TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
3 results
Search Results
Research Project İki-foton Mikroskopi Görüntülerinde Dendrit Dikenlerinin Otomatik Olarak Bölütlendirilmesi, Sını?andırılması ve Takibi için Olasılık ve Makine Öğrenmesi Temelli Yöntemler(2017) Israely, Inbal; Ghanı, Muhammad Usman; Atabakılachını, Naeimeh; Kılıç, Bike; Ünay, Devrim; Argunşah, Ali Özgür; Çetin, Müjdat; Erdil, ErtunçNöronların dendritleri üzerindeki dikenlerin (spine) yapılarının ve yapısal dinamiklerinin analizi, öğrenme, hafıza oluşumu ve ilgili patolojilerin temelini oluşturan mekanizmaların aydınlatılmasında önem taşımaktadır. Son yıllarda bu yapıları görüntüleyen teknolojilerde elde edilen önemli ilerlemeler sonucunda, analiz edilmesi gereken veri miktarı çok artmıştır. Bahsedilen analizler sinirbilim araştırmacıları tarafından çoğunlukla elle yapıldığından hem çok vakit almakta hem de yorgunluğa/dikkatsizliğe bağlı insan hatası içermektedir. Bunun bir sonucu olarak dikenlerin yapısal, uzamsal, ve zamansal değişimlerini hızlı ve güvenilir bir şekilde analiz etmeye yarayacak görüntü işleme araçlarının geliştirilmesi son yıllarda önemli bir araştırma konusu olarak ortaya çıkmıştır. Buprojeninkonusudinamikplastisiteçalışmalarınaolanaktanıyaniki-fotonmikroskopisi verilerininotomatikolarakişlenmesivebuverilerdenbilgiçıkarılmasıiçinalgoritmageliştirme üzerinedir. Projede dendrit dikenlerinin analizi için olasılık ve makine öğrenmesi temelli yeni görüntü işleme algoritmaları geliştirilmiştir. Daha somut olarak, projede dendrit dikenlerinin iki-foton mikroskopisi görüntülerinden otomatik olarak (1) tespiti, (2) bölütlenmesi, (3) takibi ve dinamik olarak bölütlenmesi, (4) şekil analizi (sını?andırılması ve kümelenmesi) için ayrıayrıvebuproblemlerinbazılarıiçinbirdenfazlaolmaküzereyeniyöntemlerveakademik katkılar üretilmiştir. Projedeki çalışmalara dayalı olarak şu ana kadar 3 dergi makalesi ve 15 konferans bildirisi yayımlanmış, 1 doktora ve 2 yüksek lisans tezi üretilmiştir. Ayrıca 1 dergi makalesi değerlendirme ve 5 dergi makalesi de yazım aşamasındadır. Yayınlara ek olarak ortaya çıkan diğer önemli bir çıktı ise projede geliştirilen analiz yöntemlerini içeren Matlab temelli, kullanıcı dostu gra?k arayüzlü bir yazılım aracıdır. Bu yazılım aracını araştırmacılar projenin http://spines.sabanciuniv.edu/ web sitesi üzerinden temin edip kullanabileceklerdir. Proje Doç.Dr. Devrim Ünay’ın (İzmir Ekonomi Üniversitesi) yürütücülüğünde Sabancı Üniversitesi,BahçeşehirÜniversitesivePortekiz’dekiChampalimaudSinirbilimProgramı’nın ortak çalışmaları ile gerçekleştirilmiştir.Research Project İnsan Genomunda Bulunan G-dörtlülerinin Sınıflandırılarak Korunmuş Motiflerin Keşfi ve Varyantlarının Analizi(2019) Kaplan, Oktay İsmail; Doluca, OsmanDNA motifileri proteinlerin amino asit dizilerinin saklanmasının yanı sıra genlerin regülasyonunda görev alan kısa DNA dizileridir. Bu diziler transkripsiyon faktörleri ya da diğer enzimlerle etkileşim göstererek gen regülasyonunda rol alabilmektedirler. Bu motiflerden bazıları DNA’nın bilindik 2 zincirli B-formun haricindeki sıradışı formlarını alarak bu etkileşimi tetikleyebilmektedirler. Bu sıradışı formlardan biri de G-dörtlüsü olarak bilinen, guanince zengin DNA yada RNA dizilerince oluşturulabilen yapılardır. G-dörtlüleri kendi aralarında birçok yapısal farklılık gösterebilen ve bu nedenle farklı rollere sahip bir yapı grubudur. Bu yapılar özellikle promotor bölgesi gibi regülasyonda etkili bölgelerde oluşarak transkripsiyonu etkileyebilmektedirler. Ancak bu yapıların tespiti ve rolleri konusunda çalışmalar devam etmekle beraber insan genomunda tahmin edilen 700.000’in üzerindeki G-dörtlüsünün rollerinin ve analizlerinin yapılması zaman ve emek alan bir süreçtir. Bu nedenle biyoenformatik yöntemler ile ön analiz ve tahminler yapılması ilgi çekmekte, varsa bu yapılardaki patojenik etkilerinin ortaya çıkarılması için tıbbi anlamda değer taşımaktadır. Bu çalışmada TÜBİTAK desteği ile Gdörtlülerinin tahmininden, sınıflandırılması ve ilişkilendirilmiş patojenik varyasyonların tespitine kadar gerekli bir seri biyoenformatik teknikler geliştirilmiş ve insan genomu için uygulanmıştır. İlk aşamada G-dörtlüsü tahmini için yeni bir algoritma geliştirilmiş ve başarısı yayınlanan makale ve bildiriler ile gösterilmiştir. Ardından insan genomunda tahmin edilen G-dörtlüleri bulunmuş, sınıflandırılarak farklı G-dörtlüsü motifleri ortaya çıkarılmıştır. Bulunan G-dörtlülerin patojenik etkisi bilinen varyasyonlar ile eşleştirilmiş ve bu varyasyonların etkisinin G-dörtlüsü yapısını etkileyerek gerçekleşip gerçekleşmediğinin tartışılabilmesi için yapısal değişimler deneysel olarak araştırılmıştır. Bulunan sonuçlar gerçekten bazı G-dörtlülerinin patojenik varyasyonlar sonucu yapısal olarak değişebildiğini göstermiştir.Article Citation - WoS: 1G-Quadruplex Enrichment Analysis Reveals Their Role as Intronic Regulatory Elements in Plants(Tubitak Scientific & Technical Research Council Turkey, 2019-03-07) Doluca, OsmanG-Quadruplexes, a class of noncanonical but highly stable nucleic acid structures, have the potential to be part of the regulatory mechanism of cells. They can form in the genome where the double-stranded helix is unwound to facilitate formation of a G-quadruplex. The biological significance of these structures is yet to be understood entirely. This work presents a novel approach and investigates common characteristics in the distribution of G-quadruplexes relative to genes in plants through analysis of genomes and gene expressions. The results indicate that G-quadruplex distribution has gone through significant changes with the evolution of higher plants and, for the first tune, that G-quadruplexes enriched at the beginning of introns may have a regulatory role during transcription.