Investigation of the effect of V-set transmembrane domains containing-5 (VSTM5) protein on the growth rate of consensus molecular subtype -1 (CMS1) group colon adenocarcinoma cell line cells

Abstract

Kolon kanseri hastalarının konsensüs moleküler alt tiplere (CMS) sınıflandırılması yeni bir yaklaşım olup, henüz bu hastalığın klinik pratik rehberlerine girmemiştir. Bu sınıflandırmanın, hastalığın prognozunun öngörülmesine yardımcı olarak tedavi yaklaşımlarının belirlenmesine katkı vermesi beklentisi, translasyonel araştırmalar için konuya ilgiyi arttırmaktadır. Günümüzde kullanılan klinik karar destek sistemlerinde hastalık prognozunu öngörmek önem kazanmakta ve bu amaçla moleküler belirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Çalışma ekibimizin yaptığı in silico çalışmalarda, CMS1 grubu kolon kanseri hastalarında sağkalım süresi ile pozitif korelasyon gösteren VSTM5 geninin, nöral gelişim üzerinde etkisi olduğu, sitotoksik T lenfositleri üzerinde immünosupresif etkisi olduğu ve T hücre proliferasyonunu inhibe ettiği bildirilmiştir. VSTM5 geninin sağkalıma etkisinin farklı mekanizmalar ile olabileceği değerlendirip, bunlardan en temeli olan kolon kanseri hücrelerinin bölünme hızına etkisinin bu tez kapsamında incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, CMS1 grubu kolon kanseri hücre hatlarında VSTM5'in bazal ekspresyon seviyelerini belirledik ve VSTM5'in kodlama dizisini memeli ekspresyon vektörü pcDNA3-EGFP'ye klonladık. Elde edilen sonuçların, literatürde kısıtlı çalışmaya sahip olan VSTM5 geninin, CMS1 grubu kolon kanseri hücre hatlarının büyümesine etkisi hakkında literatüre katkı sağlaması ve sağkalıma etkisini açıklayabilecek diğer çalışmalara öncü olması beklenmektedir.

The classification of colon cancer patients into consensus molecular subtypes (CMS) is a recent protocol that has yet to be integrated into clinical practice guidelines. The anticipation of this classification contributing to the determination of treatment approaches by aiding in the prediction of the disease's prognosis augments the interest in this subject for translational research. At present, prognosticating disease outcome is becoming increasingly significant in clinical decision-making systems, compelling the use of molecular markers. Our team's in-silico investigations have revealed that the VSTM5 gene, which is positively associated with survival in CMS1 group colon cancer patients, has an impact on neural development, immunosuppressive effects on cytotoxic T lymphocytes, and restrains T cell proliferation. This thesis explores the potential dual mechanisms underlying the influence of the VSTM5 gene on survival. Specifically, the investigation focuses on the impact of the VSTM5 gene on the growth rate of colon cancer cells. For this purpose, we determined the basal expression levels of VSTM5 in CMS1 group of colon cancer cell lines and cloned the coding sequence of VSTM5 to the mammalian expression vector pcDNA3-EGFP. The results of this research endeavor are expected to make a valuable contribution to the existing literature on the limitedly studied effects of the VSTM5 gene on the growth of CMS1 group colon cancer cell lines and its consequent impact on survival.