IUE GCRIS Premium Database

The scientific memory of İzmir University of Economics. Publications, projects, and researchers—all in one place. The heart of open science beats here. 'Open Science. Visible Impact.'

Recent Submitted Publications

Article
Comparisons Between Young, Aged, and Alzheimer's Brains Reveal Specific Expression Patterns for a Subset of Transposons and Satellite Repeats
(2025) Turan, E.; Çeltik, B.; Dağlar, G.; Kaya, İ.; Tu Fekçi, M.; Yandim, C.
Recent studies have highlighted the involvement of repeat-derived transcripts in the pathological transcriptome of Alzheimer's disease (AD). However, it remains unclear whether these transcripts arise as a consequence of aging or are directly associated with AD pathology. Particularly, the specific contribution of satellite repeats to this phenomenon has not been systematically investigated. In this study, we profiled the non-coding expression patterns of all repetitive DNA elements - including satellites - across healthy young, healthy aged, and aged AD brain samples. Comparative transcriptome analysis revealed only a single differentially expressed repeat between aged and young brains. In contrast, AD brains exhibited significant expression changes in eight specific repeat elements relative to their healthy aged counterparts. Among these AD-specific repeats, the satellite repeat HSATII showed the highest fold change and a modest increase in histone acetylation levels, suggesting potential regulatory or feedback mechanisms in AD pathology. Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA) identified modules of co-expressed genes and repeats, revealing a network moderately correlated with the AD phenotype and indicating complex interactions between repeats and genes during disease onset. Collectively, our comprehensive analysis of repeat expression in post-mortem human AD brains demonstrates alterations in transposon and satellite repeat expression patterns that are distinct from agerelated changes. This record is sourced from MEDLINE/PubMed, a database of the U.S. National Library of Medicine
Conference Object
Article
Yaşlı Hastalarda Mide Kanseri Cerrahisinin Perioperatif Sonuçlarının Değerlendirilmesi
(2025) Sezer, Taylan Özgür; Ersin, Muhtar Sinan; Fırat, Özgür; Bozbiyik, Osman; Uc, Can; Girgin, Tolga
Amaç: Mide kanseri dünyada en sık görülen beşinci kanserdir. Toplumun yaşlanmasıyla beraber ileri yaş grubunda da mide kanseri görülebilmektedir. Çalışmamızın amacı 80 yaş ve üstü hastalarda mide kanseri cerrahisinin erken dönem sonuçlarının değerlendirilmesidir. Gereç ve Yöntem: Ocak 2015 Haziran 2022 tarihleri arasında mide kanseri nedeniyle opere edilen 80 yaş ve üstü hastalar; klinik, histopatolojik ve erken dönem perioperatif sonuçlar retrospektif olarak değerlendirildi. Bulgular: Çalışmaya toplam 23 hasta dahil edildi. Hastaların yaş ortalaması 81.9 idi. Hastaların sekizi kadın 15’i erkekti. Üç hastaya neoadjuvant sistemik tedavi uygulanmış idi. On bir hastaya total gastrektomi, beş hastaya distal gastrektomi, yedi hastaya proksimal gastrektomi uygulandı. İlk 90 günde iki hastada (%8,69) eksitus, üç hastada (%13,04) morbidite gelişti. Sonuç: Yaşlı hasta grubu özel bir hasta grubudur. Tedavi süreci planlanırken hasta bazlı karar verilmelidir. Mümkünse medikal olarak fit hasta grubuna cerrahi rezeksiyon uygulanmalıdır.
Article
Göl Kirliliği Probleminin Çözümü için Hızlı ve Güvenilir Bir Sayısal Yaklaşım
(2025) Gümgüm, Sevin
Su, hava gibi çevrenin temel bileşenlerinden biridir ve su kaynaklarının bozulması tüm canlı organizmaları tehdit etmektedir. Bu nedenle su kirliliği sorununu araştırmak büyük önem taşımaktadır. Göller, su kaynaklarının büyük bir bölümünü oluşturmaktadır. Bu çalışmanın amacı, üç adet birbiriyle bağlantılı gölden oluşan bir sistemdeki kirlilik dinamiklerini Gegenbauer dalgacık yöntemi ile analiz etmektir. Problem, her bir göldeki kirlilik oranının zamana göre değişimini temsil eden üç doğrusal diferansiyel denklem sistemi ile modellenmiştir. Zaman türevlerine, kesikli Gegenbauer dalgacık serisiyle yaklaşılmış ve diferansiyel denklem sistemi, cebirsel denklem sistemine dönüştürülmüştür. Elde edilen sayısal sonuçlar, literatürde mevcut diğer sayısal sonuçlarla karşılaştırılarak önerilen tekniğin güvenilir ve hızlı olduğu gösterilmiştir. Ayrıca, yöntemin yüksek doğruluk sağladığı ve bu nedenle diğer ekolojik olayların çözümünde de kullanılabileceği ortaya konmuştur.
Article
Yeni Teşhis Konulan Multipl Sklerozlu Bireylerde Servikal Omurilik Lezyonunun Üst Ekstremite Fonksiyonu Üzerindeki Etkisinin Değerlendirilmesi
(2025) Cinar, Bilge Piri; Ozakbas, Serkan; Kaya, Ergi; Baba, Cavid; Özdoğar, Asiye Tuba; Yapıcı, Nurbanu Aygündüz; Karakas, Hilal
Amaç: Çok erken evre multipl skleroz (MS) hastalarında servikal kord lezyonlarının üst ekstremite fonksiyonları üzerindeki etkisini değerlendirmek ve bu popülasyonda üst ekstremite fonksiyonlarını etkileyen faktörleri tanımlamak. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 245 ilk semptomlardan 24 ay geçmiş ve 378 tanıdan sonraki altı ay içinde hastalık modifiye edici tedaviye (DMT) başlamış MS’li bireyler dahil edilmiştir. Üst ekstremite fonksiyonlarını değerlendirmek için Dokuz Çivi Peg Testi (N-HPT) uygulanmıştır. Servikal kord lezyonunun varlığına göre katılımcılar iki gruba ayrıldı. Bulgular: Gruplar arasında yaş, cinsiyet, hastalık süresi ve atak sayısı açısından anlamlı bir fark bulunmamıştır. Ancak, toplam Genişletilmiş Engellilik Durumu Ölçeği (EDSS) skoru, piramidal ve duyusal fonksiyonel sistem skorları, servikal kord lezyonları olan MS’li bireylerde olmayanlara göre daha yüksek bulunmuştur. Tanıdan sonraki altı ay içinde DMT başlatılan katılımcılarda, dominant ve ortalama N-HPT performans süreleri, servikal kord lezyonu olan MS’li bireylerde olmayanlara göre anlamlı derecede daha uzun bulunmuştur. Ancak, ilk semptomlardan 24 ay sonra tanı konulan katılımcılar arasında gruplar arasında anlamlı bir fark gözlenmemiştir. Yaş, hastalık süresi ve tanıdan tedaviye kadar geçen süre, N-HPT performansını etkileyen önemli faktörler olarak belirlenmiştir. Daha genç, daha kısa hastalık süresine sahip ve tanı sonrası daha erken tedavi alan MS’li bireyler, diğerlerine göre daha iyi performans göstermiştir. Sonuç: Çalışmamız, MS’in erken evrelerinde bile servikal kord lezyonlarının üst ekstremite fonksiyonları üzerindeki etkisini vurgulamakta ve erken tanı ile DMT’lerin hızlı bir şekilde başlatılmasının önemini ortaya koymaktadır.