IUE GCRIS Premium Database
The scientific memory of İzmir University of Economics. Publications, projects, and researchers—all in one place. The heart of open science beats here. 'Open Science. Visible Impact.'
Most Viewed Publications
Most Downloaded Publications
Effects of Traditional and Digital Experiential Marketing on Brand Loyalty: a Research on Sephora Brand
Master Thesis
501
Ts Iso 45001 İş Sağlığı ve Güvenliği Yönetim Sistemi ve Tehlikeli Sınıfta Bir Üretim Tesisinde Uygulama
Master Thesis
428
Recent Submitted Publications
Uçan Tasarsız Ağlar için Doğadan İlham Alan ve Geleneksel Yönlendirme Algoritmalarının Araştırılması
(2025) Karaküçük, Ömer Hakan; Korkmaz, İlker
Uçan Tasarsız Ağ (FANET), mobil tasarsız ağların (MANET) özel bir türüdür ve ağ düğümlerinin son derece hareketli insansız hava araçları (İHA) olduğu bir iletişim ağını ifade eder. Doğal afetler, ulusal güvenlik veya terörle mücadele gibi bazı İHA kullanım durumlarının kırılgan ve kritik doğası, paketlerin düğümler veya eşler arasında iletim hızı açısından en doğru yönlendirme algoritmasını seçmenin büyük önemini ortaya koymaktadır. Uçan tasarsız ağlardaki düğümlerin yüksek hareketliliği, FANET'ler için son derece dinamik bir topolojiye yol açar ve amaca uygun bir yönlendirme algoritmasının dikkatlice seçilmesini gerektiren bir ağ yönlendirme zorluğu ortaya çıkarır. Bu bağlamda uygun bir yönlendirme algoritması için örnek olarak, karınca kolonisi optimizasyon metasezgisine dayanan bir sürü zekası optimizasyon algoritması olan AntHocNet verilebilir. Bu tezde, popüler geleneksel yönlendirme algoritmalarından bazıları (AODV, DSDV ve OLSR) ve doğadan ilham alan bir yönlendirme algoritması (AntHocNet), önceden belirlenmiş çeşitli senaryolar çalıştırılarak ns-3 simülasyonları aracılığıyla karşılaştırılmıştır. Önceden belirlenmiş senaryolara dayalı olarak yürütülen simülasyonlar, karşılaştırılan yönlendirme protokollerinin performansının dinamik olarak değişen ağ topolojileri, ağ yükleri ve ağ boyutları altında nasıl etkilendiğine dair araştırma sorularına yanıt aramaktadır. Simülasyon sonuçlarının karşılaştırmalı analizi, doğadan ilham alan yönlendirme protokolü AntHocNet'in hem reaktif yönlendirme protokolü AODV hem de proaktif yönlendirme protokolleri DSDV ve OLSR'nin çok ötesinde performans sunduğunu göstermektedir.
İnsan Meme Epitel Hücrelerinin Replikatif Senesensi Sırasında Tekrarlayan DNA Elementlerindeki Nicel Değişimler
(2026) Çeltik, Büşranur; Yandım, Cihangir
Tekrarlayan DNA, insan genomunun yaklaşık yarısını oluşturur ve yaşlanma boyunca yapısal değişiklikler geçirdiği bilinmektedir. Bu değişiklikler kanser dahil birçok hastalıkla ilişkilendirilmiştir. Bazı tekrar ailelerinde yaşa bağlı ekspresyon ve kopya sayısı farklılıkları bildirilmiş olsa da hücresel senesens sırasında tekrarlayan DNA'daki nicel değişimlerin kapsamı sistematik olarak araştırılmamıştır. Özellikle epitel hücrelerinde tekrarlayan element dinamiklerinin yaşlanmaya veya kanserleşmeye nasıl katkı sağlayabileceği hâlen belirsizdir. Bu çalışma, replikatif senesensin insan epitel hücrelerinde tekrarlayan elementlerde ölçülebilir değişikliklere yol açıp açmadığını incelemek amacıyla tasarlanmıştır. Bu doğrultuda, genç ve senesens durumundaki HMEC örneklerinin genomik değişimlerini değerlendirmek için kısa-okuma tam genom dizileme kullanılmıştır. Satelit DNA hem de novo kümelendirme yöntemi hem de okuma-haritalama temelli analizlerle incelenmiştir. Senesens sırasında nicel değişim gösteren birkaç aday satelit tekrar saptandı; ancak ALR_alpha, tüm örneklerde tutarlı biçimde artan tek satelit ailesi olup, bu yönüyle ortak ve özellikle dikkat çekici bir tekrar olarak öne çıktı. Diğer satelitler ise örnekler arasında değişken desenler sergilemiştir. STR analizi, yaşlanma sürecinde tekrar uzunluğu değişen lokuslarla örtüşen belirli gen gruplarını ortaya koymuş ve gen zenginleştirme analizi bu genlerin gelişimsel ve yapısal süreçlerle ilişkili olduğunu göstermiştir. Transpozon eklenmesi analizi ise senesense özgü bir mobilizasyon olmadığını ortaya koymuştur. Bu bulgular, bazı tekrarların senesensle ilişkili olabileceğini ve küçük genomik değişikliklerin dahi epitel yaşlanması üzerinde önemli biyolojik etkiler yaratabileceğini düşündürmektedir. Sonuçlar, senesens ve erken karsinogenez arasındaki olası bağlantılara işaret etmektedir. Gelecek çalışmalarda istatistiksel gücü artırmak için daha geniş örneklem gruplarına ve tekrarlayan elementlerin daha doğru çözümlenmesini sağlayacak uzun-okuma dizileme teknolojilerine ihtiyaç vardır. Bu tez, TÜBİTAK 1001 programından (Proje No: 123Z315) fon desteği almıştır.
Anket Verileri Dayalı Ajan Tabanlı Simülasyon Modellemesi: Evsel İlaç Atığı Yönetimi için Bütünleşik Bir Yaklaşım
(2025) Utma, Gizem Halil; Tunalı, Semra
Küresel ilaç tüketimindeki hızlı artış, evsel ilaç atıklarının çevre ve halk sağlığı açısından yarattığı riskleri büyütmüştür. Bu tez, İzmir'deki hanelerin ilaçları saklama, bertaraf etme ve olası yeniden kullanma davranışlarını şekillendiren bireysel, yapısal ve bilgisel etmenleri incelemektedir. Çalışma iki aşamalı bir karma yöntem tasarımına dayanmaktadır. İlk aşamada, 401 hane ve 43 eczacıdan toplanan anket verileri lojistik regresyon ile analiz edilerek ilaç birikimi, kullanılmayan ilaçları evde tutma eğilimi, uygunsuz bertaraf ve yeniden kullanım niyetlerini etkileyen temel belirleyiciler ortaya konmuştur. Bu ampirik bulgular, ikinci aşamada bilgi müdahaleleri, eczacı rehberliği, toplama altyapısının güçlendirilmesi ve döngüsel ekonomi seçeneklerini içeren politika senaryolarını değerlendiren bir Etmen Tabanlı Modelleme ve Simülasyon (ABMS) çerçevesinin oluşturulmasında kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar, hanelerde oluşan ilaç fazlasının özellikle uzun süreli tedavilerde ortaya çıkan reçeteleme ve temin süreçlerinden kaynaklandığını göstermektedir. Simülasyon deneyleri, yalnızca bilgilendirme yapılmasının sınırlı bir etki yarattığını; etkili davranış değişimi için erişilebilir bir toplama altyapısının gerekli olduğunu ortaya koymaktadır. Eczacılar iade süreçlerini desteklemeye istekli olsa da yasal ve operasyonel sınırlamalar bu katkıyı kısıtlamaktadır. Ayrıca döngüsel ekonomiye yönelik uygulamalar, sıkı güvenlik gereklilikleri ve iade edilen ürünlerin sınırlı raf ömrü nedeniyle daralmaktadır. Sonuç olarak, evsel ilaç atıkların yönetimi konulu bu tez çalışması kapsamında yapılan simülasyon denemeleri, evsel ilaç atıklarının oluşmasını önleyici düzenlemeler yapma yaklaşımının, evsel ilaç atıklarının uygun bir şekilde imhası için düzenlemeler yapmaktan çok daha fazla etkili olacağını ortaya koymuştur. Bu yaklaşım; daha dengeli reçeteleme uygulamaları, yaygın ve etkin işleyen bir toplama ağı ve eczacıların sürece daha aktif katılımıyla önemli bir ölçüde desteklenebilir.
Asimetrik ve Bölgesel Olmayan Federalist Düzenlemeler Çok Uluslu Devletlerde Çoğulcu Birlikteliğe Katkıda Bulunur Mu? Normatif ve Tarihsel Bir Analiz
(2025) Kong, Lingkai; Sezer, Devrim
Bu tez, federalizmi daha geniş felsefi bağlamı içerisinde konumlandırmakta ve düşünceleri incelikli bir gelişim hattı paylaşan ancak çoğu zaman yeterince çalışılmamış üç önemli düşünürün—Johannes Althusius, Pierre-Joseph Proudhon ve Karl Renner—argümanlarını analiz etmektedir. Bu üç düşünürün eserleri birlikte ele alındığında, federalizmin monist kavrayışlarından ayrılan kuramsal bir çizgi ortaya çıkmaktadır. Althusius, federalizmi birliksel (associational) ve uzlaşmacı (consociational) terimlerle anlamlandırmıştır; Proudhon ise Althusius ile açık bir şekilde tartışmaya girmemiş olsa da, Althusçu birliksel geleneği yeniden üretmiş ve genişletmiş, buna ek olarak etnik çoğulculuğa daha güçlü bir vurgu getirmiştir. Bu birliksel çerçeveler, asimetrik federal düzenlemelerin kavramsal temellerini sunmaktadır. Renner ise kişisel ilke (personal principle) aracılığıyla bölgesel olmayan (non-territorial) bir federal yenilik geliştirmiştir. Bu düşünürlerin normatif çözümlemesine ek olarak, tezde İspanya ve Kanada örnekleri üzerinden asimetrik federal yapıları, Belçika örneği üzerinden ise bölgesel olmayan düzenlemeleri gösteren kısa bir ampirik bölüm de bulunmaktadır. Güncel tartışmaları tarihsel anlatılarla birleştirerek ve kuramsal düşünümü ampirik örneklerle destekleyerek, tez büyük ölçüde ihmal edilmiş bir federal düşünce damarını ortaya çıkarmaktadır. Antlaşma ve birlik temelli bu yaklaşım—asimetrik ve bölgesel olmayan özellikleriyle—çok uluslu bir arada yaşama sorunlarını anlamak ve potansiyel olarak çözmek için önemli bir alternatif sunmaktadır.
G4ML: DNA G-Quadripleks Tanımlanması için G4-ChIP Dizileme Verileri Kullanılarak Antikora ve Hücre Tipine Özgü Bir Makine Öğrenmesi Yaklaşımı
(2026) Ulaş, Polen Nehir; Doluca, Osman
G-quadruplexler (G4s), DNA and RNA'da ortaya çıkabilen sıra dışı ikincil yapılardır. Genomda önemli düzenleyici görevleri olmasına rağmen G4'lerin dinamik and ortama bağlı yapısı, oluşumlarının doğru tahmin edilmesini zorlaştırmaktadır. Bu nedenle, G4 tahmininin doğruluğunu artırmak and iyileştirmek amacıyla, deneysel and hesaplamalı yöntemler geliştirilmeye devam edilmektedir. Bu çalışmada, DNA dizilerindeki G-quadruplex oluşumunu tahmin etmek üzere, biyoloji temelli mimariye sahip bir evrişimsel sinir ağı (CNN) geliştirilmiştir. Model, önceden işlenen büyük ölçekli in vivo (canlı hücre ortamında) BG4-ChIP-seq verileri ve, elde edilen sekansların ikincil yapı olasılıkları birlikte kullanılarak eğitilmiştir. Model mimarisine, G/C dizilim örüntülerini and zincir yönünden bağımsız BG4 bağlanma davranışını yakalamak amacıyla, G4 biyolojisinden ilham alınarak geliştirilen iki yeni evrişim bloğu uygulandı, G4Stack Evrişim and Ters Tamamlayıcı Evrişim. İki yeni evrişim bloğunun da dahil edilmesiyle elde edilen mimari, temel modele kıyasla kayda değer bir gelişme göstererek 0.970 AUC-ROC (ROC eğrisi altında kalan alan) değerine ulaşıp modelin tahmin performansını önemli ölçüde iyileştirmiştir. G4Stack Evrişim bloğunun tek başına kullanıldığında model performansını iyileştirmesi göz ardı edilemezken, G4Stack Evrişim and Ters Tamamlayıcı Evrişim bloklarının sinerjistik etkisinin en yüksek doğruluk değeri ile sonuçlanması özellikle dikkate değerdir. Türler arası değerlendirme sonuçları, insan verisinde güçlü bir performans gösterirken, fare verisinde makul düzeyde bir aktarılabilirlik sağlamakta and pirinç verisinde sınırlı bir performansa işaret etmektedir. Bu bulgular, derin öğrenme mimarilerinin G4-spesifik biyolojik kısıtlamalarla bütünleştirilmesinin in silico (bilgisayar ortamında) G4 tahminlerini iyileştirebileceğini göstermektedir. Bu çalışmada sunulan yapı, genom çapında G-quadruplex analizi için güçlü bir hesaplamalı araç sağlamak ile birlikte, gen düzenlemesi and G4 hedefli terapötik çalışmaların gelecekteki araştırmalarını destekleyebilir.