TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4

Browse

Filters

2021 - 20242

Settings

Author: search.filters.author.Yandım, Cihangir

Search Results

Now showing 1 - 2 of 2
  • Research Project
    Hepatoselüler Karsinoma Hücrelerinde Telomerik Dna Replikasyonu Proteini Ctc1'in Kuadrupleks Dna (G4) Stabilizatörleri ile Kombine Olarak Hedeflenmesi
    (2021) Karagonlar, Zeynep Fırtına; Yandım, Cihangir; Sezan, Sıla; Karpat, Özüm
    DNA onarım mekanizmaları, sağlıklı hücrelerin genomunun bütünlüğünün korunmasında çalışsa da, bu mekanizmalar kanser hücrelerine uygulanan tedavilerin verimini azaltmakta ve direnç geliştirmektedir. Bu sebeple kanserli hücreleri hedefleyerek geliştirilen DNA hasarı onarımının inhibisyon stratejisi meme ve over gibi kanserlerde PARP inhibitörleri (ör. Olaparib) kullanılarak başarıya ulaşmıştır. Fakat, karaciğer kanserinde bu stratejiler henüz sonuç vermemiştir. Karaciğer kanserinin en yaygın türü olan Hepatosellüler Karsinoma (HCC) tedaviye dirençli, çoklu moleküler karsinogenez basamağına sahip bir malignitedir. İleri HCC hastaları için Sorafenib ve Regorafenib gibi HCC?de öncelikli olan güdümlü terapiler geliştirilmesine rağmen, kansere yönelik tedavileri büyük ölçüde mevcut gereksinimin gerisindedir ve kanserin dirençle nüksetmesi gibi problemler mevcuttur. Bu projede yeni bir yaklaşımla, ilaç dirençli HCC hücrelerinde G-kuadruplekslerin neden olduğu DNA hasarının onarımından sorumlu telomerik replikasyon proteini CTC1 üzerinden telomerik DNA?nın hedeflenmesi amaçlanmaktadır. Literatürde, CTC1?in telomerlerin stabilitesi için kritik olduğu gösterilmiştir. CTC1?in susturulması, hatalı telomer replikasyonu, kök hücre tükenmesi ve telomerlerin kaybı ile sonuçlanmıştır. Kanserli hücrelerde CTC1 geninin susturulmasının diğer önemli sonucu hücrelerde artan radyosensitivitedir. Ayrıca, dirençli olmayan kontrollere kıyasla radyoterapi-dirençli melanom hücrelerinde CTC1 ekspresyonunun kritik artışı gözlemlenmiştir, yani tümörojenik hücrelerde CTC1 geninin direnç gelişiminde önemi gösterilmiştir. Bu projede, CTC1 inhibisyonuna sahip hücrelerde G4 stabilizatörleri ile ilave telomer DNA hasar yüklemesi indüklenerek kanser hücresi canlılığını azaltabilecek antitümör oluşum mekanizmaları araştırılmıştır. Ayrıca, bu çalışmada Sorafenib?e duyarlı hatların yanında, aynı hatların Sorafenib-dirençli klonları da kullanılarak önerilen stratejinin sorafenib direncine yönelik hassasiyete sebep olup olmadığı incelenmiştir. Kısaca, Epitelyal-benzeri (Huh-7) ve Mezenkimal-benzeri (Mahlavu) HCC hücre hatları ile öncesinde oluşturduğumuz Sorafenib-dirençli klonlarında da CTC1 geni susturularak, G4 stabilizatörleri ve Sorafenib ile tekli ve kombine ilaç uygulaması gerçekleştirilmiştir. Bu stratejinin kanserli hücre canlılığı ve DNA hasarına etkileri, immünositokimyasal boyama ve MTT Assay ile incelenmiştir. Ayrıca, susturulan hücrelerin büyüme hızı, sferoid ve koloni oluşumları incelenmiştir. Böylece, çalışmanın sonuçları hem Sorafenib dirençli hastalarda yeni tedavilerin planlanmasına hem de geleneksel kemoterapi seçeneklerinin veriminin artırılmasında translasyonel potansiyele sahiptir.
  • Article
    Expressions of the Satellite Repeat Hsat5 and Transposable Elements Are Implicated in Disease Progression and Survival in Glioma
    (Tubitak Scientific & Technological Research Council Turkey, 2024-08-23) Köse, Sıla Naz; Yaraş, Tutku; Bursalı, Ahmet; Oktay, Yavuz; Yandım, Cihangir; Karakulah, Gökhan
    The glioma genome encompasses a complex array of dysregulatory events, presenting a formidable challenge in managing this devastating disease. Despite the widespread distribution of repeat and transposable elements across the human genome, their involvement in glioma's molecular pathology and patient survival remains largely unexplored. In this study, we aimed to characterize the links between the expressions of repeat/transposable elements with disease progression and survival in glioma patients. Hence, we analyzed the expression levels of satellite repeats and transposons along with genes in low-grade glioma (LGG) and high-grade glioma (HGG). Endogenous transposable elements LTR5 and HERV_a-int exhibited higher expression in HGG patients, along with immune response-related genes. Altogether, 16 transposable elements were associated with slower progression of disease in LGG patients. Conversely, 22 transposons and the HSAT5 satellite repeat were linked to a shorter event-free survival in HGG patients. Intriguingly, our weighted gene coexpression network analysis (WGCNA) disclosed that the HSAT5 satellite repeat resided in the same module network with genes implicated in chromosome segregation and nuclear division; potentially hinting at its contribution to disease pathogenesis. Collectively, we report for the first time that repeat and/or transposon expression could be related to disease progression and survival in glioma. The expressions of these elements seem to exert a protective effect during LGG-to-HGG progression, whereas they could have a detrimental impact once HGG is established. The results presented herein could serve as a foundation for further experimental work aimed at elucidating the molecular regulation of glioma genome.