Browsing by Author "Yeşi̇lyurt, Yağmur"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Master Thesis
    Structural and Affinity Analysis of Selex-Generated Aptamers and Optimization Through In-Silico Mutagenesis
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Yeşi̇lyurt, Yağmur; Doluca, Osman
    Bu tezin amacı, SELEX metodu ile üretilen aptamerlerin kapsamlı bir yapısal analizini gerçekleştirmek ve bu analize dayanarak, afinitesini artırmak için modifiye edilmiş bir aptamer oluşturmak amacıyla bir iş akışı tasarlamaktır. İlk olarak, biyoiformatik yazılımları ile bir aptamer dizisinden 2D ve 3D yapılar elde edilerek, aptamerlerin fiziksel yapıları detaylıca incelenmiştir. Moleküler yerleştirme yöntemi ve moleküler dinamik (MD) simülasyonları kullanılarak, aptamerin hedef molekülle etkileşimi analiz edilmiştir. Devamında, in-silico mutajen yoluyla elde edilen aptamerle hedef molekülün afinitesinin iyileştirilip iyileştirilemeyeceği araştırılmıştır. Hedef hormonuna karşı, aptamerin performansının iyileştirilmesi için moleküler etkileşimler analiz edilmiş ve bağlanma afinitesini artırabilecek mutasyonlar önerilmiştir. Çalışmada, literatürdeki alsager22 aptamerinin 2D ve 3D yapıları ve hedef hormonu olan östradiol ile bağlama bölgesi elde edilmiştir. Afinite analizi sonucunda, aptamerin östradiolle en iyi afinite göstermesine rağmen, hedef dışı hormonlar olan progesteron, testosteron, androstenedionla beklenmedik etkileşimleri saptanmıştır. 63 potansiyel mutant aptamer arasından seçilen mutant alsager22 ile yapılan ileri analizler, mutasyonun aptamerin genel yapısını ve hormon bağlanma bölgesini değiştirdiğini göstermiştir. Bu doğrultuda, güvenilir ve tekrarlanabilir bir süreç olmadığı için mutasyon ile daha iyi afinite elde edileceği genel kanısına varılamamıştır. Yine de ΔG değerleri karşılaştırıldığında çalışma boyunca en yüksek afinite, seçilen mutant aptamer ve östradiol ile gerçekleştirilen MD simülasyonunda gözlemlenmiştir. Bu bulgular, mutasyonla daha iyi afinite elde etme olasılığının varlığını, ancak çok fazla mutasyon olasılığı olduğu için kapsamlı bir işlem gücü gerektiğini ortaya koymaktadır.