Browsing by Author "Doluca, Osman"

Now showing 1 - 2 of 2

G4ML: DNA G-Quadripleks Tanımlanması için G4-ChIP Dizileme Verileri Kullanılarak Antikora ve Hücre Tipine Özgü Bir Makine Öğrenmesi Yaklaşımı
(2026) Ulaş, Polen Nehir; Doluca, Osman
G-quadruplexler (G4s), DNA and RNA'da ortaya çıkabilen sıra dışı ikincil yapılardır. Genomda önemli düzenleyici görevleri olmasına rağmen G4'lerin dinamik and ortama bağlı yapısı, oluşumlarının doğru tahmin edilmesini zorlaştırmaktadır. Bu nedenle, G4 tahmininin doğruluğunu artırmak and iyileştirmek amacıyla, deneysel and hesaplamalı yöntemler geliştirilmeye devam edilmektedir. Bu çalışmada, DNA dizilerindeki G-quadruplex oluşumunu tahmin etmek üzere, biyoloji temelli mimariye sahip bir evrişimsel sinir ağı (CNN) geliştirilmiştir. Model, önceden işlenen büyük ölçekli in vivo (canlı hücre ortamında) BG4-ChIP-seq verileri ve, elde edilen sekansların ikincil yapı olasılıkları birlikte kullanılarak eğitilmiştir. Model mimarisine, G/C dizilim örüntülerini and zincir yönünden bağımsız BG4 bağlanma davranışını yakalamak amacıyla, G4 biyolojisinden ilham alınarak geliştirilen iki yeni evrişim bloğu uygulandı, G4Stack Evrişim and Ters Tamamlayıcı Evrişim. İki yeni evrişim bloğunun da dahil edilmesiyle elde edilen mimari, temel modele kıyasla kayda değer bir gelişme göstererek 0.970 AUC-ROC (ROC eğrisi altında kalan alan) değerine ulaşıp modelin tahmin performansını önemli ölçüde iyileştirmiştir. G4Stack Evrişim bloğunun tek başına kullanıldığında model performansını iyileştirmesi göz ardı edilemezken, G4Stack Evrişim and Ters Tamamlayıcı Evrişim bloklarının sinerjistik etkisinin en yüksek doğruluk değeri ile sonuçlanması özellikle dikkate değerdir. Türler arası değerlendirme sonuçları, insan verisinde güçlü bir performans gösterirken, fare verisinde makul düzeyde bir aktarılabilirlik sağlamakta and pirinç verisinde sınırlı bir performansa işaret etmektedir. Bu bulgular, derin öğrenme mimarilerinin G4-spesifik biyolojik kısıtlamalarla bütünleştirilmesinin in silico (bilgisayar ortamında) G4 tahminlerini iyileştirebileceğini göstermektedir. Bu çalışmada sunulan yapı, genom çapında G-quadruplex analizi için güçlü bir hesaplamalı araç sağlamak ile birlikte, gen düzenlemesi and G4 hedefli terapötik çalışmaların gelecekteki araştırmalarını destekleyebilir.
Long Noncoding RNA NEAT1 Interacts with the miR-3648 Axis in Imatinib Resistant Chronic Myeloid Leukemia Cell Model
(Springer Nature, 2025) Doluca, Osman; Kayabasi, Cagla; Mutlu, Zeynep