04. Enstitüler

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/10

Browse

Now showing 1 - 3 of 3

Investigating the Effects of Collagen Fibril Alignments on Hepatocellular Carcinoma Cells
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2022) Oktay, Selin; Alp, Burçak; Yandım, Cihangir
Geçmişten günümüze kadar birçok araştırmaya konu olan kolajen, dokularda sıklıkla rastlanan ve anahtar roller üstlenen bir biyolojik polimerdir. Ekstraselüler matriks (ESM) yapısında bol miktarda bulunan bu polimerin, biyolojik ve dış faktörler sebebiyle yapısının değişmesi sonucunda bazı hastalıkların ortaya çıktığı kanıtlanmıştır. ESM yapısındaki kolajenin karaciğer fibrozu hastalığında endotel ve hepatosit hücreleri gibi hücre gruplarıyla etkileşime girip bazı spesifik moleküler sinyalleri indüklemesiyle birlikte dokuda damarlanmayı ve sertliği arttırarak tümor oluşumuna sebep olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada farklı kolajen fibril hizalanmaları elektroeğirme, manyetik kuvvet ve mekaniksel kuvvet yaratılarak taklit edilip, bu farklı fibril düzenlerinde hepatoselüler karsinom hücrelerinin davranışları incelenmiştir. Hizalanmış kolajen fibrillerine ekilen Huh-7 hücrelerinin Krt19, Hnf1a ve Hnf4a genlerinde upregulasyona meyilli olduğu görülmüş, hepatoselüler karsinom hücrelerinin hizalanmış fibrillerde hizalanmamış olanlara göre tümor gelişiminde daha agresif davranacakları düşünülmüştür.
Investigating the Functional Mechanisms of Proteolysis Via Ftir and Cd Spectroscopy
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2022) Açıkgöz, Burçin Dersu; Alp, Burçak; Güler, Günnur
Peptit bağlarının enzimatik parçalanması proteoliz olarak bilinir ve protein polipeptit zincirinin enzimlerle peptit bağlarını parçalayarak bozulmasına neden olan doğal bir süreçtir. Proteoliz mekanizması ilaç, gıda ve biyoteknoloji sektörlerinde önemli bir yere sahiptir. Bu çalışmada, hidroliz sırasında sıcaklıkla birlikte hem su-etanol karışımları hem de döteryum oksit tamponu varlığında ß-kazeinin zamana bağlı moleküler değişikliklerini incelerken aynı zamanda su-etanol karışımında sığır serum albümininin (BSA) moleküler değişimlerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada ß-kazeinin sekonder yapısındaki değişiklikler Fourier dönüşümlü kızılötesi (FTIR) spektroskopisi ile izlenirken, BSA'nın sekonder yapı değişiklikleri Dairesel Dikroizm (CD) spektroskopisi ile incelenmiştir. Her iki spektroskopik tekniğin uygulanabilirliği, farklı sıcaklıklarda ve farklı tampon koşullarında ß-kazein ve BSA'nın triptik hidrolizi sırasında spektral değişikliklerin izlenmesiyle gösterilmiştir. FTIR spektroskopisi sonuçlarına göre en önemli değişiklikler amid I ve amid II bölgelerinde (1700-1500 cm-1) meydana gelmektedir. Ayrıca serbest bırakılan ürünler olarak karboksil gruplarının (asimetrik gerilme titreşimleri: vas(COO-)) ve NH gruplarının (NH eğilme titreşimleri) IR sinyalleri 1585-1613 cm-1 aralığında yükseldiği gözlemlendi. ß-kazeinin konformasyonel değişikliklerinin izlenmesi için gelişmiş veri analizi uygulandı. Ayrıca, FTIR spektroskopisi sonuçlarına 'iki boyutlu korelasyon spektroskopisi (2DCOS) analizi' ve 'curve-fitting analizi' uygulanmıştır. CD spektroskopi sonuçlarından elde edilen verilerle, etanol varlığında BSA'nın yapısal bileşenlerinin hidroliz sırasında parçalandığı ve bozulduğu ortaya konulmuştur. Sonuç olarak, bu çalışmada biyoteknolojik teknikler ve proteomik çalışmalara fayda sağlayacak yeni metodolojik yaklaşımlar aydınlatılmıştır.
Optimization of Biohydrogen Production Yields of Hot Spring Microbial Communities and Their Evaluation Utilizing Metagenomics With Nanopore Sequencing
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2022) Akaçin, İlayda; Güngörmüşler, Mine; Doluca, Osman
Hidrojen gazının fermentatif süreçlerle biyoyakıt olarak üretilmesi, yenilenebilir ve çevre dostu enerji kaynakları kullanmak ve fosil yakıtlara olan bağımlılığı azaltmak için alternatif bir yeşil yol olarak görülmektedir. Kaplıcalardan izole edilen karboksidotrofik hidrojenojenik mikroorganizmalar, karbon monoksit dihidrojenaz ve hidrojenaz enzimleri aracılığıyla bir elektron ve karbon kaynağı olarak karbon monoksit gazını (CO) kullanarak moleküler hidrojene (H2) dönüştüren su-gaz değişim reaksiyonunu gerçekleştirmektedirler. Karboksidotrofik hidrojenojenik mikroorganizmaları içeren kaplıca mikrobiyal komüniteleri, değişen çevresel koşullara uyarlanabildikleri, sterilizasyon standartlarının daha az hassas olduğu proseslerde rol alabilmeleri, hem ekolojik hem biyoteknolojik süreçlerde CO çevrimi yapabildikleri gözlemlendiğinden endüstriyel uygulamalara değerli bir katkı sağlayabilecekleri düşünülmektedir. Doğal ortamlarında bu komünitelerin yeni nesil sekanslama teknolojileri aracılığıyla araştırmaları ekstrem doğal alanların mikrobiyal dinamiklerini anlamak için hayati önem taşımaktadır. İzmir bölgesinde bulunan 5 kaplıcadan alınan DNA örnekleri ile Oxford Nanopore Technologies MiniION sekanslama cihazı kullanılarak kaplıcaların 16S rRNA dizilemesi yapılmış ve kaplıca izolatları %100 CO ve 1 g/L maya ekstraktı altında kültive edilerek hidrojen üretim kapasiteleri araştırılmış, Gaz Kromatografisi ile H2 üretimi izlenmiştir. H2 üretim verimleri Box Behnken tasarımı ile optimize edilmiş olup, ulaşılan en yüksek H2 verimi Doğanbey kaplıcası karışık kültürü kullanılarak 0.40 mmol H2/mmol CO olarak gözlemlenmiştir.

Browse

Browsing 04. Enstitüler by Department "İEÜ, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyomühendislik Bilim Dalı"