Gördesli Duatepe, Fatma Pınar

Profile Picture
Profile URL
https://hdl.handle.net/20.500.14365/6769
Name Variants
Duatepe, Fatma Pınar Gördesli
Gordesli, F. Pinar
Gordesli, Fatma Pinar
Gordesli, Fatma P.
Duatepe, Fatma Pinar Gordesli
Gordesli-Duatepe, F. Pinar
Gordesli Duatepe, F. Pinar
Gordesli-Duatepe, Fatma Pinar
Gordesli Duatepe, Fatma Pinar
Duatepe, F. Pinar Gordesli
Job Title
Email Address
pinar.gordesli@ieu.edu.tr
Main Affiliation
05.08. Genetics and Bioengineering
Status
Current Staff
Website
ORCID ID
0000-0001-8129-6533
Scopus Author ID
54897974100
Turkish CoHE Profile ID
00143B55836716D1
Google Scholar ID
6DhDgc0AAAAJ
WoS Researcher ID
AAM-3352-2020
Files
FPGD_Picture.jpg (294.5 KB)

Sustainable Development Goals

NO POVERTY1
NO POVERTY
0
Research Products
ZERO HUNGER2
ZERO HUNGER
0
Research Products
GOOD HEALTH AND WELL-BEING3
GOOD HEALTH AND WELL-BEING
0
Research Products
QUALITY EDUCATION4
QUALITY EDUCATION
1
Research Products
GENDER EQUALITY5
GENDER EQUALITY
0
Research Products
CLEAN WATER AND SANITATION6
CLEAN WATER AND SANITATION
1
Research Products
AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY7
AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY
2
Research Products
DECENT WORK AND ECONOMIC GROWTH8
DECENT WORK AND ECONOMIC GROWTH
1
Research Products
INDUSTRY, INNOVATION AND INFRASTRUCTURE9
INDUSTRY, INNOVATION AND INFRASTRUCTURE
2
Research Products
REDUCED INEQUALITIES10
REDUCED INEQUALITIES
0
Research Products
SUSTAINABLE CITIES AND COMMUNITIES11
SUSTAINABLE CITIES AND COMMUNITIES
0
Research Products
RESPONSIBLE CONSUMPTION AND PRODUCTION12
RESPONSIBLE CONSUMPTION AND PRODUCTION
1
Research Products
CLIMATE ACTION13
CLIMATE ACTION
1
Research Products
LIFE BELOW WATER14
LIFE BELOW WATER
1
Research Products
LIFE ON LAND15
LIFE ON LAND
0
Research Products
PEACE, JUSTICE AND STRONG INSTITUTIONS16
PEACE, JUSTICE AND STRONG INSTITUTIONS
0
Research Products
PARTNERSHIPS FOR THE GOALS17
PARTNERSHIPS FOR THE GOALS
0
Research Products
Documents

13

Citations

179

h-index

8

Go to Scopus profile
Documents

0

Citations

0

Go to WoS profile
Scholarly Output

13

Articles

8

Views / Downloads

110/178

Supervised MSc Theses

3

Supervised PhD Theses

0

WoS Citation Count

32

Scopus Citation Count

37

Patents

0

Projects

1

WoS Citations per Publication

2.46

Scopus Citations per Publication

2.85

Open Access Source

10

Supervised Theses

3

JournalCount
13Th Internatıonal Conference on Greenhouse Gas Control Technologıes, Ghgt-131
Antibiotics (Basel)1
Bıofoulıng1
ChemPlusChem1
Colloids and Surfaces A-Physicochemical and Engineering Aspects1
Current Page: 1 / 2

Scopus Quartile Distribution

Competency Cloud

GCRIS Competency Cloud

Filters

2019 - 201912020 - 20245
Reset filters

Settings

Scholarly Output Search Results

Now showing 1 - 6 of 6
  • Thumbnail Image
    Article
    Flia-Dependent Surface Macromolecules Promote Initial Biofilm Development of Escherichia Coli by Influencing the Bacterial Surface Properties
    (2023-03-31) Gördeşli Duatepe, Fatma Pınar; Duatepe, Fatma Pinar Gordesli
    FliA is an important regulatory component for the synthesis of surface macromolecules which are involved in motility and biofilm development of Escherichia coli. In this study, the roles of FliA-dependent surface macromolecules in E. coli surface tension, sur- face heterogeneity and surface roughness, and initial biofilm development consisting of re- versible and irreversible adhesion were investigated using E. coli MG1655 wild-type strain and fliA gene deleted mutant strain. Negative Gibbs free energy change values calculated using bacterial surface tensions obtained by a spectrophotometric method showed that both wild-type and mutant cells in water can reversibly adhere to the surface of the model solid, silicon nitride (Si3N4). The calculations further showed that bacterial reversible auto- adhesion and co-adhesion were also thermodynamically favorable. In comparison, the re- versible adhesion and auto-adhesion capacities of wild-type cells were higher than the mu- tant cells. Direct measurements by atomic force microscopy (AFM) and thorough analysis of the recorded adhesion data showed that the irreversible adhesion strength of wild-type cells to Si3N4 in water was at least 2.0-fold greater than that of the mutants due to signifi- cantly higher surface heterogeneity resulting in higher surface roughness for the wild-type cells compared to those obtained for the mutants. These results suggest that strategies aimed at preventing E. coli biofilm development should also consider a combined method, such as modifying the surface of interest with a bacterial repellent layer and targeting the FliA and FliA-dependent surface macromolecules to reduce both reversible and irreversible bacterial adhesion and hence the initial biofilm development of E. coli.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Role of Growth Phase in Physiochemical Properties and Adhesion Capacities of Escherichia Coli and Bacillus Subtilis Cells at the Nano- and Macro- Scales
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Aspar, Gamze Nur; Duatepe, Fatma Pınar Gördesli
    Bakteriyel adezyon, üretimi bakteri büyüme fazına/zamanına bağlı olan bakteriyel yüzey biyopolimerlerinin fizyokimyasal özellikleri gibi birçok faktörden etkilenen karmaşık bir süreçtir. Bu tezde, farklı büyüme fazlarına/zamanlarına bağlı olarak meydana gelen Gram-negatif E. coli ve Gram-pozitif B. subtilis hücrelerinin yüzey fizyokimyasal özelliklerindeki değişikliklerin, bakteri hücrelerinin yüzeylere adezyon kapasitesini nasıl etkilediği nano- ve makro-ölçekte araştırılmıştır. Bakteri hücreleri ve silikon nitrat problar arasındaki nano ölçekli adezyon kuvvetleri ve enerjileri atomik kuvvet mikroskobu (AFM) ile su ve bir tampon solüsyonu altında ölçülmüştür. Su içerisindeki nano ölçekli adezyon kuvvetleri ve enerjileri deneyinden elde ettiğimiz sonuçlarımız, en yüksek adezyon kapasitesinin 4.5 saat büyütülen B. subtilis için ölçüldüğünü, E. coli için ise en yüksek adezyon kapasitesinin 6.5 saat büyütülen hücreler için ölçüldüğünü göstermiştir. Bununla birlikte, divalent katyonlar içeren tampon çözeltisindeki hücrelerin adezyon kapasitelerinin, su altındakine göre çok daha düşük olduğu AFM ölçümleri ile bulunmuştur. Makro-ölçekte termodinamik yaklaşım kullanılarak yapılan deneyler sonucunda elde edilen bakteriyel adezyon karşılaştırmaları, AFM kullanılarak nano-ölçekte elde edilen karşılaştırmalar ile doğrudan benzerlik göstermiştir. Termodinamik yaklaşım ayrıca hücre yüzeyinin hidrofobisite ve polarite gibi fizyokimyasal özellikleri hakkında da bilgi sağlamıştır. AFM sonuçları ile birleştirildiğinde, E. coli için lipopolisakkaritlerin (LPS'lerin) ve B. subtilis için hücre-duvarı ilişkili teikoik asitlerin (WTA'ların) hem nano hem de makro düzeylerde bakterilerin adezyonuna öncülük ettiği sonucuna varılmıştır. Bakterilerin bu negatif yüklü yüzey biyopolimerlerinin miktarı ve bunlarla ilişkili adezyon kapasiteleri, hücrelerin büyüme fazı/zamanı ile değişmiştir.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    2d Oxide Dielectric Nanosheets Structured Nanofilms for Ultrathin, Flexible, Transparent Capacitor Fabrication and Biological Applications
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Küçükcan, Begümnur; Sağlam, Özge; Gördeşli̇ Duatepe, Fatma Pınar; Duatepe, Fatma Pınar Gördesli
    Bu tezde, Dion-Jacobson (DJ) tipi KCa2NaNb4O13 katmanlı malzemeler katı hal yöntemi kullanılarak sentezlenmiştir. KCa2NaNb4O13 katmanlı malzemelerinin kimyasal pullandırma yöntemi ile 2.4 nm kalınlığında ve 3.5 µm yanal boyutlarında Ca2NaNb4O13 nanolevhaları içeren kolloidal solüsyonlar elde edilmiştir. Bu kolloidal solüsyonlar arasında TBA+:H+ oranı 1:16 olan solüsyon nanolevha üretimi için kullanılmıştır. Bu nanolevhalar, Langmuir-Blodgett (LB) kaplama yöntemi kullanılarak indiyum kalay-oksit – polietilen tereftalat (ITO-PET), Si, Ti/Au-Si, Ti/Au-cam ve ITO-cam alttaşları üzerine kaplanmıştır. Ek olarak, 10, 15 ve 20 katmanlı nanofilmler ITO-PET alttaşları üzerine kaplanmış ve optik litografi tekniği kullanılarak desenlenmiştir. Bu desenler, 75 nm kalınlığında ITO ile kaplanarak, 250 x 250 µm2' den 75 x 75 µm2' ye kadar değişen boyutlarda şeffaf ve esnek kapasitörler üretilmiştir. 10, 15 ve 20 katmanlı nanofilmlerini içeren kapasitörlerde, dielektrik katman sayısındaki artış, kaçak akım değerlerini azalttığı gözlemlenmiştir. Ayrıca, Si, Ti/Au-Si, Ti/Au-cam ve ITO-cam alttaşları üzerindeki nanofilmler, elektron demet litografisi (EBL) ile desenlenmiş ve 15/20 nm kalınlığında Ti/Au ile kaplanmıştır. Ti/Au-Si, Ti/Au-cam ve ITO-cam alttaşlar üzerinde de 20 x 20 µm2' den 250 x 250 nm2' ye kadar değişen boyutlarda Ti/Au elektrotlar da üretilmiştir. C-AFM ölçümleri ile bu elektrotların I-V analizleri yapılmıştır. Öte yandan, Ca2NaNb4O13 nanolevhaları ile üretilmiş nanofilmlerin Si ve ITO-PET alttaşları üzerindeki polar ve apolar yüzey gerilimleri, adezyon çalışmaları, yüzey termodinamiği temelli matematiksel modelleme ile hesaplanmıştır. Böylece, nanofilm ile ITO-PET arasındaki artan polar bağlanma, suda daha güçlü bir adezyona sebep olduğu tespit edilmiştir. Hem kaplanmamış hem de nanofilm kaplanmış Si ve ITO-PET alttaşlar üzerindeki bakteriyel biyofilm oluşumu, kristal viyole (CV) boyama yöntemi ile analiz edilmiştir.
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Molecular Mechanisms of Adhesion of Planktonic and Biofilm-Dispersed Escherichia Coli Cells To Silicon Nitride Investigated by Atomic Force Microscope
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Ördek, Ayşe; Duatepe, Fatma Pınar Gördesli
    Nitrik oksit verici sodyum nitroprusit (SNP) kullanarak, c-di GMP yolaklarının hedeflenmesi ve böylece biyofilm dağılımının sağlanması biyofilmlerle mücadelede yaygın olarak kullanılan bir stratejidir. Ancak son araştırmalar biyofilm dağıldıktan sonra planktonik moda girdiği düşünülen bakterilerin aslında planktonik muadillerinden farklı özelliklere sahip olduğunu ve daha öldürücü olduğunu göstermiştir. Bu durum, biyofilmden dağılmış hücrelerin yüzeylere adezyonunu ve yeni biyofilmlere dönüşmesini kontrol etmek için geliştirilmiş stratejilere ihtiyaç olduğunu göstermektedir. Ancak planktonik hücrelere kıyasla biyofilmden dağılmış hücrelerin moleküler adezyon özellikleri hakkında çok az bilgi bulunmaktadır. Bu çalışmada, planktonik ve biyofilmden dağılmış E. coli hücrelerinin (kesikli ve sürekli sistem biyofilmlerine eklenen farklı SNP konsantrasyonunun fonksiyonları olarak) moleküler adezyonları arasındaki farkları ortaya çıkarmak amacıyla su içinde model silikon nitrat yüzeylerine uyguladıkları adezyon kuvvetleri atomik kuvvet mikroskobu (AKM) ile ölçülmüştür. Ek olarak, bakteri boyutları ve yüzey biyopolimerlerinin uzunlukları da belirlenmiştir. Yüksek değerlerdeki bakteri boyutları, adezyon kuvvetleri ve AKM verilerindeki heterojenlik, yüksek değerdeki hücre içi c-di GMP miktarlarıyla korelasyon göstermiştir. Özellikle 0.5 µM ve 2.5 mM (toksik) konsantrasyonlarda SNP kullanımının biyofilmden dağılmış hücrelerin moleküler adezyonunda ve c-di GMP miktarlarında önemli artışlara neden olduğu görülmüştür.Biyofilm dağılımında c-di GMP'nin rolü göz önüne alındığında, c-di GMP kaynaklı biyofilmden dağılmış hücrelerin moleküler adezyon mekanizmalarının araştırılması, literatürdeki boşlukların giderilmesine ve biyofilmle mücadele yöntemlerinin geliştirilmesine katkı sağlayacaktır.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 6
    Citation - Scopus: 6
    Impact of Sodium Nitroprusside Concentration Added To Batch Cultures of Escherichia Coli Biofilms on the C-Di Levels, Morphologies and Adhesion of Biofilm-Dispersed Cells
    (Taylor & Francis Ltd, 2022-09-14) Ordek, Ayse; Gordesli-Duatepe, F. Pinar
    Biofilm dispersion can be triggered by the application of dispersing agents such as nitric oxide (NO)-donors, resulting in the release of biofilm-dispersed cells into the environment. In this work, biofilm-dispersed cells were obtained by adding different concentrations of NO-donor sodium nitroprusside (0.5, 5, 50 mu M, and 2.5 mM of SNP) to batch cultures of pre-formed Escherichia coli biofilms. Except for those dispersed by 5 mu M of SNP, biofilm-dispersed cells were found to be wider and longer than the planktonic cells and to have higher c-di-GMP levels and greater adhesion forces to silicon nitride surfaces in water as measured by atomic force microscope. Consequently, the optimum concentration of SNP to disperse E. coli biofilms was found to be 5 mu M of SNP, whose addition to batch cultures resulted in a significant biofilm dispersion and the dispersed cells having c-di-GMP levels, morphologies and adhesion strengths similar to their planktonic counterparts.
  • Thumbnail Image
    Article
    Citation - WoS: 10
    Citation - Scopus: 12
    Responses of Acinetobacter Baumannii Bound and Loose Extracellular Polymeric Substances To Hyperosmotic Agents Combined With or Without Tobramycin: an Atomic Force Microscopy Study
    (Amer Chemical Soc, 2019-06-11) Deliorman, Muhammedin; Gördesli Duatepe, Fatma Pınar; Davenport, Emily K.; Fransson, Boel A.; Call, Douglas R.; Beyenal, Haluk; Abu-Lail, Nehal I.
    In this work, contributions of extracellular polymeric substances (EPS) to the nanoscale mechanisms through which the multidrug-resistant Acinetobacter baumannii responds to antimicrobial and hyperosmotic treatments were investigated by atomic force microscopy. Specifically, the adhesion strengths to a control surface of silicon nitride (Si3N4) and the lengths of bacterial surface biopolymers of bound and loose EPS extracted from A. baumannii biofilms were quantified after individual or synergistic treatments with hyperosmotic agents (NaCl and maltodextrin) and an antibiotic (tobramycin). In the absence of any treatment, the loose EPS were significantly longer in length and higher in adhesion to Si3N4 than the bound EPS. When used individually, the hyperosmotic agents and tobramycin collapsed the A. baumannii bound and loose EPS. The combined treatment of maltodextrin with tobramycin collapsed only the loose EPS and did not alter the adhesion of both bound and loose EPS to Si3N4. In addition, the combined treatment was not as effective in collapsing the EPS molecules as when tobramycin was applied alone. Finally, the effects of treatments were dose-dependent. Altogether, our findings suggest that a sequential treatment could be effective in treating A. baumannii biofilms, in which a hyperosmotic agent is used first to collapse the EPS and limit the diffusion of nutrients into the biofilm, followed by the use of an antibiotic to kill the bacterial cells that escape from the biofilm because of starvation.