Akut Miyeloid Lösemi'de Prognostik Genetik Belirteçlerin Belirlenmesi ve Yeni Terapötik Hedeflerin Keşfine Yönelik Biyoinformatik Yaklaşımlar

Abstract

Akut miyeloid lösemi hematopoetik kök hücrelerin klonal çoğalmasıyla karakterize edilen heterojen bir kanser türüdür. Bu çalışma bu kanser türüne yeni ve özgün bir tedavi yöntemi önermek ve yeni hedeflenebilir çekirdek genleri belirlemeyi hedeflemiştir. Bu bağlamda, 615 AML hasta verisi ve 22 sağlıklı birey verisi açık veri tabanlarından elde edilmiştir. Elde edilen hasta verilerinin içerdiği 54,675 adet gen probu farklı ifade edilen gen analizi ve sağkalım analizi ile araştırılmıştır. Bu analizlere ise çekirdek gen analizleri eklenerek 4 adet çekirdek gen elde edilmiştir. Bu genler CCT5, ZBTB16, APP ve PTPN6 genleridir. Ortaya çıkarılan bu çekirdek genlere ek olarak önceki farklı ifade edilen gen analizlerinden ve farklı ifade edilen genlerin sağkalım analizlerinden elde edilen veri setleri ise özgün inhibe edici ilaçların belirlenmesi amacıyla ilaç yeniden konumlandırma ile LINCS L1000LCS veri tabanı kullanılarak analiz edildi ve hem farklı ifade edilen hem de farklı ifade edilen ve sağkalımı düşüren genler ayrı olmak üzere analiz edildi. Bu iki gen grubunun da inhibisyonunu sağlaması açısından önerilen 16-Hydroxytriptolide ve Tyrphostin AG-1478 ilaçları bu genlerin ifadesini tersine çevirme konusunda etkin bulunup potansiyel özgün ilaçlar olarak öne çıkmıştır. Ek olarak analizlerde ortaya çıkan Wortmannin, Parthenolide ve Vemurafenib ilaçları da potansiyel terapötikler olarak sunulmuştur. Bu çalışmanın bulguları yapılan biyoinformatik analizlerin ve yeni ortaya çıkacak hedefli tedavi opsiyonlarının önemini ve gelecek araştırmaların gerekliliğini ortaya koymaktadır.

Acute Myeloid Leukemia is a heterogeneous cancer that is characterized by clonal proliferation of the hematopoietic stem cells. This study aimed to propose new, novel drug candidates for the therapy of the AML and to determine the hub genes of the disease. In this context, 615 AML patients and 22 healthy individual data were obtained from the open-source database. 54,675 gene probes were investigated by differentially expressed gene analysis and survival analysis. 4 hub genes were determined from these differentially expressed survival related genes, and they are presented as CCT5, ZBTB16, APP and PTPN6. In addition to these recorded cells, data from previous survival analyses of differentially expressed genes were analyzed using the LINCS L1000LCS database with the original stored treatment re-recorded for cut-off determination purposes, and both differentially expressed and differentially expressed genes with reduced survival were analyzed separately. In terms of these two separate gene group inhibitions in common 16-Hydroxytriptolide and Tyrphostin AG-1478 resulted as potential inhibitors for reversing the gene expressions. Additionally, the compounds which were determined by the analyses Wortmannin, Parthenolide and Vemurafenib were presented as potential therapeutics. The findings of this study underline the significance of bioinformatics analyses and the need for further studies.