Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/8832

Browse

Filters

2021 - 202422

Settings

Start date: 2020Department: search.filters.department.İEÜ, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

Search Results

Now showing 1 - 10 of 22
  • Master Thesis
    Increasing Treatment Efficacy by Drug Repositioning in Acute Lymphoblastic Leukemia
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Tükel, Ezgi̇ Yağmur; Durmaz, Yağmur Ki̇raz
    Akut lenfoblastik lösemi (ALL), hastalığın ilerlemesine katkıda bulunan çeşitli genetik anormalliklerle işaretlenmiş, önemli ölçüde heterojenliği ile tanınmaktadır. Baskın alt tip olan Philadelphia pozitif ALL (Ph+ ALL), BCR/ABL translokasyonu ile karakterize olup hastalığı yüksek riskli ve agresif hale getirir. İmatinib mesilat, tirozin kinaz inhibitörü (TKI) olarak, Ph+ ALL'nin tedavisinde etkili olmuştur. Fakat, dikkate değer etkisine rağmen, sürdürülebilir terapötik başarıya ulaşması, TKI direncinin ortaya çıkması nedeniyle zorlaşmaktadır. Bu nedenle, ALL tedavisi için alternatif sunabilecek hedeflerin belirlenmesi konusunda acil bir ihtiyaç bulunmaktadır. Bu tez, ilaçların yeniden konumlandırılması yoluyla yenilikçi ve etkili bir tedavi stratejisi önermeyi amaçlamaktadır. Çalışma, hastalık ilerlemesi ile ilişkilendirilen DEG'leri belirlemek amacıyla ALL ve Ph (+) ALL ile ilgili transkriptom veri setlerinin kapsamlı bir analizini içermektedir. Araştırma ALL için Maytansin ve İzoprenalin, Ph(+) ALL için Glipizid ve Desipramin'in terapötik müdahale için potansiyel adaylar olduğu belirlenmiştir. Seçilen ilaçların hem ALL (Jurkat) hem de Ph(+) ALL (SUP-B15) hücre hatları üzerindeki in vitro sitotoksik etkilerini doğrulamak için MTT ve Trypan blue deneyleri yapılmıştır. Ayrıca sitotoksik aktiviteye sahip olduğu belirlenen ilaçların hücreler üzerindeki apoptotik etkileri Annexin/FITC ikili boyama yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Bununla birlikte, Imatinib dirençli SUP-B15/R hücrelerinde Imatinib direncinin Desipramin ve Glipizid'in sitotoksik ve apoptotik aktiviteleri üzerineki etkisi belirlenmiştir. Deney sonuçlarına göre, belirlenen tüm ilaçların hücreler üzerinde sitotoksik ve apoptotik etkiler gösterdiği görülmüştür. Ayrıca, hem SUP-B15 hem de SUP-B15/R hücrelerinde İmatinib ile sinerjik dozlar elde edilmiştir. Sonuç olarak, sitotoksik ve apoptotik etkileri belirlenen yeniden konumlandırılmış ilaçların, hem Ph (-) ALL hem de Ph (+) ALL hastalarında tedavi etkinliğini artırarak sağkalım oranını artırma yolunu açabileceği düşünülmektedir.
  • Master Thesis
    Structural and Affinity Analysis of Selex-Generated Aptamers and Optimization Through In-Silico Mutagenesis
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Yeşi̇lyurt, Yağmur; Doluca, Osman
    Bu tezin amacı, SELEX metodu ile üretilen aptamerlerin kapsamlı bir yapısal analizini gerçekleştirmek ve bu analize dayanarak, afinitesini artırmak için modifiye edilmiş bir aptamer oluşturmak amacıyla bir iş akışı tasarlamaktır. İlk olarak, biyoiformatik yazılımları ile bir aptamer dizisinden 2D ve 3D yapılar elde edilerek, aptamerlerin fiziksel yapıları detaylıca incelenmiştir. Moleküler yerleştirme yöntemi ve moleküler dinamik (MD) simülasyonları kullanılarak, aptamerin hedef molekülle etkileşimi analiz edilmiştir. Devamında, in-silico mutajen yoluyla elde edilen aptamerle hedef molekülün afinitesinin iyileştirilip iyileştirilemeyeceği araştırılmıştır. Hedef hormonuna karşı, aptamerin performansının iyileştirilmesi için moleküler etkileşimler analiz edilmiş ve bağlanma afinitesini artırabilecek mutasyonlar önerilmiştir. Çalışmada, literatürdeki alsager22 aptamerinin 2D ve 3D yapıları ve hedef hormonu olan östradiol ile bağlama bölgesi elde edilmiştir. Afinite analizi sonucunda, aptamerin östradiolle en iyi afinite göstermesine rağmen, hedef dışı hormonlar olan progesteron, testosteron, androstenedionla beklenmedik etkileşimleri saptanmıştır. 63 potansiyel mutant aptamer arasından seçilen mutant alsager22 ile yapılan ileri analizler, mutasyonun aptamerin genel yapısını ve hormon bağlanma bölgesini değiştirdiğini göstermiştir. Bu doğrultuda, güvenilir ve tekrarlanabilir bir süreç olmadığı için mutasyon ile daha iyi afinite elde edileceği genel kanısına varılamamıştır. Yine de ΔG değerleri karşılaştırıldığında çalışma boyunca en yüksek afinite, seçilen mutant aptamer ve östradiol ile gerçekleştirilen MD simülasyonunda gözlemlenmiştir. Bu bulgular, mutasyonla daha iyi afinite elde etme olasılığının varlığını, ancak çok fazla mutasyon olasılığı olduğu için kapsamlı bir işlem gücü gerektiğini ortaya koymaktadır.
  • Master Thesis
    Evaluation of Microbial Growth Parameters and Environmental Impacts of Microalgal Bio-Facade Modular Systems
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Teki̇n, Zehranur; Güngörmüşler, Mi̇ne
    Bu yüksek lisans tezi, mikroalgal biyo-cephe modüler sistemlerinin biyomühendislik ve çevresel sürdürülebilirlikteki potansiyelini araştırmaktadır. Çalışma, bina cephelerinde mikroalg yetiştiriciliği için fotobiyoreaktör sistemlerinin optimize edilmesiyle ilgili zorlukların ve fırsatların değerlendirilmesine odaklanmaktadır. Hızlı büyüme oranları, farklı ortamlara uyum sağlama, yüksek lipit içeriği ve karbondioksit yakalama ve oksijen üretmedeki rolleri de dahil olmak üzere mikroalglerin benzersiz büyüme özellikleri vurgulanmaktadır. Araştırma, mikroalglerin bina cephelerine entegre edilmesinin çevresel ve ekonomik faydalarını değerlendirip, bunların kentsel binaların görsel ve çevresel çekiciliğine katkıda bulunma potansiyellerini açıklamaktadır. Tez ayrıca çevresel etkileri en aza indirirken büyümeyi ve üretkenliği en üst düzeye çıkarmak için fotobiyoreaktör sistemleri için tasarım yönergeleri de önermektedir. Genel olarak bu araştırma, Avrupa Yeşil Anlaşması hedefleri kapsamında çevresel sürdürülebilirlik ve karbondan arındırma hedefleriyle uyumlu olarak biyomühendislikte sürdürülebilir ve çevre dostu çözümlerin geliştirilmesine katkıda bulunmayı amaçlamaktadır.
  • Master Thesis
    2d Oxide Dielectric Nanosheets Structured Nanofilms for Ultrathin, Flexible, Transparent Capacitor Fabrication and Biological Applications
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Küçükcan, Begümnur; Sağlam, Özge; Gördeşli̇ Duatepe, Fatma Pınar; Duatepe, Fatma Pınar Gördesli
    Bu tezde, Dion-Jacobson (DJ) tipi KCa2NaNb4O13 katmanlı malzemeler katı hal yöntemi kullanılarak sentezlenmiştir. KCa2NaNb4O13 katmanlı malzemelerinin kimyasal pullandırma yöntemi ile 2.4 nm kalınlığında ve 3.5 µm yanal boyutlarında Ca2NaNb4O13 nanolevhaları içeren kolloidal solüsyonlar elde edilmiştir. Bu kolloidal solüsyonlar arasında TBA+:H+ oranı 1:16 olan solüsyon nanolevha üretimi için kullanılmıştır. Bu nanolevhalar, Langmuir-Blodgett (LB) kaplama yöntemi kullanılarak indiyum kalay-oksit – polietilen tereftalat (ITO-PET), Si, Ti/Au-Si, Ti/Au-cam ve ITO-cam alttaşları üzerine kaplanmıştır. Ek olarak, 10, 15 ve 20 katmanlı nanofilmler ITO-PET alttaşları üzerine kaplanmış ve optik litografi tekniği kullanılarak desenlenmiştir. Bu desenler, 75 nm kalınlığında ITO ile kaplanarak, 250 x 250 µm2' den 75 x 75 µm2' ye kadar değişen boyutlarda şeffaf ve esnek kapasitörler üretilmiştir. 10, 15 ve 20 katmanlı nanofilmlerini içeren kapasitörlerde, dielektrik katman sayısındaki artış, kaçak akım değerlerini azalttığı gözlemlenmiştir. Ayrıca, Si, Ti/Au-Si, Ti/Au-cam ve ITO-cam alttaşları üzerindeki nanofilmler, elektron demet litografisi (EBL) ile desenlenmiş ve 15/20 nm kalınlığında Ti/Au ile kaplanmıştır. Ti/Au-Si, Ti/Au-cam ve ITO-cam alttaşlar üzerinde de 20 x 20 µm2' den 250 x 250 nm2' ye kadar değişen boyutlarda Ti/Au elektrotlar da üretilmiştir. C-AFM ölçümleri ile bu elektrotların I-V analizleri yapılmıştır. Öte yandan, Ca2NaNb4O13 nanolevhaları ile üretilmiş nanofilmlerin Si ve ITO-PET alttaşları üzerindeki polar ve apolar yüzey gerilimleri, adezyon çalışmaları, yüzey termodinamiği temelli matematiksel modelleme ile hesaplanmıştır. Böylece, nanofilm ile ITO-PET arasındaki artan polar bağlanma, suda daha güçlü bir adezyona sebep olduğu tespit edilmiştir. Hem kaplanmamış hem de nanofilm kaplanmış Si ve ITO-PET alttaşlar üzerindeki bakteriyel biyofilm oluşumu, kristal viyole (CV) boyama yöntemi ile analiz edilmiştir.
  • Master Thesis
    In Silico Target Determination and Identification of Novel Agents Against Chemoresistant Acute Lymphoblastic Leukemia
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Özay, Başak; Ki̇raz Durmaz, Yağmur; Durmaz, Yağmur Kiraz
    Akut lenfoblastik lösemi, lenfosit kökenli bir malignitedir. Hayatta kalma oranı yüksek olmasına rağmen nüks ve ilaca direnç tedavide engel teşkil etmektedir. Bu nedenle, kemoterapi ilaçlarına karşı direnç ile ilişkili yeni genlerin tanımlanması ve bu direncin üstesinden gelebilecek olası inhibitörlerin belirlenmesi hayati önem taşımaktadır. Bu çalışma, asparaginaz, prednizolon, daunorubisin ve vinkristin dirençli ve hassas ALL hastalarının gen ekspresyon verilerini içeren GEO veri seti GSE635'in yanı sıra, onbir sağlıklı bireyin ekspresyon verilerini içeren GSE22529'u ve doğrulama seti olarak GSE19143'ü kullanmıştır. RMA normalizasyonu ve LIMMA kullanılarak dosyalar diferansiyel olarak eksprese edilen genler açısından analiz edilmiştir ve bu analizden seçilen iki protein, moleküler yerleştirme işleminden geçirildikten sonra bulunan olası inhibitörlerin GROMACS üzerinde moleküler dinamik simülasyonları yapılmıştır. Bunun sonucunda 1294 tane ekspresyonu anlamlı derecede artmış gen ve 25 merkez gen bulunmakla birlikte, 12 gen dört dirençli tipte ortak çıkmıştır. KEGG yolakları arasında PI3K-Akt ve kanserdeki yolaklarda önemli ölçüde zenginleşmiş gen olduğu görülmüştür. 3556 küçük molekülün iki proteine karşı taranması ve düşük bağlanma enerjili moleküllerin ADMET analizi ile incelenmesinin ardından üç inhibitör adayı ortaya çıkmıştır. Proteinlerden birine karşı MD analizi bağlanma bulgularını doğrulamak için kullanmış ve Eltrombopag'ın daha iyi bir inhibitör olma potansiyeli olduğunu göstermiştir. Ek olarak, Ph+ ALL hücresi SUP-B15 ve Ph- ALL hücresi Jurkat üzerin yapılan sitotoksik analizler benzer etkiler göstermiş ve ayrıca HUVEC hücreleri üzerinde yapılan analizler, ilaçların sağlıklı hücreler üzerinde önemli ölçüde daha az anti-proliferatif etkiye sahip olduğunu ortaya çıkarmıştır. Bu çalışma, kemorezistan ALL için potansiyel ortak hedef genleri ortaya çıkarmakta ve ilacın yeniden kullanılması yoluyla üç potansiyel inhibitör önermektedir.
  • Master Thesis
    Enhancing the G4-Catchall Algorithm Through Detection of Secondary Structures Within Extreme Loops
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Sönmez, Berçi̇n; Doluca, Osman
    G-dörtlü yapılar, tek sarmallı guanin (G) açısından zengin DNA ve RNA dizileri gibi kanonik olmayan, telomerik nükleik asitler tarafından oluşturulan yüksek dereceli yapılardır. G-dörtlü gruplar, guanin bakımından zengin dizilerden ortaya çıkan bir kanonik olmayan nükleik asit yapıları sınıfını temsil eder. DNA ve RNA'da G-dörtlü oluşturan dizileri tahmin etmek için birçok algoritma geliştirilmiştir. Beklenti, DNA ve RNA'daki G-dörtlü dizilerini tahmin etmek için G4-CATCHALL algoritmasının geliştirilmiş bir sürümünün oluşturulabilmesidir. Potansiyel G-dörtlüleri içerdiği bilinen aşırı döngülerdeki ikincil yapıların tespitini entegre etmek ve tahminin doğruluğunu artırmak için genişletilmiş bir parametre seti kullanmak amaçlanmaktadır. Geliştirilen algoritmanın performansının hem sentetik hem de deneysel veri setlerinde değerlendirilmesi ve orijinal G4-CATCHALL algoritmasına katkı sağlaması beklenmektedir. İyileştirilmiş algoritmanın performansının hem sentetik hem de deneysel veri kümeleri üzerinde değerlendirilmesi, orijinal G4-CATCHALL algoritmasına katkıda bulunmak ve potansiyel terapötik uygulamaları daha anlaşılır kılmak için önemli olan potansiyel G-dörtlü oluşturma dizilerini belirlemede değerli bir araç olması bekleniyor.
  • Master Thesis
    Synoptic Mapping of Dna Damage in the Replicative Senescence of Human Fibroblasts
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Köse, Sila Naz; Yandım, Ci̇hangi̇r
    Hücrenin doğal yaşlanmasıyla ilişkilendirilen replikatif senesans, büyüme duraklaması ve immün fenotiple ayırt edilir. Telomer kısalamasıyla DNA hasarı arasındaki güçlü bağlantı, senesansın temelinde tanınmış olsa da, çalışmalar, telomer uzunluğundan bağımsız olarak replikatif senesansın potansiyeline işaret etmektedir. Özellikle, replikatif senesans sırasında telomer dışında DNA hasarının biriktiği bildirilmiştir, ancak bu süreçte etkilenen belirli genomik bölgeler henüz belirsiz kalmaktadır. Bu tez, replikatif senesans sırasında endojen DNA hasarını haritalamayı ve DNA hasarına yatkın insan genomunun bölgelerini tanımayı amaçlamaktadır. Ana araştırma motivasyonu, hücresel yaşlanma sırasında muhtemelen mutasyona uğrayan genleri, düzenleyici elementleri ve tekrarlanan motifleri açığa çıkarmaktır. Fibroblast senesans modelinden yararlanarak, genç, erken yaşlı ve geç yaşlı hücrelerin moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. Bu süreci takiben, γ-H2AX DNA hasar belirteci ile kromatin immünopresipitasyonu ve yeni nesil dizileme yapılmıştır. Şaşırtıcı bir şekilde, γ-H2AX mekanizmalarının sadece telomerik bölgelerde değil, aynı zamanda gen zengin bölgelerde, düzenleyici elementlerde ve LINE, SINE ve çeşitli satelit dizileri gibi tekrarlanan DNA'lar içinde de görüldüğü gözlemlenmiştir. Bu, replikatif senesans sırasında meydana gelen endojen DNA hasarının sadece telomerlerle sınırlı olmadığını göstermektedir. Ayrıca, gen ontoloji analizi, etkilenen genlerin bağışıklık sistemi aktivasyonu, hücre ölümü, damarlaşma, diyabet ve kanserle ile ilgili olduğunu ortaya koymuştur. Bulgularımız, mutasyonların yaşlanan genomda rastgele birikmediğini, bunun yerine hücrelerin senesansa ilerlerken bilinen yaşa bağlı fenotiplere ve hastalıklara yönelik belirgin bir eğilim gösterebileceğini düşündürmektedir. Bu yeni bilgi, yaşlanma süreçlerinin anlaşılmasını zenginleştirmekte ve yaşla ilişkili hastalıklarda DNA hasarına yönelik müdahalelerin geliştirilmesine rehberlik edebilir. Bu tez, TÜBİTAK 3501 programından (Proje No: 219Z371) fon desteği almıştır.
  • Master Thesis
    Utilizing Biodiesel From Cottonseed Oil for the Transportation of Cotton Textile Products: a Life Cycle Approach
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Çınar, Iraz; Üçtuğ, Fehmi̇ Görkem
    Petrol-bazlı dizel yakıtlar, sınırlı ve tükenmekte olan yenilenemeyen ham petrol rezervlerinden elde edilmektedir. Ayrıca, hem üretimi hem de tüketimi sera gazı emisyonlarına katkıda bulunan başlıca unsurlardan biridir. Biyodizel ise yenilenebilir kaynaklardan elde edilen daha sürdürülebilir, çevre dostu bir seçenektir ve daha düşük sera gazı emisyonlarına sahip olduğu iddia edilmektedir. Bu nedenle biyodizel kullanımı, iklim değişikliğine ilişkin çeşitli uluslararası eylemlerde vurgulanan iklim değişikliğinin etkilerini azaltmak için büyük bir potansiyele sahiptir. İklim değişikliğine ilişkin uluslararası eylemler ve düzenlemeler kapsamında biyodizel, karbon emisyonlarının azaltılmasında yüksek potansiyele sahip bir oyuncu olarak tanımlanmaktadır. Ayrıca, bu eylem ve düzenlemeler kapsamında tekstil endüstrisi çıktılarının küresel ısınmayı artıran en önemli faktörler arasında yer aldığı da belirtilmektedir. Çünkü tekstil sektöründe fosil yakıtlar sıkça kullanılmaktadır. Dolayısıyla çevresel etkilerin azaltılması için tekstil sektöründe mümkün olduğunca sürdürülebilir alternatiflerle dönüşümün sağlanması büyük önem taşımaktadır. Buradan yola çıkarak bu tez, pamuklu tekstil ürünlerinin taşınmasında pamuk tohumu yağından elde edilen biyodizelin iklim değişikliği üzerindeki etkilerini analiz etmektedir. Bu analizde biyodizelin çevresel etkilerini yaşam döngüsü yaklaşımıyla değerlendirmek için CCaLC2 Karbon Ayak İzi yazılımı kullanılmıştır. Bu çalışmanın sonucu, pamuk tohumu yağından üretilen biyodizelin pamuklu tekstil ürünlerinin nakliyesinde kullanılmasının, nakliye için petrol-bazlı dizel kullanımından kaynaklanan sera gazı emisyonlarını yaklaşık %45,6 oranında azalttığını göstermektedir.
  • Master Thesis
    An Investigation on the Optimized Production of a Microalgae-Based Biopolymer Using a Novel Media Composition for Chlorella Vulgaris
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Al-hammadi, Mohammed Saad Abdullah; Güngörmüşler, Mine
    Üre ile ticari NPK gübresi içeren yeni bir kültür ortamı başarıyla yapıldı ve Chlorella vulgaris için optimize edildi ve mikroalg gelişimi için iyi bir potansiyel gösterdi ve elde edilen biyokütlenin maksimum ağırlığı 280 mg/L idi. Ayrıca, elde edilen biyokütle, 50 ml kültür ortamı için %92,9 ∓ 1,322 hasat verimliliğine sahip sentezlenmiş manyetik parçacıklar kullanılarak santrifüjleme ve modifiye edilmiş bir yöntemle başarılı bir şekilde toplandı ve daha sonra geri dönüştürülerek biyoplastik üretiminde kullanıldı. PLA tozu Chlorella vulgaris biyokütlesi ile solvent-döküm yönteminde karıştırılmış ve ilk kez 105°C'de PLA ile Chlorella vulgaris biyokütlesi için iki aşamalı tavlama işlemi uygulanmış ve tavlama işlemi yapılmayan bir yöntemle kıyaslanmıştır. Sonuçlar, çekme dayanımının iyileştiğini ve maksimum ortalamanın 15.646 ±1.631 MPa olduğunu gösterdi ve bu, bildiğimiz kadarıyla, solvent döküm yönteminde PLA ile birlikte Chlorella vulgaris kullanılarak elde edilen en yüksek dayanımdır. Ayrıca deniz suyunda biyolojik bozunma gözlenmiş ve üretilen polimer deniz suyunda önemli ölçüde bozunmuştur.
  • Master Thesis
    Life Cycle Assessment of Maternity Products: a Bioengineering Approach
    (İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Aksoy, İrem; Üçtuğ, Fehmi̇ Görkem
    Yaşam döngüsü değerlendirmesi, süreçlerin veya ürünlerin potansiyel çevresel etkilerini ele alan analizdir. Çeşitli yönleriyle bir tür sürdürülebilirlik değerlendirme aracıdır. Yaşam döngüsü değerlendirmesinin yapılabilmesi için yaşam döngüsü değerlendirmesi ile ilgili standartlar olan ISO 14040 ve ISO 14044'e uyulması gerekmektedir. Bu çalışmada, bir tıbbi cihaz üreticisi tarafından üretilen anne-bebek ürünlerinin karşılaştırmalı yaşam döngüsü değerlendirmesini tamamlayarak olası çevresel etkilerini belirlemek amaçlanmıştır. Çalışmanın tamamlanabilmesi için amaçlanan yaşam döngüsü değerlendirmesi için gereken veriler direkt üretici firmadan sağlanmıştır. Bu veriler CCalC2 yaşam döngüsü değerlendirmesi karbon ayakizi yazılım aracı kullanılarak analiz edilmiştir. Karşılaştırmalı yaşam döngüsü değerlendirmesinin çıktısı olarak, aynı işlevlere sahip iki ürünün (alkalin pil ile çalışan göğüs pompası, şarj edilebilir batarya ile çalışan göğüs pompası) potansiyel çevresel etkileri değerlendirilmiştir. Literatüre göre, daha önce anne-bebek ürünlerinin yaşam döngüsü değerlendirmesi ile ilgili benzer bir çalışma olmadığı için, bu çalışmanın sonucunda bu ürünlerin karbon ayakizi gibi potansiyel çevresel etkileri yol gösterici olacaktır. Bu çalışma sonucunda toplam karbon ayak izi skoru ve diğer çevresel etki skorlarının en çok hammaddelerden kaynaklandığı tespit edilmiştir. Değerlendirme sonunda, biyo-bazlı plastiklerin toplam karbon ayak izi üzerindeki etkisi analiz edildi. Ham petrolden yapılan plastikler yerine biyo-bazlı plastiklerin kullanılmasının genel karbon ayak izi puanlarını azalttığı doğrulandı.