TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
5 results
Search Results
Article Porphyridium Cruentum as a Biological Component for the Green Synthesis of Metal Nanoparticles and for the Evaluation of Their Antimicrobial Activity(Field Crops Central Research Institute, 2025-08-21) Mutaf, Tugce; Çalışkan, Gülizar; Oncel, Suphi; Elibol, Murat; Mutaf-Kilic, TugceSilver nanoparticles are an alternative to new-generation antimicrobial agents with their antimicrobial activity. Iron and zinc nanoparticles can potentially be used as UV protection in various applications. Nowadays, green synthesis of nanoparticles as a sustainable alternative attracts attention. Microalgae are promising in nanoparticle synthesis among biological sources due to their high biomass productivity and heavy metal accumulation ability. The present study aimed to investigate the potential of synthesizing intracellular silver, zinc and iron nanoparticles from Porphyridium cruentum microalgae. For nanoparticle synthesis, the effects of metal solution concentration and amount of biomass on particle size were investigated. The nanoparticles were characterized by dynamic light scattering, UV-vis spectrophotometry, and antimicrobial activity test. Silver nanoparticles of 169.7 nm, zinc nanoparticles of 189 nm, and iron nanoparticles of 356.7 nm were characterized by DLS. 169.7 nm silver nanoparticles were synthesized with 9.83 mM AgNO3 concentration and 0.19 mg/ml biomass: metal solution mixing ratio. The surface plasmon resonance band of silver nanoparticles was observed in the 300-350 nm wavelength range. According to the antibacterial activity results of silver nanoparticles, inhibition zone diameters were obtained as 10.83±0.76 mm and 11.33±0.57 mm against Escherichia coli and Staphylococcus aureus bacteria, respectively.Article In Silico Approach for Identification of PI3K/MTOR Dual Inhibitors for Multiple Myeloma Treatment(Istanbul Univ, 2023-04-14) Masalaci, Ilke; Akdogan, Yaren; Mutlu, Ozge; Eyvaz, Hande; Kiraz, YagmurObjective: Multiple myeloma is a hematologic malignancy in which targeting phosphoinositide 3 kinase (PI3K) and/or the mammalian target of rapamycin (mTOR) individually has been shown to have anti-proliferative effects, however, inhibiting both proteins simultaneously has been reported to have more effective results for its treatment. The aim of this study is to determine the molecular interactions and predicted inhibitory effects of 40 different dual inhibitors on mTOR, PI3K delta, and PI3K gamma to propose potentially the most effective dual inhibitor that targets the PI3K delta and PI3K gamma isoforms as well as the mTOR proteins since those isoforms are known to be predominant in multiple myeloma patients. Therefore, the focus in this study is built around the specific targeting of the PI3K delta and PI3K gamma isoforms from the multiple myeloma perspective. Materials and Methods: In silico docking experiments were conducted to determine the binding energies for different ligands that target mTOR, PI3K delta, and PI3K gamma. Protein-dual inhibitor complexes and the amino acids and bond types were visualized to identify molecular interactions. The absorption, distribution, metabolism, and excretion properties of dual inhibitors were analyzed and evaluated. Results: The binding affinity values were found to be between -7 and -9.9 kcal/mol. The toxicity prediction values of the selected dual inhibitors were obtained from the Pro-Tox-II web tool and classified according to the globally harmonized system of classification of labeling of chemicals. Conclusion: Correspondingly, among all dual inhibitors, Vistusertib is determined to be a promising compound against multiple myeloma cells by inhibiting both PI3K delta and PI3K gamma as well as mTORC1/2.Article Flia-Dependent Surface Macromolecules Promote Initial Biofilm Development of Escherichia Coli by Influencing the Bacterial Surface Properties(2023-03-31) Gördeşli Duatepe, Fatma Pınar; Duatepe, Fatma Pinar GordesliFliA is an important regulatory component for the synthesis of surface macromolecules which are involved in motility and biofilm development of Escherichia coli. In this study, the roles of FliA-dependent surface macromolecules in E. coli surface tension, sur- face heterogeneity and surface roughness, and initial biofilm development consisting of re- versible and irreversible adhesion were investigated using E. coli MG1655 wild-type strain and fliA gene deleted mutant strain. Negative Gibbs free energy change values calculated using bacterial surface tensions obtained by a spectrophotometric method showed that both wild-type and mutant cells in water can reversibly adhere to the surface of the model solid, silicon nitride (Si3N4). The calculations further showed that bacterial reversible auto- adhesion and co-adhesion were also thermodynamically favorable. In comparison, the re- versible adhesion and auto-adhesion capacities of wild-type cells were higher than the mu- tant cells. Direct measurements by atomic force microscopy (AFM) and thorough analysis of the recorded adhesion data showed that the irreversible adhesion strength of wild-type cells to Si3N4 in water was at least 2.0-fold greater than that of the mutants due to signifi- cantly higher surface heterogeneity resulting in higher surface roughness for the wild-type cells compared to those obtained for the mutants. These results suggest that strategies aimed at preventing E. coli biofilm development should also consider a combined method, such as modifying the surface of interest with a bacterial repellent layer and targeting the FliA and FliA-dependent surface macromolecules to reduce both reversible and irreversible bacterial adhesion and hence the initial biofilm development of E. coli.Article Citation - WoS: 3Metal Nanopartiküllerin Mikroalgler Aracılığı ile Yeşil Sentezi(Ege Univ, FAC Fisheries, 2023-03-15) Mutaf, Tuğçe; Çalışkan Bilgin, Gülizar; Öncel, Suphi; Elibol, Murat; Caliskan, GulizarYeşil sentez olarak adlandırılan, nanopartiküllerin biyolojik kaynaklar aracılığı ile sentezlenmesine olan ilgi son yıllarda artış göstermiştir. Bunun temel nedeni geleneksel yöntemler olan fiziksel ve kimyasal yöntemlerde indirgeyici ve stabilize edici ajanlar olarak yüksek miktarlarda toksik kimyasala ihtiyaç duyuluyor olmasıdır. Daha çevre dostu ve insan sağlığı için tehdit oluşturmayan bitki, fungus, bakteri, alg gibi organizmalar yeşil nanopartikül sentezi için alternatif kaynaklardır. Sucul mikroorganizmalar olan mikroalgler üretmiş oldukları proteinler, vitaminler, pigmentler, yağ asitleri, hücre içi- hücre dışı polisakkaritler gibi fonksiyonel özelliğe sahip metabolitler sayesinde uzun yıllardır gıda, kozmetik ve ilaç endüstrilerinde formülasyonlara eklenmektedir. Bunların yanı sıra, son yıllarda yapılan çalışmalarla nanopartikül sentezinde de yüksek potansiyele sahip oldukları görülmüştür. Özellikle metal iyonlarının depolanmasını ve detoksifikasyonunu yapabildiklerinden ve metal iyonlarını elementel hale indirgeyen hücre içi ve hücre dışı metabolitlerce zengin olduklarından, metal nanopartiküllerin sentezi için yüksek potansiyele sahiptirler. Son yıllarda mikroalglerden nanopartikül sentezine odaklanmış olan yayın sayısı artmış ve pek çok mikroalg türünün gümüş, altın, titanyum, çinko, demir vb. metal nanopartikülleri hücre içi ve hücre dışı yollarla sentezleme potansiyeli araştırılmıştır. Bu derleme makale kapsamında, nanopartikül sentezi için çalışılmış olan mikroalg ve siyanobakteri türleri, kullanılan farklı sentez yöntemleri, nanopartiküllerin sentez mekanizması, temel karakterizasyon yöntemleri ve yeşil sentezle üretilen nanopartiküllerin antimikrobiyal aktivitelerine odaklanılmıştırResearch Project Planktonik ve Biyofilmden-dagılmıs Hücrelerin Yüzeylere Adhezyon Kuvvetleri ve Hücre Yüzeyi Fizyokimyasal Özellikleri(2021) Duatepe, Fatma Pınar GördesliBiyofilm olusumu, planktonik bakterilerin bir yüzeye nano-ölçekte adhezyonuyla baslayan ve biyofilmin dagılmasıyla tamamlanan gelisimsel bir süreçtir. Biyofilmden-dagılmıs bakteriyel hücrelerin planktonik muadillerine kıyasla daha öldürücü özellik gösterip farklı fizyolojide olmaları, biyofilmden-dagılmıs bakterilerin olusturacagı yeni biyofilmlerle mücadelede farklı stratejilerin uygulanmasını gerekli kılmıstır. NO-donörü sodyum nitroprussid (SNP) kullanarak, c-di-GMP yolaklarının hedeflenmesi ve böylece biyofilm dagılımının saglanması biyofilmlerle mücadelede yaygın olarak kullanılan etkili bir stratejidir. Bu sebeple, projede farklı konsantrasyonlarda SNP ilavesiyle statik ve dinamik sistemlerde büyütülen biyofilmlerden dagılmıs Gram-negatif E. coli ve Gram-pozitif B. subtilis hücreleri ile planktonik muadillerinin su içinde silikon nitrat yüzeyine uyguladıkları adhezyon kuvvetleri atomik kuvvet mikroskobuyla (AFM) ölçülerek karsılastırılmıstır. Buna göre statik sistemde 5 ?M SNP ilavesiyle biyofilmden-dagılmıs E.coli ve B. subtilis hücrelerinin adhezyon kapasitelerinin planktonik hücrelerinkine benzer veya düsük oldugu bulunmustur. Ayrıca statik sistemde biyofilmden-dagılmıs E. coli hücrelerinin adhezyon kapasitelerinin ve yüzey heterojenliklerinin ilave edilen SNP konsantrasyonuna baglı oldugu, özellikle 0.5 ?M ve 2.5 mM (toksik) konsantrasyonlarda SNP kullanımının biyofilmden-dagılmıs hücrelerin moleküler adhezyonunda ve c-di-GMP miktarlarında önemli artıslara neden oldugu görülmüstür. Dinamik sistemde 5 ?M SNP ilavesiyle biyofilmden-dagılmıs E. coli hücrelerinin adhezyon kapasitelerinin planktonik hücrelerden daha yüksek oldugu ve bu durumun yüzey hidrofobisiteleriyle iliskili oldugu gözlenmistir. Dinamik sistemde 5 ?M SNP ile biyofilmdendagılmıs B. subtilis hücrelerinin adhezyon kapasiteleri, statik sistemde oldugu gibi, planktonik hücrelere kıyasla daha düsük bulunmustur. Tüm kosullarda hücrelerin adhezyon kapasiteleri ile içerdikleri c-di-GMP miktarları arasında pozitif iliski gözlenmis, bu durumun da SNP ilavesiyle açıga çıkan NO konsantrasyonuna ve ortam kosullarına baglı olarak degisen nitrosatif stres ve açlık stresine baglı olabilecegi düsünülmüstür. 5 ?M SNP ilavesiyle biyofilmlerden dagılan hücrelerin planktonik hücrelere kıyasla daha hidrofobik oldukları ve bakteriyel adhezyonu spesifik hidrojen bagı kuvvetlerinin domine ettigi bulunmustur. Projeden elde edilen sonuçların biyofilmlerle mücadelede daha etkili stratejilerin gelistirilmesine büyük katkı saglayacagı düsünülmektedir.