TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
6 results
Search Results
Article Citation - WoS: 3Metal Nanopartiküllerin Mikroalgler Aracılığı ile Yeşil Sentezi(Ege Univ, FAC Fisheries, 2023-03-15) Mutaf, Tuğçe; Çalışkan Bilgin, Gülizar; Öncel, Suphi; Elibol, Murat; Caliskan, GulizarYeşil sentez olarak adlandırılan, nanopartiküllerin biyolojik kaynaklar aracılığı ile sentezlenmesine olan ilgi son yıllarda artış göstermiştir. Bunun temel nedeni geleneksel yöntemler olan fiziksel ve kimyasal yöntemlerde indirgeyici ve stabilize edici ajanlar olarak yüksek miktarlarda toksik kimyasala ihtiyaç duyuluyor olmasıdır. Daha çevre dostu ve insan sağlığı için tehdit oluşturmayan bitki, fungus, bakteri, alg gibi organizmalar yeşil nanopartikül sentezi için alternatif kaynaklardır. Sucul mikroorganizmalar olan mikroalgler üretmiş oldukları proteinler, vitaminler, pigmentler, yağ asitleri, hücre içi- hücre dışı polisakkaritler gibi fonksiyonel özelliğe sahip metabolitler sayesinde uzun yıllardır gıda, kozmetik ve ilaç endüstrilerinde formülasyonlara eklenmektedir. Bunların yanı sıra, son yıllarda yapılan çalışmalarla nanopartikül sentezinde de yüksek potansiyele sahip oldukları görülmüştür. Özellikle metal iyonlarının depolanmasını ve detoksifikasyonunu yapabildiklerinden ve metal iyonlarını elementel hale indirgeyen hücre içi ve hücre dışı metabolitlerce zengin olduklarından, metal nanopartiküllerin sentezi için yüksek potansiyele sahiptirler. Son yıllarda mikroalglerden nanopartikül sentezine odaklanmış olan yayın sayısı artmış ve pek çok mikroalg türünün gümüş, altın, titanyum, çinko, demir vb. metal nanopartikülleri hücre içi ve hücre dışı yollarla sentezleme potansiyeli araştırılmıştır. Bu derleme makale kapsamında, nanopartikül sentezi için çalışılmış olan mikroalg ve siyanobakteri türleri, kullanılan farklı sentez yöntemleri, nanopartiküllerin sentez mekanizması, temel karakterizasyon yöntemleri ve yeşil sentezle üretilen nanopartiküllerin antimikrobiyal aktivitelerine odaklanılmıştırResearch Project Parametre Belirsizliği Altında Hücre İçi Ağların Modellenmesi, Analizi ve Optimal Kontrolü(2014) Demir, Güleser Kalaycı; Çavaş, Levent; Avcu, Neslihan; Alyuruk, Hakan; Güzeliş, Cüneyt[Abstract Not Available]Research Project Huh-7 İnsan Hepatoselüler Karsinoma Hücre Hatlarının Fenotipik Farklılaşmasında Depo-kontrollü Kalsiyum Girişinin İşlevsel Genomik Analizi(2017) Karacicek, Bilge; Erdal, Şerife Esra; Küçük, Can; Kosova, Büket; Tosun, Metiner; Meuwıssen, Ralph Leo Johan; Eraç, Yasemin[Abstract Not Available]Research Project İki-foton Mikroskopi Görüntülerinde Dendrit Dikenlerinin Otomatik Olarak Bölütlendirilmesi, Sını?andırılması ve Takibi için Olasılık ve Makine Öğrenmesi Temelli Yöntemler(2017) Israely, Inbal; Ghanı, Muhammad Usman; Atabakılachını, Naeimeh; Kılıç, Bike; Ünay, Devrim; Argunşah, Ali Özgür; Çetin, Müjdat; Erdil, ErtunçNöronların dendritleri üzerindeki dikenlerin (spine) yapılarının ve yapısal dinamiklerinin analizi, öğrenme, hafıza oluşumu ve ilgili patolojilerin temelini oluşturan mekanizmaların aydınlatılmasında önem taşımaktadır. Son yıllarda bu yapıları görüntüleyen teknolojilerde elde edilen önemli ilerlemeler sonucunda, analiz edilmesi gereken veri miktarı çok artmıştır. Bahsedilen analizler sinirbilim araştırmacıları tarafından çoğunlukla elle yapıldığından hem çok vakit almakta hem de yorgunluğa/dikkatsizliğe bağlı insan hatası içermektedir. Bunun bir sonucu olarak dikenlerin yapısal, uzamsal, ve zamansal değişimlerini hızlı ve güvenilir bir şekilde analiz etmeye yarayacak görüntü işleme araçlarının geliştirilmesi son yıllarda önemli bir araştırma konusu olarak ortaya çıkmıştır. Buprojeninkonusudinamikplastisiteçalışmalarınaolanaktanıyaniki-fotonmikroskopisi verilerininotomatikolarakişlenmesivebuverilerdenbilgiçıkarılmasıiçinalgoritmageliştirme üzerinedir. Projede dendrit dikenlerinin analizi için olasılık ve makine öğrenmesi temelli yeni görüntü işleme algoritmaları geliştirilmiştir. Daha somut olarak, projede dendrit dikenlerinin iki-foton mikroskopisi görüntülerinden otomatik olarak (1) tespiti, (2) bölütlenmesi, (3) takibi ve dinamik olarak bölütlenmesi, (4) şekil analizi (sını?andırılması ve kümelenmesi) için ayrıayrıvebuproblemlerinbazılarıiçinbirdenfazlaolmaküzereyeniyöntemlerveakademik katkılar üretilmiştir. Projedeki çalışmalara dayalı olarak şu ana kadar 3 dergi makalesi ve 15 konferans bildirisi yayımlanmış, 1 doktora ve 2 yüksek lisans tezi üretilmiştir. Ayrıca 1 dergi makalesi değerlendirme ve 5 dergi makalesi de yazım aşamasındadır. Yayınlara ek olarak ortaya çıkan diğer önemli bir çıktı ise projede geliştirilen analiz yöntemlerini içeren Matlab temelli, kullanıcı dostu gra?k arayüzlü bir yazılım aracıdır. Bu yazılım aracını araştırmacılar projenin http://spines.sabanciuniv.edu/ web sitesi üzerinden temin edip kullanabileceklerdir. Proje Doç.Dr. Devrim Ünay’ın (İzmir Ekonomi Üniversitesi) yürütücülüğünde Sabancı Üniversitesi,BahçeşehirÜniversitesivePortekiz’dekiChampalimaudSinirbilimProgramı’nın ortak çalışmaları ile gerçekleştirilmiştir.Research Project Planktonik ve Biyofilmden-dagılmıs Hücrelerin Yüzeylere Adhezyon Kuvvetleri ve Hücre Yüzeyi Fizyokimyasal Özellikleri(2021) Duatepe, Fatma Pınar GördesliBiyofilm olusumu, planktonik bakterilerin bir yüzeye nano-ölçekte adhezyonuyla baslayan ve biyofilmin dagılmasıyla tamamlanan gelisimsel bir süreçtir. Biyofilmden-dagılmıs bakteriyel hücrelerin planktonik muadillerine kıyasla daha öldürücü özellik gösterip farklı fizyolojide olmaları, biyofilmden-dagılmıs bakterilerin olusturacagı yeni biyofilmlerle mücadelede farklı stratejilerin uygulanmasını gerekli kılmıstır. NO-donörü sodyum nitroprussid (SNP) kullanarak, c-di-GMP yolaklarının hedeflenmesi ve böylece biyofilm dagılımının saglanması biyofilmlerle mücadelede yaygın olarak kullanılan etkili bir stratejidir. Bu sebeple, projede farklı konsantrasyonlarda SNP ilavesiyle statik ve dinamik sistemlerde büyütülen biyofilmlerden dagılmıs Gram-negatif E. coli ve Gram-pozitif B. subtilis hücreleri ile planktonik muadillerinin su içinde silikon nitrat yüzeyine uyguladıkları adhezyon kuvvetleri atomik kuvvet mikroskobuyla (AFM) ölçülerek karsılastırılmıstır. Buna göre statik sistemde 5 ?M SNP ilavesiyle biyofilmden-dagılmıs E.coli ve B. subtilis hücrelerinin adhezyon kapasitelerinin planktonik hücrelerinkine benzer veya düsük oldugu bulunmustur. Ayrıca statik sistemde biyofilmden-dagılmıs E. coli hücrelerinin adhezyon kapasitelerinin ve yüzey heterojenliklerinin ilave edilen SNP konsantrasyonuna baglı oldugu, özellikle 0.5 ?M ve 2.5 mM (toksik) konsantrasyonlarda SNP kullanımının biyofilmden-dagılmıs hücrelerin moleküler adhezyonunda ve c-di-GMP miktarlarında önemli artıslara neden oldugu görülmüstür. Dinamik sistemde 5 ?M SNP ilavesiyle biyofilmden-dagılmıs E. coli hücrelerinin adhezyon kapasitelerinin planktonik hücrelerden daha yüksek oldugu ve bu durumun yüzey hidrofobisiteleriyle iliskili oldugu gözlenmistir. Dinamik sistemde 5 ?M SNP ile biyofilmdendagılmıs B. subtilis hücrelerinin adhezyon kapasiteleri, statik sistemde oldugu gibi, planktonik hücrelere kıyasla daha düsük bulunmustur. Tüm kosullarda hücrelerin adhezyon kapasiteleri ile içerdikleri c-di-GMP miktarları arasında pozitif iliski gözlenmis, bu durumun da SNP ilavesiyle açıga çıkan NO konsantrasyonuna ve ortam kosullarına baglı olarak degisen nitrosatif stres ve açlık stresine baglı olabilecegi düsünülmüstür. 5 ?M SNP ilavesiyle biyofilmlerden dagılan hücrelerin planktonik hücrelere kıyasla daha hidrofobik oldukları ve bakteriyel adhezyonu spesifik hidrojen bagı kuvvetlerinin domine ettigi bulunmustur. Projeden elde edilen sonuçların biyofilmlerle mücadelede daha etkili stratejilerin gelistirilmesine büyük katkı saglayacagı düsünülmektedir.Article Citation - WoS: 2Citation - Scopus: 2Testing the Concealed Ovulation Hypothesis in the Framework of Facial Symmetry Fluctuations Moderated by Menstrual Cycle in Women(Turkish Psychologists Assoc, 2010) Çeti̇nkaya, Hakan; Dural, Seda; Gulbetekin, Evrim; Çetinkaya, Seda DuralWith three studies, a long lived position that women have concealed ovulation, and its possible adaptive value were investigated. In the first study, systematic changes in women across the menstural cycle were elaborated and of those, cyclic changes in the facial symmetry in regularly ovulating women were investigated. The findings showed predictable fluctuations on females' facial symmetry throughout their menstural phases. In order to determine whether the differences among the deviation from the symmetry scores of the facial pictures obtained from four menstural phases (namely, menstural, proliferative, ovulatory, and secretory phases) were detectable by males, in the second experiment, males evaluated the facial-menstural pictures for their attractiveness. The male participants rated the pictures obtained from ovulatory phases as the most attractive of all. Also they found the pictures obtained from the menstural phases to be least attractive. In the third study, half of the male participants (familiar males) rated four menstural pictures obtained from the same females, the other half of them (unfamiliar males) rated four menstural pictures, but this time each of which obtained from different females. The males in the latter group were not able to distinguish attractiveness of the facial pictures of different females. The results indicate that although there is some extent of concealment of ovulation in women as an adaptation, it is not completely concealed, especially from the familiar (or pair-bonded) males. Thus, men might have equipped with a counter-adapt, a mental device, through their evolutionary history to cope with the problem of concealment of ovulation in women by staying with her and observing the cyclic changes on her facial attractiveness.