Browsing by Author "Duymaz, Eli̇f"

Now showing 1 - 1 of 1

Comprehensive Mapping of the Genomic Evolution in Human Fibroblasts Reaching Replicative Senescence
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Duymaz, Eli̇f; Yandim, Ci̇hangi̇r
Vücut yaşlanması, hücresel yaşlanmanın (senesens) toplam ve kaçınılmaz sonucudur. Hücreler bölündükçe, kromozom uçlarındaki tekrarlayan telomer dizileri kısalmakta, DNA hasar tepkisi tetiklenerek hücre döngüsü bozulmakta ve replikatif yaşlanmaya neden olmaktadır. Bununla birlikte, son zamanlarda yayınlanan literatür çalışmaları, bu tür mekanizmaların telomerik olmayan bölgelerden de kaynaklanabileceğini öne sürmektedir. Buna rağmen, bu ek bölgelerin konumları ve dizileri henüz aydınlatılamamıştır. Bu tez, doğal replikatif yaşlanmaya ulaştıkça küçük ölçekli genomik evrimin kapsamlı bir haritasını sağlayarak bu bölgeleri tespit etmeyi amaçlamaktadır. Bu amaçla; genç, senesens öncesi ve senesense ulaşan insan fibroblastlarına tüm genom dizileme işlemi yapıldı. Sonuçta elde edilen veriler de novo tekrar motiflerinin ortaya çıkması, kısa ardışık tekrar genişlemeleri/daralmaları, transpozon atlamaları, indel mutasyonları, tek nükleotid değişimleri ve tekrar öğelerinin sayısındaki değişikliklerin belirlendiği son teknoloji biyoenformatik araçlarıyla analiz edildi. Şaşırtıcı bir şekilde, bu değişikliklerden herhangi birini gösteren tüm genler, gen ontolojisi analizine tabi tutulduğunda; diyabet, depresyon ve sirkadiyen ritimleri gibi yaşla ilişkili birçok biyolojik fenotip için önemli bir zenginleşme gösterdi. Bu sonuçlar, spontan mutasyonların yaşlanan genomda tamamen rastgele birikmediğini ve yaşlanma sürecinde bilinen yaşa bağlı fenotiplere karşı bir eğilim gösterdiğini işaret etmektedir. Bu sonuç, iyi bilinen gen ifadesi değişikliklerine ek olarak; DNA mutasyonlarının da yaşlanmanın önde gelen nedenlerinden biri olabileceği olasılığını ortaya koymaktadır. Bu tez araştırması TUBİTAK 3501 programı tarafından desteklenmiştir (Proje Numarası: 219Z371).