Please use this identifier to cite or link to this item:
https://hdl.handle.net/20.500.14365/6264| Title: | A Comparative study of DNA Alignment Algorithms and Boosting Performance Using Different Compilation Strategies | Other Titles: | Dna Hizalama Algoritmalarının Karşılaştırılmalı Çalışması ve Farklı Derleme Stratejileri ile Performans İyileştirmesi | Authors: | Doluca, Osman | Abstract: | Yeni nesil sekanslama teknolojilerinin yaygınlaşması ve biyolojik verilerin çoğalması ile beraber DNA ve protein dizi hizalama algoritmalarının daha yüksek performans ile calıştırılmasına olan ihtiyaç artmıştır. Bu çalışma iki iyi bilinen, Needleman-Wunsch ve Smith-Waterman, DNA ve Protein dizi hizalama algoritmalarının Python programlama dilinde farklı derlenme stratejilerinin sistematik kıyaslamasıdır. Sıkça kullanılan Biopython’un ikili hizalama modülü ile kendi yazdığımız yazılımın farklı derleme yaklaşımlarının performans farkının kıyaslanması amaçlanmıştır. Sonuçlar Numba’nın just-in-time derleme yönteminin PyPy ve Cython derleme yöntemleri ya da Biopython modülüne kıyasla genel olarak daha yüksek performans gösterdiğini ortaya koymuştur. Bu çalışmanın geniş çapta dizi hizalama gerektiren yazılım protipleme çalışmalarında verimliliği arttıracağı düşünülmektedir. | URI: | https://doi.org/10.17776/csj.1511642 https://search.trdizin.gov.tr/en/yayin/detay/1291796/a-comparative-study-of-dna-alignment-algorithms-and-boosting-performance-using-different-compilation-strategies https://hdl.handle.net/20.500.14365/6264 |
ISSN: | 2587-2680 2587-246X |
| Appears in Collections: | TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection |
Show full item record
CORE Recommender
Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.