve Varyantlarının Analizi
    (2019) Kaplan, Oktay İsmail; Doluca, Osman
    DNA motifileri proteinlerin amino asit dizilerinin saklanmasının yanı sıra genlerin regülasyonunda görev alan kısa DNA dizileridir. Bu diziler transkripsiyon faktörleri ya da diğer enzimlerle etkileşim göstererek gen regülasyonunda rol alabilmektedirler. Bu motiflerden bazıları DNA’nın bilindik 2 zincirli B-formun haricindeki sıradışı formlarını alarak bu etkileşimi tetikleyebilmektedirler. Bu sıradışı formlardan biri de G-dörtlüsü olarak bilinen, guanince zengin DNA yada RNA dizilerince oluşturulabilen yapılardır. G-dörtlüleri kendi aralarında birçok yapısal farklılık gösterebilen ve bu nedenle farklı rollere sahip bir yapı grubudur. Bu yapılar özellikle promotor bölgesi gibi regülasyonda etkili bölgelerde oluşarak transkripsiyonu etkileyebilmektedirler. Ancak bu yapıların tespiti ve rolleri konusunda çalışmalar devam etmekle beraber insan genomunda tahmin edilen 700.000’in üzerindeki G-dörtlüsünün rollerinin ve analizlerinin yapılması zaman ve emek alan bir süreçtir. Bu nedenle biyoenformatik yöntemler ile ön analiz ve tahminler yapılması ilgi çekmekte, varsa bu yapılardaki patojenik etkilerinin ortaya çıkarılması için tıbbi anlamda değer taşımaktadır. Bu çalışmada TÜBİTAK desteği ile Gdörtlülerinin tahmininden, sınıflandırılması ve ilişkilendirilmiş patojenik varyasyonların tespitine kadar gerekli bir seri biyoenformatik teknikler geliştirilmiş ve insan genomu için uygulanmıştır. İlk aşamada G-dörtlüsü tahmini için yeni bir algoritma geliştirilmiş ve başarısı yayınlanan makale ve bildiriler ile gösterilmiştir. Ardından insan genomunda tahmin edilen G-dörtlüleri bulunmuş, sınıflandırılarak farklı G-dörtlüsü motifleri ortaya çıkarılmıştır. Bulunan G-dörtlülerin patojenik etkisi bilinen varyasyonlar ile eşleştirilmiş ve bu varyasyonların etkisinin G-dörtlüsü yapısını etkileyerek gerçekleşip gerçekleşmediğinin tartışılabilmesi için yapısal değişimler deneysel olarak araştırılmıştır. Bulunan sonuçlar gerçekten bazı G-dörtlülerinin patojenik varyasyonlar sonucu yapısal olarak değişebildiğini göstermiştir.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Investigation the Functions of Novel G-Quadruplex Structures in E. Coli Genome
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Portakal, Hüseyin Saygın; Doluca, Osman
    G-dörtlüleri nükleik asit moleküllerinin özel üçüncül yapılardan biri olup kanonik olmayan topolojilerdir. Yıllar boyunca birçok organizmadaki G-dörtlülerinin biyolojik rolleri incelenmiş ve ortaya çıkarılmıştır. Özellikle insan genomunun düzenleyici bölgelerinde bulunması G-dörtlülerinin düzenleyici rollerini ve hücre metabolizmasındaki önemini göstermektedir. Escherichia coli (E. coli) proteomik ve genomik yapılarının detaylıca ortaya çıkarılması ile laboratuvar uygulamalarında model organizma haline gelerek günümüzde en popüler bakteriyel organizmalardan birisidir. Bu zamana kadar E. coli genomunda çeşitli genlerin yakınında bulunan 52 G-dörtlüsü oluşturan sekans hesaplama araçları ile analiz edilmiştir. Ancak biyolojik fonksiyonları henüz keşfedilmemiştir. Bu bağlamda bu çalışmada G-dörtlülerinin biyolojik rolleri G-dörtlüsüne bağlanan proteinlerin MALDI-TOF-TOF tekniği ve CRISPR/Cas9 tekniğiyle G-dörtlüsü nakavtının civarındaki genlerin ekspresyon seviyesine olan etkisinin araştırılmasıyla incelenmiştir. MALDI-TOF-TOF sonuçları uyumlu moleküler ağırlıkları ve eşleşme skorları göz önünde bulundurularak asetaldehit alkol dehidrogenaz (adh) ve DNA bağımlı RNA polimeraz beta altbirimi olarak iki farklı proteinin G-dörtlüsüne bağlanan protein olmak üzere yüksek olasılığa sahip olduğunu göstermiştir. Bu doğrultuda G-dörtlülerinin alkol fermentasyonu işleminde ve yakın genlerin transkripsiyonunda rol oynadığı tahmin edilmektedir. Ancak maalesef ki bu çalışma doğrultusunda geliştirilen ve G-dörtlülerinin yüksek stabilite sahip olmasından dolayı G-dörtlülerini düzenleyemeyen CRISPR/Cas9 yaklaşımının iyileştirilmesi gerekmektedir. G-dörtlülerinin biyolojik fonksiyonlarının ortaya çıkarılması bakteri metabolizmasındaki önemine ışık tutacak ve gelecek çalışmalar için bir mihenk taşı olacaktır.
  • Thumbnail Image
    Conference Object
    Long Noncoding RNA NEAT1 Interacts with the miR-3648 Axis in Imatinib Resistant Chronic Myeloid Leukemia Cell Model
    (Springer Nature, 2025) Doluca, Osman; Kayabasi, Cagla; Mutlu, Zeynep
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 8
    Citation - Scopus: 8
    Fluorene/Fluorenone Carboxamide Derivatives as Selective Light-Up Fluorophores for C-Myc G-Quadruplex
    (Pergamon-Elsevier Science Ltd, 2021-03) Duyar, Halil; Portakal, Hüseyin Saygın; Yalcin, Ergin; Kanat, Beyza; Doluca, Osman; Seferoglu, Zeynel
    The development of fluorescent dyes capable of selective recognition of G-quadruplexes is essential for studying its localization and biological functions. However, considering the G-quadruplex topologies may vary significantly, the synthesis of compounds showing both selectivity and strong fluorescence properties still remains a great challenge. Recently we have developed fluorene/fluorenone derivatives with structure-specific binding towards dsRNA, indicating its potential for structure-selective ligands. Herein, we report the synthesis of novel fluorene/fluorenone derivatives and their selectivity towards various DNA structures, particularly G-quadruplexes, two of which showed strong affinity to the proto-oncogene c-myc promoter G-quadruplex.
  • Thumbnail Image
    Conference Object
    Citation - WoS: 1
    Citation - Scopus: 1
    Demonstration of G-Quadruplex Hybridization Chain Reaction for Nucleic Acid Detection
    (Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc., 2020-11-19) Kanat B.; Portakal, Hüseyin Saygın; Doluca, Osman; Kanat, Beyza
    In recent years, the hybridization chain reaction (HCR) has been proposed as an alternative to polymerase chain reaction (PCR) for diagnosis. Unfortunately, the sensitivity of the HCR methods are still far below PCR and researchers focus on ways to improve it by investigating different HCR designs. While earlier designs exploit fluorescently labelled probes for detection, here we propose an HCR system that combines G-quadruplex formation and fluorescence for detection of single stranded DNA sequences with concentrations as low as 20 pM. We show that Gquadruplex-mediated oxidation of Amplex Red results in fluorescence increase and lowers the detection limit by about 10fold, in comparison to HCR using only fluorescently labelled HCR probes. © 2020 IEEE.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 50
    Citation - Scopus: 60
    Comparing the Significance of the Utilization of Next Generation and Third Generation Sequencing Technologies in Microbial Metagenomics
    (Elsevier Gmbh, 2022-11) Akacin, Ilayda; Ersoy, Şeymanur; Doluca, Osman; Gungormusler, Mine
    Since the exploration of sequencing began in 2005, third and next-generation sequencing (TGS and NGS) technologies have fundamentally changed metagenomics research. These platforms provide essential benefits regarding speed, cost, quality and precision in the never-ending search for microorganisms' genetic material, regardless of location on earth. TGS are typically represented by technologies driven from power generation by semiconductor chips and utilization of enzymatic reactions by SOLiD/Ion Torrent PGM (TM) from Life Sciences, sequencing by synthesis using fluorescent labels on HiSeq/MiSeq (TM) from Illumina, pyrosequencing by GS FLX Titanium/GS Junior from Roche and nanopore-based sequencing by MinION (TM)/GridION (TM)/PromethION (TM) from Oxford Nanopore Technologies. The evolution of this technology enabled researchers to continually broaden their knowledge of the microbial world. This review presents a comprehensive overview of the recent literature on the utilization of both TGS and NGS technologies for the investigation of microbial metagenomics, their benefits and limitations with real-time examples of novel applications in clinical microbiology and public health, food and agriculture, energy and environment, arts and space.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    G4ML: DNA G-Quadripleks Tanımlanması için G4-ChIP Dizileme Verileri Kullanılarak Antikora ve Hücre Tipine Özgü Bir Makine Öğrenmesi Yaklaşımı
    (2026) Ulaş, Polen Nehir; Doluca, Osman
    G-quadruplexler (G4s), DNA and RNA'da ortaya çıkabilen sıra dışı ikincil yapılardır. Genomda önemli düzenleyici görevleri olmasına rağmen G4'lerin dinamik and ortama bağlı yapısı, oluşumlarının doğru tahmin edilmesini zorlaştırmaktadır. Bu nedenle, G4 tahmininin doğruluğunu artırmak and iyileştirmek amacıyla, deneysel and hesaplamalı yöntemler geliştirilmeye devam edilmektedir. Bu çalışmada, DNA dizilerindeki G-quadruplex oluşumunu tahmin etmek üzere, biyoloji temelli mimariye sahip bir evrişimsel sinir ağı (CNN) geliştirilmiştir. Model, önceden işlenen büyük ölçekli in vivo (canlı hücre ortamında) BG4-ChIP-seq verileri ve, elde edilen sekansların ikincil yapı olasılıkları birlikte kullanılarak eğitilmiştir. Model mimarisine, G/C dizilim örüntülerini and zincir yönünden bağımsız BG4 bağlanma davranışını yakalamak amacıyla, G4 biyolojisinden ilham alınarak geliştirilen iki yeni evrişim bloğu uygulandı, G4Stack Evrişim and Ters Tamamlayıcı Evrişim. İki yeni evrişim bloğunun da dahil edilmesiyle elde edilen mimari, temel modele kıyasla kayda değer bir gelişme göstererek 0.970 AUC-ROC (ROC eğrisi altında kalan alan) değerine ulaşıp modelin tahmin performansını önemli ölçüde iyileştirmiştir. G4Stack Evrişim bloğunun tek başına kullanıldığında model performansını iyileştirmesi göz ardı edilemezken, G4Stack Evrişim and Ters Tamamlayıcı Evrişim bloklarının sinerjistik etkisinin en yüksek doğruluk değeri ile sonuçlanması özellikle dikkate değerdir. Türler arası değerlendirme sonuçları, insan verisinde güçlü bir performans gösterirken, fare verisinde makul düzeyde bir aktarılabilirlik sağlamakta and pirinç verisinde sınırlı bir performansa işaret etmektedir. Bu bulgular, derin öğrenme mimarilerinin G4-spesifik biyolojik kısıtlamalarla bütünleştirilmesinin in silico (bilgisayar ortamında) G4 tahminlerini iyileştirebileceğini göstermektedir. Bu çalışmada sunulan yapı, genom çapında G-quadruplex analizi için güçlü bir hesaplamalı araç sağlamak ile birlikte, gen düzenlemesi and G4 hedefli terapötik çalışmaların gelecekteki araştırmalarını destekleyebilir.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Computational Identification of G Quadruplexes Secondary Structures
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2022) Direk, Tugay; Doluca, Osman; Oğuz, Kaya
    G-dörtlü yapılarının ikincil yapı sınıflandırması için bir standart eksikliği uzun bir süredir bulunmaktadır. Çıkıntı yapan G-bölgelerinin ve uyumsuz G-dörtlülerinin keşfiyle durum, hayal edilenden daha da karmaşık bir hal almıştır. Bu nedenle, günümüze kadar G4 ikincil yapılarını tanımlamak için bir standart getirmeyi amaçlayan sınırlı sayıda çalışma yapılmıştır. Bu çalışmada, üç boyutlu yapısal verileri kullanarak G-dörtlülerinin ikincil yapılarının tanımlanması için yeni bir yöntem öneriyoruz. Kısaca, tetradları ve döngüleri tanımlamak için guaninlerin koordinatları işlenir. Daha sonra, her bir tetrada katılan guaninleri ve döngüleri gösteren ikincil yapıyı bir figür şeklinde sunuyoruz. Ayrıca, dörtlü ve dörtlü yapıların topoloji tabanlı sınıflandırmasına dayalı ONZ sınıflandırması uygulanmış ve çalışmamızın sonuçları bununla karşılaştırılmıştır.