Browsing by Author "Turan, Elif"

Now showing 1 - 2 of 2

Comparisons Between Young, Aged, and Alzheimer's Brains Reveal Specific Expression Patterns for a Subset of Transposons and Satellite Repeats
(Indian Acad Sciences, 2025) Turan, Elif; Celtik, Busranur; Daglar, Gokce; Kaya, Ilayda; Tufekci, Mert; Yandim, Cihangir
Recent studies have highlighted the involvement of repeat-derived transcripts in the pathological transcriptome of Alzheimer's disease (AD). However, it remains unclear whether these transcripts arise as a consequence of aging or are directly associated with AD pathology. Particularly, the specific contribution of satellite repeats to this phenomenon has not been systematically investigated. In this study, we profiled the non-coding expression patterns of all repetitive DNA elements - including satellites - across healthy young, healthy aged, and aged AD brain samples. Comparative transcriptome analysis revealed only a single differentially expressed repeat between aged and young brains. In contrast, AD brains exhibited significant expression changes in eight specific repeat elements relative to their healthy aged counterparts. Among these AD-specific repeats, the satellite repeat HSATII showed the highest fold change and a modest increase in histone acetylation levels, suggesting potential regulatory or feedback mechanisms in AD pathology. Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA) identified modules of co-expressed genes and repeats, revealing a network moderately correlated with the AD phenotype and indicating complex interactions between repeats and genes during disease onset. Collectively, our comprehensive analysis of repeat expression in post-mortem human AD brains demonstrates alterations in transposon and satellite repeat expression patterns that are distinct from age-related changes
İnsan Meme Epitel Hücrelerindeki Replikatif Yaşlanma Sürecinde Sıcak Mutasyon Bölgelerinin ve Klonal Evrimin Genom Genelinde Belirlenmesi
(2025) Turan, Elif; Yandım, Cihangir
Replikatif hücresel yaşlanma, yaşlanmanın temel belirteçlerinden biri olup birçok yaşa bağlı hastalığa katkıda bulunmaktadır. Sporadik yaşa bağlı kanserlerin büyük çoğunluğunun epitel dokulardan kaynaklanması nedeniyle, epitel hücre yaşlanması sırasında ortaya çıkan genomik değişikliklerin ve bu değişimlerin klonal yapılara etkisinin anlaşılması büyük önem taşır İnsan meme epitel hücreleri (HMEC), epitel dokularda replikatif yaşlanmanın in vitro incelenmesi için altın standart kabul edilen bir modeldir. Bu tez çalışmasında, replikatif yaşlanmaya ulaşan HMEC hücrelerinin genomik DNA'sında oluşan tüm değişiklikleri, genç ve çoğalmakta olan karşıtlarıyla karşılaştırmalı olarak ortaya koymak amacıyla derin kısa-okuma tüm genom dizileme teknolojisi kullanılmıştır. Tek nükleotid varyasyonları, indeller, yapısal değişiklikler ve kopya sayısı değişimleri gibi yaşa bağlı geniş bir varyasyon yelpazesi tanımlanmış; klonal evrimsel dinamikler ileri düzey biyoinformatik yöntemlerle incelenmiştir. Sonuçlar, replikatif yaşlanmanın doğrusal bir klonal evrim izlediğini ve baskın klonların ardışık olarak ortaya çıkıp mutasyon biriktirdiğini göstermiştir. Mutasyona uğramış genler, morfogenez, hücre iskeleti organizasyonu ve metabolizma ile ilişkili yolaklarda zenginleşmiş olup, belirleyici moleküler değişimlere işaret etmektedir. Perisentromerik bölgeler, telomerik ve subtelomerik bölgelerle birlikte daha önce yeterince tanınmamış genomik sıcak noktalar olarak ortaya çıkmıştır. Mutasyonel imza analizleri, yaşa ve kansere özgü imzaların yaşlı hücrelerde güçlü şekilde zenginleştiğini doğrulamıştır. Birey içi benzerlik gözlenmesine rağmen, mutasyon birikimi aynı zamanda rastlantısal farklılıklar da göstermiş; bu da hem belirleyici hem de stokastik süreçlerin etkili olduğunu ortaya koymuştur. Bu bulgular, replikatif yaşlanmanın genom düzeyindeki yapısını ortaya koymakta ve yaşlanmaya bağlı işlev kaybı ile kanserleşme sürecine olası katkısını aydınlatmaktadır. Gelecek çalışmalarda, çoklu örnekli klonal modelleme ve uzun okuma dizileme ile, tekrar eden bölgelerdeki yapısal değişiklikleri daha net çözümlemek planlanmaktadır.