TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
17 results
Search Results
Article Aronia Melanocarpa (Michx.) Meyvesindeki Fenolik, Flavonoid, Toplam Antioksidan Kapasitesi, Vitamin ve Glutatyon İçeriğinin Araştırılması(2025-09-15) Özer, Dursun; Karatas, Fikret; Saydam, Sinan; Servi, RefikAronya meyvesindeki yağda ve suda gözünen vitaminler, glutatyon miktarları yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) ile tayin edilmiştir. Toplam fenolik ve flavonoid bileşik miktarları ve toplam antioksidan kapasitesi spektrofotometre ile belirlenmiştir. Meyvedeki vitamin A, E, β-karoten ve likopen miktarları sırasıyla 12.44±0.40, 19.51±0.51, 51.64±1.41 ve 5.85±0.17 µg/g olarak bulundu. Aronya meyvesindeki suda çözünen vitaminlerden askorbik asit, tiamin, riboflavin, nikotinik asit, pantotenik asit, pridoksin, folik asit ve siyanokobalamin miktarları sırasıyla 412.92±7.29, 4.27±0.14, 16.43±0.48, 34.13±1.01, 36.37±0.59, 3.43±0.12, 14.0±0.55, 5.33±0.14 µg/g, iken redükte ve okside glutatyon (GSH, GSSG) miktarları ise 706.32±11.25, 133.67±4.79 µg/g olarak belirlendi. Meyvelerdeki toplam fenolik madde miktarı 81.28±1.86 µg Gallik Asit/g, flavonoid madde miktarı ise 65.55±1.45 µg Kuersettin/g olarak belirlenmiştir. Aronya meyvesindeki DPPH yöntemine göre belirlenen IC50 değeri 23.17±0.78 µg/mL, TEAK yöntemine göre hesaplanan antioksidan kapasite değeri ise 272.85±6.31 µmol Troloks/g olarak bulunmuştur. Olgun aronya meyvesindeki vitaminler, glutatyon, toplam fenolik ve flavonoid madde miktarları ile toplam antioksidan kapasite bakımından uygun dozda tüketildiğinde sağlık için yararlı olduğu söylenebilir.Article Bibliometric Analysis on Methods and Tools Developed for DGE Analysis: Current Trends and Future Perspectives(2025-04-29) Kochan, NeclaDiferansiyel gen ekspresyonu (DGE) analizi, yeni nesil dizileme teknolojilerinin ortaya çıkışıyla önemli bir ilgi kazanmıştır. Bu durum, DGE analizi için çeşitli yöntemlerin ve araçların geliştirilmesine yol açmıştır. Bu çalışmada, Biblioshiny ve VOSviewer yazılımları kullanılarak, incelenen dönem boyunca eğilimleri araştırmak amacıyla bibliyometrik analiz yapılmıştır. 2005-2023 yılları arasında Web of Science veri tabanından, diferansiyel gen ekspresyonu ile ilgili terimleri konu alan ilgili makaleler taranmıştır. İncelenen dönem boyunca yayımlanan eğilimleri göstermek için Biblioshiny ve VOSviewer yazılımları kullanılarak ağ haritaları oluşturulmuştur. Toplamda 729 çalışma, DGE analizi metodolojilerindeki, araçlarındaki ve paketlerindeki eğilimleri ortaya koymak amacıyla incelenmiştir. Bu amaçla, ülke, kurum, kaynak, yazar ve anahtar kelime üretkenliği açısından eş-yazarlık, bibliyografik eşleşme ve eş-oluşum analizleri yapılmıştır. 2005 yılından sonra çıktı ve atıf sayılarında artış gözlenmiştir. Çalışma süresince ABD ve Çin, DGE analizine en çok katkı sağlayan ülkeler olarak öne çıkmıştır. Zamansal çalışmalar, belirli aralıklarla bir miktar azalma olmakla birlikte, zaman içinde yayınlarda önemli bir artış olduğunu ortaya koymuştur. En büyük düşüş, 2008 ile 2010 yılları arasında gözlenmiştir. Bu düşüşlere rağmen, DGE analizi, herhangi bir hastalığın mekanizmalarını, gen işlevlerini ve terapötik hedefleri anlamadaki temel rolü nedeniyle genomikte kritik bir konu olmaya devam etmektedir. Bu eğilim, mevcut yöntemlerin ve araçların, çeşitli hastalıklarla ilişkili anahtar bilgilendirici genleri tanımlamak için yeterince güçlü kabul edildiğini göstermektedir.Article A Comparative study of DNA Alignment Algorithms and Boosting Performance Using Different Compilation Strategies(2024-12-30) Doluca, OsmanYeni nesil sekanslama teknolojilerinin yaygınlaşması ve biyolojik verilerin çoğalması ile beraber DNA ve protein dizi hizalama algoritmalarının daha yüksek performans ile calıştırılmasına olan ihtiyaç artmıştır. Bu çalışma iki iyi bilinen, Needleman-Wunsch ve Smith-Waterman, DNA ve Protein dizi hizalama algoritmalarının Python programlama dilinde farklı derlenme stratejilerinin sistematik kıyaslamasıdır. Sıkça kullanılan Biopython’un ikili hizalama modülü ile kendi yazdığımız yazılımın farklı derleme yaklaşımlarının performans farkının kıyaslanması amaçlanmıştır. Sonuçlar Numba’nın just-in-time derleme yönteminin PyPy ve Cython derleme yöntemleri ya da Biopython modülüne kıyasla genel olarak daha yüksek performans gösterdiğini ortaya koymuştur. Bu çalışmanın geniş çapta dizi hizalama gerektiren yazılım protipleme çalışmalarında verimliliği arttıracağı düşünülmektedir.Article Citation - WoS: 2Differences in the Differential Expression of Micrornas Between Patients With Familial Multiple Sclerosis and Those With Sporadic Multiple Sclerosis(Galenos Publ House, 2023-12-28) Güllüoğlu, Halil; Uysal, Hasan Armağan; Poyraz, Turan; Altun, Zekiye; Kaya, Derya; Özcelik, Pınar; İdiman, Egemen; Poyraz, TuranObjective: Multiple sclerosis (MS) is a heterogeneous disease with clinical and immunological features. Most MS cases occur sporadically, but a considerable proportion of patients have a family history of MS. The etiology and pathophysiology of MS remain unclear. Recent epidemiological and gene expression studies have indicated that dysregulation of microRNAs (miRNAs) may play a role in MS pathogenesis. This study aimed to evaluate the differential expression of miRNAs in sporadic MS (sMS) and familial MS Materials and Methods: This cross-section, single-center study was conducted in 20 FMS and 10 sMS patients and 8 healthy controls. The patients were in the remission. In total, 2,549 miRNA genes were screened in the blood mononuclear cells from the whole blood samples of MS patients depending on miRBase 21. Differential expression of miRNAs in MS patients was identified compared with the control group, and miRNAs with a fold change >= 2 were validated using reverse transcription-polymerase chain reaction. Differentially expressed miRNAs were then compared between FMS and sMS patients. Results: Initial findings showed that miR-5100 and hsa-miR-16-2-3p were increased and miR-432-3p was decreased in FMS compared with sMS, whereas miR-548-aa, hsa-miR-142-3p, and miR-451-b were increased in both sMS and FMS, but miR-548-v was increased only in sMS. Some miRNAs showed the same expression patterns in both groups. Conclusion: Differential expression of certain miRNAs may be a useful biomarker in the diagnosis of MS. This study showed that miRNAs may discriminate between FMS and sMS cases and MS subtypes, as indicated in earlier studies.Article Evaluation of Oxidative/Nitrosative Stress Parameters and Histopathological, Immunohistochemical Effects on Cisplatin-Induced Lung Toxicity in Rats(2023-12-01) Yıldız Dalgınlı, Kezban; Öztürkler, Melek; Beşeren, Hatice; Adalı, Yasemen; Atakişi, Onur; Dalgınlı, Kezban YıldızThe main focus of this study is to investigate oxidative/nitrosative stress and antioxidant effects and immunohistochemical effects in cisplatin-induced lung toxicity. In the study, 12 male Sprague Dawley rats, 2 months old, were divided into two groups: control (n=6) and cisplatin (n=6). Isotonic solution was administered to control and cisplatin 10 mg/kg single dose intraperitoneal to cisplatin group. Reducte glutathione (GSH), malondialdehyde (MDA) and nitric oxide (NO) levels were determined by spectrophotometricmethod in the lung tissues taken. Paraffin blocks were made from lung tissues and stained with hematoxylin-eosin (HE) staining. Immunohistochemically, p53, CD3, CD20, Bcl-2 ve Ki67 were evaluated. It was found that cisplatin administration alone had no effect on MDA and GSH values in the lung tissue of rats, and NO levels were significantly increased (P<0.005). In the histopathological evaluation of the lung tissue, congestion-bleeding findings, intense inflammation areas, lymphoid follicles around the bronchi and bronchioles were seen with HE staining. Concentric fibrous and fibrinous plugs consisting of blood-fibrin and inflammatory cells and fibroblasts in the airways were observed, with low- density edema between the alveoli. Reactive pan B cell markers CD20, T-cell marker CD3 in the interstitial component and desmin in sub-epithelial cells were stainedpositively by immunohistochemical staining, while reactive germinal centers Bcl-2 and p53 applied to the bronchioles and alveolarducts were immunohistochemically stained negative. In addition, low-intensity nuclear staining was found with Ki67 immunohistochemical staining.In conclusion, significant increase in NO level and immunohistochemically intense inflammation, lymphoid follicles, fibrous and fibrinous plugs are an expression of the onset of cisplatin-induced lung injury..Article New Lymph Node Parameters and a Comparison With the American Joint Committee on Cancer N-Stages in Breast Cancer(Galenos Publ House, 2023-08-01) Eliyatkin, Nuket Ozkavruk; Başkır, İnci; İşlek, Akif; Zengel, BahaBACKGROUND/AIMS: The N-stage of TNM systems considers only the number of metastatic lymph nodes (NMLN) in breast cancer (BC). However, new lymph node parameters refer to the number of harvested lymph nodes (NHLN) and negative lymph nodes (NNLN), which have had an increasing significance in the current literature. This study aimed to compare NHLN, NNLN, lymph node ratio (LNR), modified lymph node ratio (mLNR), and log odds of positive lymph nodes (LODDS) against the standard American Joint Committee on Cancer (AJCC) N-stage for the prognosis of BC patients. MATERIALS AND METHODS: This study was designed retrospectively. The socio-demographic data, clinical features, histopathological factors, treatment modalities, receptor status of BC, and lymph node related parameters (AJCC N, LNR, mLNR, LODDS) were identified. Then, lymph node related parameters were compared for cancer-related mortality (CRM), cancer recurrence, disease-free survival (DFS), and overall survival (OS). RESULTS: Eight hundred seven women who underwent surgery for BC were included in this study according to its eligibility criteria. The mean follow-up period was 113.34±74.85 (range: 6-378) months. The NHLN was 21.24±9.22, the NMLN was 4.85±7.38, the NNLN was 16.39±9.48, the LNR was 0.23±0.29, the mLNR was 5.38±7.38 and the LODDS was -0.74±0.80 on average. During the follow-up period, 42 (5.2%) patients had local recurrence, 188 (23.3%) had distant metastases, and 252 (31.2%) patients died due to BC. NMLN, LNR, mLNR, and LODDS were found to be significantly higher, and NNLN was significantly lower in those patients with cancer recurrence and CRM (p<0.001). AJCC N-stages, and also LNR, mLNR, and LODDS groups according to the calculated cut-off values, were significant for DFS and OS according to survival analysis. In Cox regression analysis, only LODDS was a significant independent risk factor for OS [p=0.014, heart rate (HR)=3.78, 95% confidence interval (CI) for HR: 1.30-10.94)]. CONCLUSION: The results indicated that LODDS was more successful compared to other lymph node staging systems, especially for OS. However, randomized prospective controlled studies with larger samples and homogeneous study groups are needed to create standard classification systems as alternatives to AJCC N.Article Flia-Dependent Surface Macromolecules Promote Initial Biofilm Development of Escherichia Coli by Influencing the Bacterial Surface Properties(2023-03-31) Gördeşli Duatepe, Fatma Pınar; Duatepe, Fatma Pinar GordesliFliA is an important regulatory component for the synthesis of surface macromolecules which are involved in motility and biofilm development of Escherichia coli. In this study, the roles of FliA-dependent surface macromolecules in E. coli surface tension, sur- face heterogeneity and surface roughness, and initial biofilm development consisting of re- versible and irreversible adhesion were investigated using E. coli MG1655 wild-type strain and fliA gene deleted mutant strain. Negative Gibbs free energy change values calculated using bacterial surface tensions obtained by a spectrophotometric method showed that both wild-type and mutant cells in water can reversibly adhere to the surface of the model solid, silicon nitride (Si3N4). The calculations further showed that bacterial reversible auto- adhesion and co-adhesion were also thermodynamically favorable. In comparison, the re- versible adhesion and auto-adhesion capacities of wild-type cells were higher than the mu- tant cells. Direct measurements by atomic force microscopy (AFM) and thorough analysis of the recorded adhesion data showed that the irreversible adhesion strength of wild-type cells to Si3N4 in water was at least 2.0-fold greater than that of the mutants due to signifi- cantly higher surface heterogeneity resulting in higher surface roughness for the wild-type cells compared to those obtained for the mutants. These results suggest that strategies aimed at preventing E. coli biofilm development should also consider a combined method, such as modifying the surface of interest with a bacterial repellent layer and targeting the FliA and FliA-dependent surface macromolecules to reduce both reversible and irreversible bacterial adhesion and hence the initial biofilm development of E. coli.Article Citation - WoS: 3Metal Nanopartiküllerin Mikroalgler Aracılığı ile Yeşil Sentezi(Ege Univ, FAC Fisheries, 2023-03-15) Mutaf, Tuğçe; Çalışkan Bilgin, Gülizar; Öncel, Suphi; Elibol, Murat; Caliskan, GulizarYeşil sentez olarak adlandırılan, nanopartiküllerin biyolojik kaynaklar aracılığı ile sentezlenmesine olan ilgi son yıllarda artış göstermiştir. Bunun temel nedeni geleneksel yöntemler olan fiziksel ve kimyasal yöntemlerde indirgeyici ve stabilize edici ajanlar olarak yüksek miktarlarda toksik kimyasala ihtiyaç duyuluyor olmasıdır. Daha çevre dostu ve insan sağlığı için tehdit oluşturmayan bitki, fungus, bakteri, alg gibi organizmalar yeşil nanopartikül sentezi için alternatif kaynaklardır. Sucul mikroorganizmalar olan mikroalgler üretmiş oldukları proteinler, vitaminler, pigmentler, yağ asitleri, hücre içi- hücre dışı polisakkaritler gibi fonksiyonel özelliğe sahip metabolitler sayesinde uzun yıllardır gıda, kozmetik ve ilaç endüstrilerinde formülasyonlara eklenmektedir. Bunların yanı sıra, son yıllarda yapılan çalışmalarla nanopartikül sentezinde de yüksek potansiyele sahip oldukları görülmüştür. Özellikle metal iyonlarının depolanmasını ve detoksifikasyonunu yapabildiklerinden ve metal iyonlarını elementel hale indirgeyen hücre içi ve hücre dışı metabolitlerce zengin olduklarından, metal nanopartiküllerin sentezi için yüksek potansiyele sahiptirler. Son yıllarda mikroalglerden nanopartikül sentezine odaklanmış olan yayın sayısı artmış ve pek çok mikroalg türünün gümüş, altın, titanyum, çinko, demir vb. metal nanopartikülleri hücre içi ve hücre dışı yollarla sentezleme potansiyeli araştırılmıştır. Bu derleme makale kapsamında, nanopartikül sentezi için çalışılmış olan mikroalg ve siyanobakteri türleri, kullanılan farklı sentez yöntemleri, nanopartiküllerin sentez mekanizması, temel karakterizasyon yöntemleri ve yeşil sentezle üretilen nanopartiküllerin antimikrobiyal aktivitelerine odaklanılmıştırResearch Project Parametre Belirsizliği Altında Hücre İçi Ağların Modellenmesi, Analizi ve Optimal Kontrolü(2014) Demir, Güleser Kalaycı; Çavaş, Levent; Avcu, Neslihan; Alyuruk, Hakan; Güzeliş, Cüneyt[Abstract Not Available]Research Project Huh-7 İnsan Hepatoselüler Karsinoma Hücre Hatlarının Fenotipik Farklılaşmasında Depo-kontrollü Kalsiyum Girişinin İşlevsel Genomik Analizi(2017) Karacicek, Bilge; Erdal, Şerife Esra; Küçük, Can; Kosova, Büket; Tosun, Metiner; Meuwıssen, Ralph Leo Johan; Eraç, Yasemin[Abstract Not Available]