TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
3 results
Search Results
Article Hepatit C Virusunun Genomik Varyasyonları ve Kliniğe Etkileri(2015) Abacıoğlu, Yusuf Hakan; Ergünay, KorayHepatit C virusu (HCV), tüm dünyada yaygın olarak bulunan, 110 milyonu aşkın kişiyi enfekte etmiş, ciddi bir halk sağlığı tehdidi oluşturan kronik hepatit etkenidir. Maruziyetin ardından, kronik hastalık riski yüksek olan ve koruyucu bir aşısı bulunmayan HCV; siroz, transplantasyon gerektiren karaciğer yetmezliği ve hepatoselüler karsinomun önde gelen enfeksiyöz etkenleri arasında yer almaktadır. Replikasyon mekanizmaları ve konaktaki enfeksiyon dinamikleri nedeniyle, virus, enfekte kişilerde türümsüler (quasispecies) olarak tanımlanan, birbirine çok benzer genetik varyantları içeren bir popülasyon halinde bulunur. HCV enfeksiyonlarında patogenez ve hastalığın ilerleyişi, virusa ait genetik çeşitlilik ve türümsü kompozisyonlarında izlenen değişikliklerle doğrudan ilgilidir. Virus, yüksek düzey çeşitlilik gösteren varyant havuzundan, iç ya da dış kaynaklı seçici baskıların varlığında replikasyonunu sürdürebilecek mutantların oluşumu ile, hastalık patogenezini devam ettirir. Enfeksiyon süresince, türümsüler birçok değişikliğe uğrar ve konağın hümoral ve hücresel yanıtından kaçan mutantlar, antiviral tedaviye karşı da dirençli mutantların oluşumu için zemin hazırlar. Yeni jenerasyon dizileme tekniklerinin de katkısıyla, HCV'nin kökeni ve epidemiyolojisi, ayrıca hastalık süreçlerinde izlenen genomik çeşitlilik üzerine birçok güncel bilgi elde edilmiştir. Bu derlemede, HCV'nin genetik çeşitliliğini oluşturan temel mekanizmalar ve klinik gidişle bağlantılı olarak konakla olan etkileşimler; virus ve konak yönünden hümoral ve hücresel immün yanıt, enfeksiyonun erken ve geç dönemlerindeki değişiklikler ve kronik enfeksiyona ilerleme süreci açılarından ele alınmaktadır. Ek olarak virus epidemiyolojisi ve moleküler evrimi üzerine güncel bulgular, türler arası ve popülasyon perspektifl erinden yorumlanmaktadır. Doğrudan etkili antivirallere dayalı rejimlerin uygulamaya girdiği günümüzde, genetik varyasyonlar ve tedaviye direnç ile ilişkileri, güncel saptama yöntemleri de özetlenerek tartışılmaktadırArticle Yabani Kemiricilerde Eski Dünya Hantavirus Igg Antikorlarının Saptanması için Elısa ve İmmünoblot Yöntemlerinin Optimizasyonu(2016) Sözen, Mustafa; Öktem, İbrahim Mehmet Ali; Polat, Ceylan; Abacıoğlu, Yusuf Hakan; Karataş, Ahmet; Matur, FerhatHantaviruslar, enfekte kemiricilerin salya, dışkı ve idrar gibi salgılarında bulunan virus partiküllerinin solunması ya da enfekte kemiricilerle direkt temas sonucu insanlara bulaşmaktadır. Ülkemizde, hantavirus tiplerinden Dobrava (DOBV), Puumala (PUUV), Saaremaa (SAAV), Tula (TULV) ve Seoul (SEOV) viruslarının taşıyıcısı olan kemirici türleri bulunmaktadır. Türkiye'deki kemiricilerde hantaviruslara özgül antikor varlığı, ilk kez 2004 yılında Karadeniz ve Ege bölgelerinden toplanan kemiricilerde gösterilmiştir. İlk renal sendromlu kanamalı ateş (RSKA) olguları ise 2009 yılında yine Karadeniz bölgesinden bildirilmiştir. Yaban hayatı ve sahadaki kemirici popülasyonlarında hantavirus prevalansının önceden belirlenmesi, hantaviruslara bağlı olguların durumu hakkında bilgi edinilmesi ve sahadaki risk durumunun ortaya konması açısından önem taşımaktadır. Kemiricilere ait örneklerin, DOBV ve PUUV gibi Avrasya'da sık görülen ve ülkemizde de görüldüğü bilinen bazı RSKA etkenleri açısından taranmasında kullanılabilecek şekilde optimize edilmiş bir ticari ürün bulunmamaktadır. Bu çalışmada, insan serumlarının taranması için üretilmiş, ticari enzim temelli immünolojik yöntem (ELISA) ve immünoblot testlerine ait antijenler kullanılarak, kemirici örneklerinde hantavirusa özgül antikorların taranmasına uygun testlerin optimizasyonu sağlanmıştır. ELISA (Anti-Hantavirus Pool ELISA; Euroimmun, Almanya) ve immünoblot (Euroline Anti-Hanta Profi le 1 strips; Euroimmun, Almanya) yöntemlerinin optimizasyonu için, en uygun serum ve konjugat dilüsyonları denenmiş ve ELISA yöntemi tarama, immünoblot yöntemi ise doğrulama amacıyla kullanılmıştır. Belirlenen bu prosedür ile, Apodemus ve Microtus türlerinden 84 kemiriciye ait serum örnekleri değerlendirilmiş ve elde edilen sonuçlar ile optimize edilen ELISA yönteminin eşik değeri, duyarlılık ve özgüllüğü saptanmıştır. ELISA yönteminin optimizasyonu için 1/50, 1/100 ve 1/200 serum dilüsyonları ile 1/10.000, 1/20.000 ve 1/40.000 konjugat dilüsyonları; immünoblot yönteminin optimizasyonu için ise 1/50 ve 1/100 serum dilüsyonları ile 1/5.000 ve 1/10.000 konjugat dilüsyonları değerlendirilmiştir. ELISA için "horseradish" peroksidaz enzimi ile işaretli keçi anti-fare IgG konjugatı, immünoblot için ise alkalen fosfataz ile işaretli keçi anti-fare IgG konjugatı kullanılmıştır. İnkübasyon süresi, yıkama sayısı ve substrat seçimi için üretici fi rmanın protokolü uygulanmıştır. ELISA yöntemi için 1/50 serum dilüsyonu ve 1/10.000 konjugat dilüsyonu, immünoblot için ise 1/100 serum dilüsyonu ve 1/5.000 konjugat dilüsyonu optimal değerler olarak belirlenmiştir. Optimize edilen ELISA yöntemiyle, belirlenen eşik değerine (ODantikor varlığı saptanmıştır. Doğrulama amacıyla kullanılan optimize immünoblot yöntemiyle ise, ELISA ile pozitif bulunan 22 örneğin -serum yetersizliği nedeniyle- 20'si çalışılmış ve 17'sinde DOBV antikor pozitifl iği saptanmıştır. Bu kemiricilerden 11'i Apodemus fl avicollis, üçü Apodemus agrarius, ikisi Microtus guentheri ve biri de Apodemus sylvaticus türlerine aittir. Her iki yöntem ile elde edilen sonuçlar karşılaştırıldığında, optimize ELISA yönteminin %100 duyarlılık ve %95 özgüllükte olduğu belirlenmiştir. Bu çalışma ile kemirici serumlarının taranmasında kullanılabilecek, kolaylıkla ulaşılabilen ticari ürünlerden elde edilen antijenlerin kullanıldığı, hızlı ve güvenilir sonuç veren bir yöntem oluşturulmuştur. Benzer çalışmalar ile farklı türden kemiricilere yönelik olarak optimize edilecek serolojik yöntemler, alanda aktif izlem ve denetleme çalışmalarının gerçekleştirilmesi açısından büyük önem taşımaktadır.Article Citation - WoS: 1Citation - Scopus: 1Healthcare-Related Hcv Genotype 4d Infections in Kayseri, Turkey(Aves, 2022-11-15) Gokahmetoglu, Selma; Polat, Ceylan; Atalay, Mustafa Altay; Sezgin, Gulten Can; Ergor, Gul; Aygen, Bilgehan; Gursoy, Sebnem; Abacıoğlu, Yusuf Hakan; Gökahmetolu, Selma; Abacolu, Yusuf Hakan; Abacioglu, HakanBackground: The frequency of genotype 4 hepatitis C virus infection is significantly higher in a city compared to other provinces in Turkey. In this study, we aimed to investigate the epidemiology and risk factors of hepatitis C virus genotype 4 infection in Kayseri province of Turkey. Methods: A case-control study was conducted with 61 hepatitis C virus genotype 4-infected patients and 71 controls. A questionnaire was administered to the patients and controls, asking for information about the risk factors of hepatitis C virus transmission. Core/E1 and NS5B regions of hepatitis C virus genome were amplified and sequenced by Sanger method. Phylogenetic analysis and molecular clock analysis were performed. The risk was determined by calculating the odds ratio and 95% CI. Logistic regression analysis was performed to determine the effect of risk factors by controlling for confounding variables. Results: Kayseri isolates were closely related to type 4d sequences but formed a separate cluster. According to the molecular clock analysis, hepatitis C virus genotype 4d entered Kayseri province probably between 1941 and 1988. Blood transfusion and surgical intervention were found to be significant risk factors for the infection. Conclusion: Epidemiological data showed that hepatitis C virus genotype 4d infections are significantly associated with unsafe medical procedures.