TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
8 results
Search Results
Article Porphyridium Cruentum as a Biological Component for the Green Synthesis of Metal Nanoparticles and for the Evaluation of Their Antimicrobial Activity(Field Crops Central Research Institute, 2025-08-21) Mutaf, Tugce; Çalışkan, Gülizar; Oncel, Suphi; Elibol, Murat; Mutaf-Kilic, TugceSilver nanoparticles are an alternative to new-generation antimicrobial agents with their antimicrobial activity. Iron and zinc nanoparticles can potentially be used as UV protection in various applications. Nowadays, green synthesis of nanoparticles as a sustainable alternative attracts attention. Microalgae are promising in nanoparticle synthesis among biological sources due to their high biomass productivity and heavy metal accumulation ability. The present study aimed to investigate the potential of synthesizing intracellular silver, zinc and iron nanoparticles from Porphyridium cruentum microalgae. For nanoparticle synthesis, the effects of metal solution concentration and amount of biomass on particle size were investigated. The nanoparticles were characterized by dynamic light scattering, UV-vis spectrophotometry, and antimicrobial activity test. Silver nanoparticles of 169.7 nm, zinc nanoparticles of 189 nm, and iron nanoparticles of 356.7 nm were characterized by DLS. 169.7 nm silver nanoparticles were synthesized with 9.83 mM AgNO3 concentration and 0.19 mg/ml biomass: metal solution mixing ratio. The surface plasmon resonance band of silver nanoparticles was observed in the 300-350 nm wavelength range. According to the antibacterial activity results of silver nanoparticles, inhibition zone diameters were obtained as 10.83±0.76 mm and 11.33±0.57 mm against Escherichia coli and Staphylococcus aureus bacteria, respectively.Article ?-Hydroxybutyrate Does Not Influence Viability and Clonogenicity of A549 Lung Cancer Cells(2023-03-15) Özkaya, Ali Burak; Malcanlı, Semanur; Geyik, Öykü GönülBackground/Purpose: The metabolic shift from catabolism of carbohydrates to lipids results in production of ketone bodies leading to a state called ketosis. Ketosis via ketone supplement or ketogenic diet has been proposed as a non-toxic therapeutic option for a broad range of malignancies. Although the clinical impact of ketogenic diet is well-documented, the effect of ketone bodies on cancer cell biology is not clear for some cancers including non-small-cell lung cancer (NSCLC). In this study, we aimed to demonstrate the effects of the most prominent ketone body, ?-hydroxybutyrate, on a NSCLC cell line, A549. Methods: A549 cell line was utilized as the in vitro model in this study. The effects of different ?-hydroxybutyrate concentrations on cell viability were measured via sulphorodamine-B (SRB) viability assay. Long term effects of ketosis were evaluated via colony formation assay. Finally, the effect of ?-hydroxybutyrate on cell migration was determined via scratch assay. Results: Our results suggest that introduction of ?-hydroxybutyrate in physiologically relevant concentrations into the cell culture media does not influence cell viability, clonogenicity or migration. Conclusion: ?-hydroxybutyrate has been previously demonstrated to induce, inhibit or does not influence the viability of different cell lines but there is no report regarding its effects on NSCLC cells. Here we report that physiologically relevant concentrations of ?-hydroxybutyrate have no effect on viability, clonogenicity and migration of A549 cells.Article Flia-Dependent Surface Macromolecules Promote Initial Biofilm Development of Escherichia Coli by Influencing the Bacterial Surface Properties(2023-03-31) Gördeşli Duatepe, Fatma Pınar; Duatepe, Fatma Pinar GordesliFliA is an important regulatory component for the synthesis of surface macromolecules which are involved in motility and biofilm development of Escherichia coli. In this study, the roles of FliA-dependent surface macromolecules in E. coli surface tension, sur- face heterogeneity and surface roughness, and initial biofilm development consisting of re- versible and irreversible adhesion were investigated using E. coli MG1655 wild-type strain and fliA gene deleted mutant strain. Negative Gibbs free energy change values calculated using bacterial surface tensions obtained by a spectrophotometric method showed that both wild-type and mutant cells in water can reversibly adhere to the surface of the model solid, silicon nitride (Si3N4). The calculations further showed that bacterial reversible auto- adhesion and co-adhesion were also thermodynamically favorable. In comparison, the re- versible adhesion and auto-adhesion capacities of wild-type cells were higher than the mu- tant cells. Direct measurements by atomic force microscopy (AFM) and thorough analysis of the recorded adhesion data showed that the irreversible adhesion strength of wild-type cells to Si3N4 in water was at least 2.0-fold greater than that of the mutants due to signifi- cantly higher surface heterogeneity resulting in higher surface roughness for the wild-type cells compared to those obtained for the mutants. These results suggest that strategies aimed at preventing E. coli biofilm development should also consider a combined method, such as modifying the surface of interest with a bacterial repellent layer and targeting the FliA and FliA-dependent surface macromolecules to reduce both reversible and irreversible bacterial adhesion and hence the initial biofilm development of E. coli.Article Citation - WoS: 3Metal Nanopartiküllerin Mikroalgler Aracılığı ile Yeşil Sentezi(Ege Univ, FAC Fisheries, 2023-03-15) Mutaf, Tuğçe; Çalışkan Bilgin, Gülizar; Öncel, Suphi; Elibol, Murat; Caliskan, GulizarYeşil sentez olarak adlandırılan, nanopartiküllerin biyolojik kaynaklar aracılığı ile sentezlenmesine olan ilgi son yıllarda artış göstermiştir. Bunun temel nedeni geleneksel yöntemler olan fiziksel ve kimyasal yöntemlerde indirgeyici ve stabilize edici ajanlar olarak yüksek miktarlarda toksik kimyasala ihtiyaç duyuluyor olmasıdır. Daha çevre dostu ve insan sağlığı için tehdit oluşturmayan bitki, fungus, bakteri, alg gibi organizmalar yeşil nanopartikül sentezi için alternatif kaynaklardır. Sucul mikroorganizmalar olan mikroalgler üretmiş oldukları proteinler, vitaminler, pigmentler, yağ asitleri, hücre içi- hücre dışı polisakkaritler gibi fonksiyonel özelliğe sahip metabolitler sayesinde uzun yıllardır gıda, kozmetik ve ilaç endüstrilerinde formülasyonlara eklenmektedir. Bunların yanı sıra, son yıllarda yapılan çalışmalarla nanopartikül sentezinde de yüksek potansiyele sahip oldukları görülmüştür. Özellikle metal iyonlarının depolanmasını ve detoksifikasyonunu yapabildiklerinden ve metal iyonlarını elementel hale indirgeyen hücre içi ve hücre dışı metabolitlerce zengin olduklarından, metal nanopartiküllerin sentezi için yüksek potansiyele sahiptirler. Son yıllarda mikroalglerden nanopartikül sentezine odaklanmış olan yayın sayısı artmış ve pek çok mikroalg türünün gümüş, altın, titanyum, çinko, demir vb. metal nanopartikülleri hücre içi ve hücre dışı yollarla sentezleme potansiyeli araştırılmıştır. Bu derleme makale kapsamında, nanopartikül sentezi için çalışılmış olan mikroalg ve siyanobakteri türleri, kullanılan farklı sentez yöntemleri, nanopartiküllerin sentez mekanizması, temel karakterizasyon yöntemleri ve yeşil sentezle üretilen nanopartiküllerin antimikrobiyal aktivitelerine odaklanılmıştırArticle Biyolojik, Sosyal ve Hukuki Açılardan Dondurulmuş Üreme Hücresi ve Embriyo: Türkiye’den Bir Perspektif: Kesitsel Çalışma(2022) Babalıoğlu, Merve; Demirci, Elif KervancıoğluÖZET Günümüzde tüp bebek teknolojilerinde olan yenilikler, hastalar için umut vaat eden çözümler sağlamaktadır. Bu uygulama esnasında, kadından alınan üreme hücresi olan yumurta hücresi (oosit) ile erkek- ten alınan üreme hücresi olan sperm laboratuvar ortamında birleştiril- mekte ve embriyo denen insan hayatının en erken bebeklik hâlinin oluşması sağlanmaya çalışılmaktadır. Gelişen teknolojilerle sperm, oosit ve embriyo, istenildiği takdirde ileri zamanlarda kullanılmak üzere dondurularak saklanabilmektedir. Embriyonun hukuki açıdan bir birey olup olmadığı dünyada tartışılmakla birlikte, ortak bir mutabakata henüz varılamamıştır. Birçok ülkede olduğu gibi ülkemizde de üreme hücrelerinin toplandığı ve sonradan kullanılmak üzere dondurulduğu yaş aralığı ve tıbbi gerekçelerin belirsizliğiyle dondurulmuş embriyo- ların biyolojik anneye transfer edilmesi dışındaki seçeneklerin belir- sizliği de hem biyolojik hem hukuki hem de psikososyal birtakım sonuçlar doğurmaktadır. Bu nedenlerle Türkiye Cumhuriyeti mevzua- tında dondurulmuş üreme hücrelerinin, dondurulmuş embriyonun yeri, sağlık alanındaki gelişmelerin sağladığı imkânlar ve dolayısıyla bunla- rın ülkemizde doğurduğu durumlar hasta talepleri açısından, ahlaki ve uzun vadede psikososyal sonuçları açısından değerlendirilmeli ve bili- min getirdiği sonuçlarla hukuki güncellemeler tartışılmalıdır.Article Yardımcı Üreme Tekniklerinde Oosit Kriyoprezervasyonunun Günümüzdeki Yeri ve Kliniğimizde Uygulanan Oosit Dondurma Sikluslarının Değerlendirilmesi(2022-08-22) Göde, Funda; Sertkaya, U; Emirdar, Volkan; Pala, İbrahim; Karataşlı, Volkan; Okay, GülinAmaç: Çeşitli endikasyonlar ile kliniğimizde uygulanan oosit dondurma hastaları ve sonuçlarının değerlendirilmesidir. Yöntem: Bu retrospektif araştırmaya üçüncü basamak bir hastanenin tüp bebek merkezine 2015-2020 yılları arasında başvuran, gonadotoksik tedaviler öncesi fertilite prezervasyonu uygulanan; düşük over rezervi saptanan evli olmayan kadın hastalar ve azospermi nedeniyle işlem günü eşlerinden sperm elde edilemeyen veya oosit sayısının az olması nedeniyle mikroenjeksiyon için oosit havuzlaması yapılan 18-48 yaş arası kadın hastaların oosit dondurma siklusları ve sonuçları değerlendirildi. Bulgular: Farklı endikasyonlar ile başvuran 224 kadın hastanın yapılan kontrollü ovaryen stimülasyon sonrası oosit dondurma sikluslarından elde edilen verilere göre oosit canlılık oranı %92,68, çözme siklusu başına gebelik oranı %8,66, çözme siklusu başına canlı doğum oranı ise %4,66 olarak bulundu. Sonuç: Klinik uygulamalarda yerini almış olan oosit kriyoprezervasyon sikluslarında dondurma-çözme sonrası oosit sağkalım oranları vitrifikasyon ile oldukça yüksek saptanmış olup; bu oositler ile elde edilen gebelik ve canlı doğum oranları, embriyo dondurma-çözme oranlarına yakın bulunmuştur. Vitrifikasyon tekniklerindeki gelişmeler ile yüksek canlılık ve başarı oranları yakalanan oosit dondurma-çözme uygulamalarının endikasyonlar dahilinde yardımcı üreme tekniklerinde daha güçlü bir yer alacağı düşünülmektedir.Article Production of Value-Added Bioproducts Using a Modified Continuous Biofilm Reactor by Citrobacter Freundii Dsm 15979(2021-03-31) Güngörmüşler, MineThe present paper reports the results of Citrobacter freundii, strain DSM 15979, that was tested for its ability to produce value added chemicals from biodiesel derived glycerol in a mesophilic fluidized bed biofilm reactor operating under continuous conditions at a specified hydraulic retention time (HRT) at 30°C. Elevating feed concentrations (10 to 144 g/L) were tested in order to understand their effects on simultaneous production of value added products with immobilized whole cells. Gin was found to be a significant independent variable for the productions of 1,3-PDO, 2,3-BD, ethanol, acetic, succinic and lactic acids under different organic loading rates (OLR). The major metabolite in the metabolic pathway was found to be 1,3-PDO followed by 2,3-BD reaching the maximum values as 26.1 and 18.8 g/L under the conditions of 92 g/L crude glycerol and 8 h, which is represents an OLR of 11.5 g/L.h, suggesting the formation of biofilms favor the utilization of high substrate concentration to enhance the mixed fermentation.Article Triplex-Forming Dna Probe Approach for Silver Detection and the Effect of C-G·c Triplet Distribution on Triplex Stability(2019-12-31) Doluca, OsmanIn this study novel triplex forming DNA probes have been designed in order to detect Ag+ ion in low concentrations. The use of triplex forming oligonucleotides is a convenient in applications of sensing biomolecules due to their sequence specificity and programmability. However, the use of triplexes has its own obstacles. While antiparallel triplex forming sequences tend to prefer G-quadruplex formation over triplexes, parallel triplexes are also challenging because their formation is triggered by lowering the pH, or using of high concentrations of cations for the stabilization of C-G·C triplets, ie. Ag+. While due to electrostatic forces C-G·C triplets stabilize in the presence of cations, this limits possible choices for a triplex forming sequence. A better understanding of the impact of the sequence and designing accordingly may improve the stability of a triplex and lower the need for high cation concentration. Here we have present Triplex-forming DNA-based probes with different distributions of C-G·C triplets for detection of Ag+ and show the impact of the C-G·C triplet distribution on the stability of parallel triplexes. Our results indicate Ag+ detection as low as 20 nM and show dramatic increase in stability when C-G·C triplets are positioned at the flanks of the triplex.