Doluca, Osman

Profile Picture
Profile URL
https://hdl.handle.net/20.500.14365/6710
Name Variants
Doluca, Osman
Doluca, O.
Job Title
Email Address
osman.doluca@ieu.edu.tr
Main Affiliation
05.02. Biomedical Engineering
Status
Current Staff
Website
ORCID ID
0000-0003-0412-6148
Scopus Author ID
36056081300
Turkish CoHE Profile ID
E202654C8764B0AF
Google Scholar ID
JuoIbVcAAAAJ
WoS Researcher ID
AAQ-5263-2021
Files
Osman_Doluca.jpg (10.23 KB)

Sustainable Development Goals

NO POVERTY1
NO POVERTY
0
Research Products
ZERO HUNGER2
ZERO HUNGER
1
Research Products
GOOD HEALTH AND WELL-BEING3
GOOD HEALTH AND WELL-BEING
8
Research Products
QUALITY EDUCATION4
QUALITY EDUCATION
1
Research Products
GENDER EQUALITY5
GENDER EQUALITY
0
Research Products
CLEAN WATER AND SANITATION6
CLEAN WATER AND SANITATION
3
Research Products
AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY7
AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY
4
Research Products
DECENT WORK AND ECONOMIC GROWTH8
DECENT WORK AND ECONOMIC GROWTH
1
Research Products
INDUSTRY, INNOVATION AND INFRASTRUCTURE9
INDUSTRY, INNOVATION AND INFRASTRUCTURE
4
Research Products
REDUCED INEQUALITIES10
REDUCED INEQUALITIES
0
Research Products
SUSTAINABLE CITIES AND COMMUNITIES11
SUSTAINABLE CITIES AND COMMUNITIES
0
Research Products
RESPONSIBLE CONSUMPTION AND PRODUCTION12
RESPONSIBLE CONSUMPTION AND PRODUCTION
2
Research Products
CLIMATE ACTION13
CLIMATE ACTION
3
Research Products
LIFE BELOW WATER14
LIFE BELOW WATER
1
Research Products
LIFE ON LAND15
LIFE ON LAND
1
Research Products
PEACE, JUSTICE AND STRONG INSTITUTIONS16
PEACE, JUSTICE AND STRONG INSTITUTIONS
0
Research Products
PARTNERSHIPS FOR THE GOALS17
PARTNERSHIPS FOR THE GOALS
0
Research Products
Documents

29

Citations

585

h-index

12

Go to Scopus profile
Documents

26

Citations

539

Go to WoS profile
Scholarly Output

37

Articles

20

Views / Downloads

273/474

Supervised MSc Theses

10

Supervised PhD Theses

0

WoS Citation Count

300

Scopus Citation Count

310

Patents

0

Projects

7

WoS Citations per Publication

8.11

Scopus Citations per Publication

8.38

Open Access Source

21

Supervised Theses

10

JournalCount
26th IEEE Signal Processing and Communications Applications Conference, SIU 20181
3rd International Informatics and Software Engineering Conference, IISEC 20221
58th Conference of the European-Society-of-Human-Genetics (ESHG) -- MAY 24-27, 2025 -- Milan, ITALY1
Applied Machine Learning and Multi-criteria Decision-making in Healthcare1
Bıoorganıc Chemıstry1
Current Page: 1 / 6

Scopus Quartile Distribution

Competency Cloud

GCRIS Competency Cloud

Filters

2016 - 201972020 - 202630
Reset filters

Settings

Scholarly Output Search Results

Now showing 1 - 10 of 37
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Effect of Dna G-Quadruplex Structures (g4) on Prokaryotic Gene Expression
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Gürz, Erokay; Doluca, Osman
    DNA G-dörtlüleri (G4s), birkaç nükleotid aralıklı dört ardışık guanin tract'i içeren bir motife sahip olan ve Hoogsteen bağı ile bağlı üst üste dört guanin tetrad oluşturan 4 iplikli ikincil DNA yapılarıdır. G-dörtlüleri, birçok organizmada önemli genomik bölgelerde bulunurlar ve moleküler yapıları ve hücredeki işlevsel rolleri açısından kapsamlı olarak araştırılmışlardır. Grubumuz tarafından E. coli genomunda hem G4 hem de hairpin yapıları oluşturabilen, bunlar arasında geçiş yapabilen ve gen ifadesi üzerinde düzenleyici rolü olduğu varsayılan bir G4 motifi tanımlanmıştır. Gen ifadesinin işlevsel etkileri belirli G4 yapıları için çok değişken olabileceğinden, bu G4'ün gen düzenlemesi üzerindeki rolünü araştırmayı amaçladık. GFP raportör gen yapısının promotör bölgesine G4'ün varyantlarını ekledik, vektörü E. coli'ye transforme ettik ve floresan spektroskopisi ile gen ifadesini ölçtük. Ayrıca, gen ekspresyonu üzerindeki etkilerini daha kapsamlı bir şekilde araştırmak için hücreleri G4 yapısını stabilize ettiği bilinen ligandlar olan LiCl ve TMPyP4 ile muamele ettik. Gen ekspresyonunu etkileyen değişebilen anahtar mekanizmasında G4 yapısının hairpinden daha etkili olduğunu bulduk. Varyant grupları arasında, LiCl uygulaması genel ekspresyon modelini değiştirmedi ve TMPyP4 uygulaması, zayıflatma özelliği veya diziye özgü öngörülemeyen DNA ikincil yapısı etkileşimi ile ilgili olabilecek tutarsız bir model verdi. Bu sonuçlar, bu değişebilen G4'ler tarafından E. coli'deki gen ekspresyon mekanizmasının düzenlenmesinin anlaşılmasına olanak tanımaktadır.
  • Thumbnail Image
    Research Project
    İnsan Genomunda Bulunan G-dörtlülerinin Sınıflandırılarak Korunmuş Motiflerin Keşfi ve Varyantlarının Analizi
    (2019) Kaplan, Oktay İsmail; Doluca, Osman
    DNA motifileri proteinlerin amino asit dizilerinin saklanmasının yanı sıra genlerin regülasyonunda görev alan kısa DNA dizileridir. Bu diziler transkripsiyon faktörleri ya da diğer enzimlerle etkileşim göstererek gen regülasyonunda rol alabilmektedirler. Bu motiflerden bazıları DNA’nın bilindik 2 zincirli B-formun haricindeki sıradışı formlarını alarak bu etkileşimi tetikleyebilmektedirler. Bu sıradışı formlardan biri de G-dörtlüsü olarak bilinen, guanince zengin DNA yada RNA dizilerince oluşturulabilen yapılardır. G-dörtlüleri kendi aralarında birçok yapısal farklılık gösterebilen ve bu nedenle farklı rollere sahip bir yapı grubudur. Bu yapılar özellikle promotor bölgesi gibi regülasyonda etkili bölgelerde oluşarak transkripsiyonu etkileyebilmektedirler. Ancak bu yapıların tespiti ve rolleri konusunda çalışmalar devam etmekle beraber insan genomunda tahmin edilen 700.000’in üzerindeki G-dörtlüsünün rollerinin ve analizlerinin yapılması zaman ve emek alan bir süreçtir. Bu nedenle biyoenformatik yöntemler ile ön analiz ve tahminler yapılması ilgi çekmekte, varsa bu yapılardaki patojenik etkilerinin ortaya çıkarılması için tıbbi anlamda değer taşımaktadır. Bu çalışmada TÜBİTAK desteği ile Gdörtlülerinin tahmininden, sınıflandırılması ve ilişkilendirilmiş patojenik varyasyonların tespitine kadar gerekli bir seri biyoenformatik teknikler geliştirilmiş ve insan genomu için uygulanmıştır. İlk aşamada G-dörtlüsü tahmini için yeni bir algoritma geliştirilmiş ve başarısı yayınlanan makale ve bildiriler ile gösterilmiştir. Ardından insan genomunda tahmin edilen G-dörtlüleri bulunmuş, sınıflandırılarak farklı G-dörtlüsü motifleri ortaya çıkarılmıştır. Bulunan G-dörtlülerin patojenik etkisi bilinen varyasyonlar ile eşleştirilmiş ve bu varyasyonların etkisinin G-dörtlüsü yapısını etkileyerek gerçekleşip gerçekleşmediğinin tartışılabilmesi için yapısal değişimler deneysel olarak araştırılmıştır. Bulunan sonuçlar gerçekten bazı G-dörtlülerinin patojenik varyasyonlar sonucu yapısal olarak değişebildiğini göstermiştir.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Investigation the Functions of Novel G-Quadruplex Structures in E. Coli Genome
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Portakal, Hüseyin Saygın; Doluca, Osman
    G-dörtlüleri nükleik asit moleküllerinin özel üçüncül yapılardan biri olup kanonik olmayan topolojilerdir. Yıllar boyunca birçok organizmadaki G-dörtlülerinin biyolojik rolleri incelenmiş ve ortaya çıkarılmıştır. Özellikle insan genomunun düzenleyici bölgelerinde bulunması G-dörtlülerinin düzenleyici rollerini ve hücre metabolizmasındaki önemini göstermektedir. Escherichia coli (E. coli) proteomik ve genomik yapılarının detaylıca ortaya çıkarılması ile laboratuvar uygulamalarında model organizma haline gelerek günümüzde en popüler bakteriyel organizmalardan birisidir. Bu zamana kadar E. coli genomunda çeşitli genlerin yakınında bulunan 52 G-dörtlüsü oluşturan sekans hesaplama araçları ile analiz edilmiştir. Ancak biyolojik fonksiyonları henüz keşfedilmemiştir. Bu bağlamda bu çalışmada G-dörtlülerinin biyolojik rolleri G-dörtlüsüne bağlanan proteinlerin MALDI-TOF-TOF tekniği ve CRISPR/Cas9 tekniğiyle G-dörtlüsü nakavtının civarındaki genlerin ekspresyon seviyesine olan etkisinin araştırılmasıyla incelenmiştir. MALDI-TOF-TOF sonuçları uyumlu moleküler ağırlıkları ve eşleşme skorları göz önünde bulundurularak asetaldehit alkol dehidrogenaz (adh) ve DNA bağımlı RNA polimeraz beta altbirimi olarak iki farklı proteinin G-dörtlüsüne bağlanan protein olmak üzere yüksek olasılığa sahip olduğunu göstermiştir. Bu doğrultuda G-dörtlülerinin alkol fermentasyonu işleminde ve yakın genlerin transkripsiyonunda rol oynadığı tahmin edilmektedir. Ancak maalesef ki bu çalışma doğrultusunda geliştirilen ve G-dörtlülerinin yüksek stabilite sahip olmasından dolayı G-dörtlülerini düzenleyemeyen CRISPR/Cas9 yaklaşımının iyileştirilmesi gerekmektedir. G-dörtlülerinin biyolojik fonksiyonlarının ortaya çıkarılması bakteri metabolizmasındaki önemine ışık tutacak ve gelecek çalışmalar için bir mihenk taşı olacaktır.
  • Thumbnail Image
    Conference Object
    Long Noncoding RNA NEAT1 Interacts with the miR-3648 Axis in Imatinib Resistant Chronic Myeloid Leukemia Cell Model
    (Springer Nature, 2025) Doluca, Osman; Kayabasi, Cagla; Mutlu, Zeynep
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 1
    Citation - Scopus: 1
    Evaluation of Lateral Flow and Elisa Techniques for Detecting Igg and Igm Antibodies in Covid-19 Cases in Turkiye
    (Who Eastern Mediterranean Regional Office, 2023-02-26) Arikan, Ayse; Doluca, Osman; Akhan, Sila; Sanlidag, Tamer; Sayan, Murat
    Background: Antibody testing can complement molecular assays for detecting COVID-19.Aims: We evaluated the concurrence between lateral flow assay and enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for the detection of antibodies in severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2).Methods: The study was conducted at Kocaeli University, Turkiye. We used a lateral flow assay and ELISA to test serum samples from COVID-19 cases, confirmed by polymerase chain reaction assays (study group) and pre-pandemic stored serum samples (control group). We used Deming regression to evaluate the antibody measurements.Results: The study group included 100 COVID-19 cases, and the control group included pre-pandemic samples from 156 individuals. The lateral flow assay detected immunoglobulin M (IgM) and G (IgG) antibodies in 35 and 37 study group samples. ELISA detected IgM nucleocapsid (N) antibodies in 18 samples, and IgG (N) and IgG spike 1 (S1) antibodies in 31 and 29 samples, respectively. None of the techniques detected antibodies in the control samples. Strong correlations were found between lateral flow IgG (N+ receptor-binding domain + S1) and ELISA IgG (S) (r = 0.93, P < 0.01) and ELISA IgG (N) (r = 0.81, P < 0.01). Weaker correlations were seen between ELISA IgG S and IgG N (r = 0.79, P < 0.01) and lateral flow assay and ELISA IgM (N) (r = 0.70, P < 0.01).Conclusion: Lateral flow assay and ELISA techniques gave consistent results for IgG/IgM antibody measurements towards spike and nucleocapsid proteins, suggesting that both methods can be used to detect COVID-19 where access to molecular test kits is difficult.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 3
    Understanding Intercalative Modulation of G-Rich Sequence Folding: Solution Structure of a Tina-Conjugated Antiparallel Dna Triplex
    (Oxford Univ Press, 2024-01-28) Garavis, Miguel; Edwards, Patrick J. B.; Serrano-Chacon, Israel; Doluca, Osman; Filichev, Vyacheslav V.; Gonzalez, Carlos
    We present here the high-resolution structure of an antiparallel DNA triplex in which a monomer of para-twisted intercalating nucleic acid (para-TINA: (R)-1-O-[4-(1-pyrenylethynyl)phenylmethyl]glycerol) is covalently inserted as a bulge in the third strand of the triplex. TINA is a potent modulator of the hybridization properties of DNA sequences with extremely useful properties when conjugated in G-rich oligonucleotides. The insertion of para-TINA between two guanines of the triplex imparts a high thermal stabilization (Delta TM = 9oC) to the structure and enhances the quality of NMR spectra by increasing the chemical shift dispersion of proton signals near the TINA location. The structural determination reveals that TINA intercalates between two consecutive triads, causing only local distortions in the structure. The two aromatic moieties of TINA are nearly coplanar, with the phenyl ring intercalating between the flanking guanine bases in the sequence, and the pyrene moiety situated between the Watson-Crick base pair of the two first strands. The precise position of TINA within the triplex structure reveals key TINA-DNA interactions, which explains the high stabilization observed and will aid in the design of new and more efficient binders to DNA. Graphical Abstract
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 23
    Citation - Scopus: 30
    Apal: Adjacency Propagation Algorithm for Overlapping Community Detection in Biological Networks
    (Elsevier Science Inc, 2021-11) Doluca, Osman; Oguz, Kaya
    We propose a novel method called Adjacency Propagation Algorithm (APAL) which considers the notion that the adjacent vertices are the best candidates for detecting overlapping communities in an undirected, unweighted, nontrivial graph. This is a compact algorithm with a single threshold parameter used to filter the detected communities according to their intraconnectivity property. In this study, APAL was tested rigorously using synthetic generators, such as the widely accepted LFR benchmark, as well as real data sets of yeast and human protein interactions networks. It was compared against the foremost algorithms in the field; the Clique Percolation Method (CPM), Community Overlap Propagation Algorithm (COPRA) and Neighbourhood-Inflated Seed Expansion (NISE). The results show that APAL outperforms its competitors for networks with increases in the number of memberships of the overlapping vertices. Such conditions are often found in biological networks, where a particular protein subunit may form part of several complexes. We believe that this shows the value of the implementation of APAL for protein interaction and other biological networks. (c) 2021 Elsevier Inc. All rights reserved.
  • Thumbnail Image
    Article
    Triplex-Forming Dna Probe Approach for Silver Detection and the Effect of C-G·c Triplet Distribution on Triplex Stability
    (2019-12-31) Doluca, Osman
    In this study novel triplex forming DNA probes have been designed in order to detect Ag+ ion in low concentrations. The use of triplex forming oligonucleotides is a convenient in applications of sensing biomolecules due to their sequence specificity and programmability. However, the use of triplexes has its own obstacles. While antiparallel triplex forming sequences tend to prefer G-quadruplex formation over triplexes, parallel triplexes are also challenging because their formation is triggered by lowering the pH, or using of high concentrations of cations for the stabilization of C-G·C triplets, ie. Ag+. While due to electrostatic forces C-G·C triplets stabilize in the presence of cations, this limits possible choices for a triplex forming sequence. A better understanding of the impact of the sequence and designing accordingly may improve the stability of a triplex and lower the need for high cation concentration. Here we have present Triplex-forming DNA-based probes with different distributions of C-G·C triplets for detection of Ag+ and show the impact of the C-G·C triplet distribution on the stability of parallel triplexes. Our results indicate Ag+ detection as low as 20 nM and show dramatic increase in stability when C-G·C triplets are positioned at the flanks of the triplex.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 51
    Citation - Scopus: 54
    A Novel and Synthetically Facile Coumarin-Thiophene Schiff Base for Selective Fluorescent Detection of Cyanide Anions in Aqueous Solution: Synthesis, Anion Interactions, Theoretical Study and Dna-Binding Properties
    (Pergamon-Elsevier Science Ltd, 2018-11) Chemchem, Meryem; Yahaya, Issah; Aydiner, Burcu; Seferoglu, Nurgul; Doluca, Osman; Merabet, Naima; Seferoglu, Zeynel
    A colorimetric and fluorescent chemosensor (chemosensor 2) for the detection of cyanide anions in aqueous solution has been designed and synthesized in high yield. The sensing mechanism of the chemosensor was verified via UV-vis, fluorimetric, and NMR titrations, and was theoretically explained using DFT and TD-DFT calculations. The chemosensor could optically discriminate the presence of fluoride ions over other anions by a color change from yellow to red with an enhancement of pink fluorescence in DMSO. However, it showed strong green fluorescence when CN- was added to a mixture of DMSO/water (6:4 v/v). Thus, the chemosensor can be employed in selective detecting of CN- besides other interference anions (F-, AcO(- )and H2PO4-) in aqueous solution. Moreover, 2 can be used to detect CN(- )at a concentration as low as 0.32 mu M, which is lower than the WHO guideline (2.7 mu M) for cyanide. A low quantity of CN- (1.08 mu M) can be detected and quantified using the prepared chemosensor. Moreover, the UV-vis and fluorescence spectroscopy studies of the interactions between 2 and dublex DNA revealed intercalative binding of calf thymus DNA to the chemosensor. (C) 2018 Elsevier Ltd. All rights reserved.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Whole Genome Sequencing of a Novel Thermophilic Isolate Utilizing the Oxford Nanopore Technologies and Advancing the Biotechnological Hydrogen Production Capacity of the Isolate /
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2022) Ersoy, Şeymanur; Güngörmüşler, Mine; Doluca, Osman
    Hidrojen enerji verimi yüksek ve çevre dostu bir yakıttır. Hidrojenin biyolojik yollarla üretilmesi sürdürülebilirlik açısından oldukça büyük önem taşır. Termofilik bakteriler yüksek verimde biyohidrojen üretmeleri sebebiyle biyohidrojen çalışmalarında sıkça kullanılmaktadır. Termofilik bakterilerin bir türü olan anaerobic termofiller oksijensiz ve sıcak orta hayatta kalabilmekte ve su-gaz dönüşümü olarak da bilinen özel bir yolağı kullanarak karbonmonoksit gazından hidrojen üretebilmektedirler. Termal su kaynakları, termofilik anaerobik bakterilerin habitatlarından biri olup, İzmir ili jeotermal konumu sebebiyle pek çok termal su kaynağına sahiptir. Bu amaçla, İzmir ilinde bulunan 5 farklı sıcak su kaynağından elde edilen karışık kültürlerin biyohidrojen üretim potansiyelleri belirlenmiş, en iyi hidrojen üretimi Doğanbey, Seferihisar kaplıcasından alınan örneklerde gözlenmiştir. Elde edilen izolatlardan seri seyreltme ve dökme plaka yöntemi ile saf kültür elde edilmiştir. Morfolojik karakterizasyon amacıyla ESEM ve SEM görüntüleme yapılmış olup, moleküler karakterizasyon çalışmaları için Oxford Nanopore MinION cihazı ile tüm genom sekanslama yapılmıştır. Elde edilen saf kültürün büyüme koşullarını optimize etmek amacıyla Box-Behnken dizaynı yapılmış ve hidrojen üretim verimi %30 oranında artırılmıştır. En iyi hidrojen üreten saf kültür ile biyoreaktör denemeleri kurulmuş ve en yüksek verim 24 saat sonunda elde edilmiştir.