Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Tez Koleksiyonu

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/11

Browse

Now showing 1 - 20 of 22

2d Oxide Dielectric Nanosheets Structured Nanofilms for Ultrathin, Flexible, Transparent Capacitor Fabrication and Biological Applications
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Küçükcan, Begümnur; Sağlam, Özge; Gördeşli̇ Duatepe, Fatma Pınar
Bu tezde, Dion-Jacobson (DJ) tipi KCa2NaNb4O13 katmanlı malzemeler katı hal yöntemi kullanılarak sentezlenmiştir. KCa2NaNb4O13 katmanlı malzemelerinin kimyasal pullandırma yöntemi ile 2.4 nm kalınlığında ve 3.5 µm yanal boyutlarında Ca2NaNb4O13 nanolevhaları içeren kolloidal solüsyonlar elde edilmiştir. Bu kolloidal solüsyonlar arasında TBA+:H+ oranı 1:16 olan solüsyon nanolevha üretimi için kullanılmıştır. Bu nanolevhalar, Langmuir-Blodgett (LB) kaplama yöntemi kullanılarak indiyum kalay-oksit – polietilen tereftalat (ITO-PET), Si, Ti/Au-Si, Ti/Au-cam ve ITO-cam alttaşları üzerine kaplanmıştır. Ek olarak, 10, 15 ve 20 katmanlı nanofilmler ITO-PET alttaşları üzerine kaplanmış ve optik litografi tekniği kullanılarak desenlenmiştir. Bu desenler, 75 nm kalınlığında ITO ile kaplanarak, 250 x 250 µm2' den 75 x 75 µm2' ye kadar değişen boyutlarda şeffaf ve esnek kapasitörler üretilmiştir. 10, 15 ve 20 katmanlı nanofilmlerini içeren kapasitörlerde, dielektrik katman sayısındaki artış, kaçak akım değerlerini azalttığı gözlemlenmiştir. Ayrıca, Si, Ti/Au-Si, Ti/Au-cam ve ITO-cam alttaşları üzerindeki nanofilmler, elektron demet litografisi (EBL) ile desenlenmiş ve 15/20 nm kalınlığında Ti/Au ile kaplanmıştır. Ti/Au-Si, Ti/Au-cam ve ITO-cam alttaşlar üzerinde de 20 x 20 µm2' den 250 x 250 nm2' ye kadar değişen boyutlarda Ti/Au elektrotlar da üretilmiştir. C-AFM ölçümleri ile bu elektrotların I-V analizleri yapılmıştır. Öte yandan, Ca2NaNb4O13 nanolevhaları ile üretilmiş nanofilmlerin Si ve ITO-PET alttaşları üzerindeki polar ve apolar yüzey gerilimleri, adezyon çalışmaları, yüzey termodinamiği temelli matematiksel modelleme ile hesaplanmıştır. Böylece, nanofilm ile ITO-PET arasındaki artan polar bağlanma, suda daha güçlü bir adezyona sebep olduğu tespit edilmiştir. Hem kaplanmamış hem de nanofilm kaplanmış Si ve ITO-PET alttaşlar üzerindeki bakteriyel biyofilm oluşumu, kristal viyole (CV) boyama yöntemi ile analiz edilmiştir.
2d Perovskite Nanosheets for Multifunctional Device Fabrication and Biological Applications
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Günay, Bensu; Sağlam, Özge; Karagonlar, Zeynep Fırtına
Bu tezin amaçları, frekans yükseltme özelliğine sahip nanolevhalar kullanılarak yapılandırılmış çok işlevli bir cihaz tasarımı ve biyolojik uygulamalar için iki boyutlu nanolevhaların biyouyumluluğunun araştırılmasıdır. K2Ln2Ti3O10 yapıda katmanlı perovskitler frekans yükseltme ile kırmızı ışıma elde edebilmek için farklı sitokiyometrik oranlarda Tm3+/Er3+ iyonları ile katkılandırılarak sentezlenmiştir. 2.5% Tm3+-20% Er3+ ile katkılı katmanlı malzemenin yanal boyutu 300 nm ile 2.5 µm arasında elde edilmiştir. Nanolevhaların kalınlığı 2-3 nm arasında belirlenmiştir ve tek nanolevhaların başarılı bir şekilde elde edildiği gösterilmiştir. Frekans yükseltme özelliğine sahip Tm3+/Yb3+ ve Er3+/Yb3+ ile katkılı nanolevhalar katman-katman tekniği ile 20 kez kaplanmıştır ve hazırlanan filmler sırasıyla 1G4 ›3H6 geçişi ile mavi ışıma ve 4S3/2›4I15/2 ve 2H11/2›4I15/2 geçişleri ile yeşil ışımalar göstermiştir. Öte yandan, Tm3+/Er3+ ortak katkılı nanolevha yapılı filmler, frekans yükseltme işlemi sırasında kırmızı ve yeşil emisyon sergilemiştir. Er3+/Yb3+ ortak katkılı nanolevhaların biriktirilmiş filmleri durumunda, yeşil ve kırmızı frekans yükseltme emisyonlarında iki foton süreçleri yer almıştır. 60 katman ile üretilen filmler ayrıca üç farklı nanolevhalar kullanılarak hazırlanmıştır. Film oluştururken nanolevhaların kombinasyonu CIE diagramında beyaz emisyon sergilemiştir. Ayrıca nanolevhaların sitotoksisitesi HepG2 ve HEK 293 hücre hatları kullanılarak analiz edilmiştir. HEK 293 hücre hattı için Tm3+/Er3+ katkılı katmanlı malzemenin toksisitesi %45,7 iken, nanolevhaların toksisitesi %73,6 olarak belirlenmiştir.
Analysis of Drug Resistance of Hepatocellular Carcinoma (hcc) Cells in 3d Multicellular Spheroid Model
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Sarıyar, Ece; Karagonlar, Zeynep Fırtına
Karaciğer kanseri dünya çapında en sık görülen dördüncü kanserdir ve kansere bağlı ölümlerde altıncı sırada yer almaktadır. Sadece %10-15'i cerrahi rezeksiyona uygundur. Hepatoselüler karsinoma (HSK), local tedavilere ve kemoterapiye karşı direnci arttırdığı için sağkalım oranı düşüktür. İleri evre hastalar için uygulanan Sorafenib bir multikinaz inhibitörüdür ve FDA tarafından 2007 yılında onaylanmıştır. Ancak bu tedavi hasta sağkalım süresini sadece 3 ay uzatıp sorafenib tedavisi gören hastaların çoğunda sorafenibe karşı direnç geliştirmektedir. Başka bir multikinaz inhibitörü olan Regorafenib, Sorafenibe alternatif tedavi olarak bulunmuştur. Regorafenib, sorafenib tedavisi gören hastaların genel sağkalımını artırsa da, bu ilacın etkinliği hakkında sınırlı bilgi vardır. Ön çalışmalarımız, in vitro sorafenib direnci geliştiren hücrelerin de regorafenib direncinin arttığını göstermiştir. Bu nedenle, ileri evre HSK hastaları için sorafenib direncini azaltan ve/veya sorafenib direnci gelişen hücrelerin, regorafenib yanıtını artıran yeni mekanizmaların teşhisi büyük önem taşımaktadır. İlaç çalışmaları için, üç boyutlu (3B) hücre kültürü, tümörün çok boyutlu özelliklerini taklit edip, hücre morfolojisini, çoğalmasını ve ilaç direncini daha iyi yansıtmaktadır. Bu tez kapsamında karaciğer kanseri hücrelerini hepatik stellat hücreler ve makrofajlar ile beraber ko-kültür edilebildiği asılı damla yöntemi ile 3 boyutlu tümör sferoidleri oluşturulması amaçlanmıştır. Bu tezde elde edilen sonuçlar, HSK'daki tümörleri taklit edebilen 3 boyutlu kültür modellerinin geliştirilmesine katkıda bulunmuştur ve sorafenib dirençli tümörlerin regorafenib tedavisi hakkında yeni bilgiler açığa çıkartmıştır. Bu çalışma TÜBİTAK tarafından desteklenmiştir (Proje No: SBAG 118S542).
Comprehensive Mapping of the Genomic Evolution in Human Fibroblasts Reaching Replicative Senescence
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Duymaz, Eli̇f; Yandim, Ci̇hangi̇r
Vücut yaşlanması, hücresel yaşlanmanın (senesens) toplam ve kaçınılmaz sonucudur. Hücreler bölündükçe, kromozom uçlarındaki tekrarlayan telomer dizileri kısalmakta, DNA hasar tepkisi tetiklenerek hücre döngüsü bozulmakta ve replikatif yaşlanmaya neden olmaktadır. Bununla birlikte, son zamanlarda yayınlanan literatür çalışmaları, bu tür mekanizmaların telomerik olmayan bölgelerden de kaynaklanabileceğini öne sürmektedir. Buna rağmen, bu ek bölgelerin konumları ve dizileri henüz aydınlatılamamıştır. Bu tez, doğal replikatif yaşlanmaya ulaştıkça küçük ölçekli genomik evrimin kapsamlı bir haritasını sağlayarak bu bölgeleri tespit etmeyi amaçlamaktadır. Bu amaçla; genç, senesens öncesi ve senesense ulaşan insan fibroblastlarına tüm genom dizileme işlemi yapıldı. Sonuçta elde edilen veriler de novo tekrar motiflerinin ortaya çıkması, kısa ardışık tekrar genişlemeleri/daralmaları, transpozon atlamaları, indel mutasyonları, tek nükleotid değişimleri ve tekrar öğelerinin sayısındaki değişikliklerin belirlendiği son teknoloji biyoenformatik araçlarıyla analiz edildi. Şaşırtıcı bir şekilde, bu değişikliklerden herhangi birini gösteren tüm genler, gen ontolojisi analizine tabi tutulduğunda; diyabet, depresyon ve sirkadiyen ritimleri gibi yaşla ilişkili birçok biyolojik fenotip için önemli bir zenginleşme gösterdi. Bu sonuçlar, spontan mutasyonların yaşlanan genomda tamamen rastgele birikmediğini ve yaşlanma sürecinde bilinen yaşa bağlı fenotiplere karşı bir eğilim gösterdiğini işaret etmektedir. Bu sonuç, iyi bilinen gen ifadesi değişikliklerine ek olarak; DNA mutasyonlarının da yaşlanmanın önde gelen nedenlerinden biri olabileceği olasılığını ortaya koymaktadır. Bu tez araştırması TUBİTAK 3501 programı tarafından desteklenmiştir (Proje Numarası: 219Z371).
Development of G-Quadruplex Assisted Hybridization Chain Reaction System
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Kanat, Beyza; Doluca, Osman
Hibridizasyon zincir reaksiyonu (HCR) nükleik asitlerin teşhisi için kullanılan ve enzim gerektirmeyen bir tekniktir. Bu teknikte hedef molekül olan DNA veya RNA ile hibridizasyon kaskadı başlatılır ve ortamda bulunan hairpin sekansları arasında "toehold mediated strand displacement" aracılığı ile gerçekleştirilir. Sonuçta amaç sinyal amplifikasyonunu gerçekleştirmektir. HCR metodu PCR (polimerizasyon zincir reaksiyonu) metoduna alternatif olarak düşünülse de halen daha ölçüm hassasiyetinin düşük olması yeni tasarımlar yapılmasına yönlendirmiştir. Bu tezde de yeni bir HCR tasarımı ile ilgili çalışma gerçekleştirilmiştir. G-quadrupleks denilen alternatif DNA yapılarının yardımı ile floresan etiketleme tekniklerinin de kullanılması sonucunda yeni bir HCR mekanizması geliştirilmiştir. Bu tasarımda teşhis limitinin düşük olması ve ölçüm hassasiyetinin yüksek olması amaçlanmıştır. Bu tezde açıklanan HCR sistemi 20 pM kadar düşük konsantrasyon seviyesinde nükleik asit teşhisi için G-quadrupleks ve floresan etiketlemeyi birlikte kullanmıştır. Bu çalışmada kullanılan Amplex Red (™)'in floresan artışını sağladığı ve teşhis limitini 10 kat düşürdüğü sonucuna ulaşılmakta ve bu tezde açıklanmaktadır.
Development of Poly(lactic Acid) Films Incorporated With Almond Skin Extract
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Tabakoğlu, Sahranur; Yüzay, Işınay Ebru
Bu tezde, doğal kaynaklı bir ekstrakt kullanılarak fonksiyonel bir kompozit polimer film geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla doğal bir antioksidan kaynağı olarak badem zarı kullanılmıştır. Badem zarından antioksidan özellik gösteren polifenolik bileşiklerin ekstraksiyonu yapılmıştır. Polimer matrisi için ise doğal hammaddeden üretilen ve biyolojik olarak parçalanabilen poli(laktik asit) kullanılmıştır. Hazırlanan badem zarı ekstraktı (BZE) PLA çözeltisine eklendi ve PLA-BZE film örnekleri hazırlamak için ağırlıkça %1.8, 3.2, ve 4.6 olmak üzere üç farklı ekstrakt konsantrasyonu kullanıldı. Filmleri oluşturmak için solvent döküm yöntemi kullanıldı.PLA-BZE film örneklerinin oluşturulmasından sonra yapısal, gaz bariyeri, termal, mekanik, optik, yüzey morfolojisi özellikleri ve antioksidan aktiviteleri analiz edildi. BZE ilavesi, ekstrakt miktarından bağımsız olarak filmlerin oksijen geçirgenliğini düşürürken, su buharı geçirgenliği özelliğinde ekstrakt miktarıyla ilişkili olarak bir artışa neden olmuştur. Ek olarak, saf PLA (BZE ilavesiz) filminin ultraviyole-görünür ışık bariyeri, badem zarı ekstresinin eklenmesiyle önemli ölçüde iyileştirildi. Diferansiyel taramalı kalorimetri (DSC) sonuçları, badem zarı ekstresinin kompozit filmlerin termal geçiş noktalarını etkilemediğini gösterdi. Mekanik özelliklerde ise badem zarı ekstresi miktarına bağlı olarak bir azalma gözlenmiştir. Filmlerin antioksidan aktivitesini araştırmak için DPPH radikal yakalayıcı aktivite (RSA) analizi yapıldı ve anlamlı ölçüde RSA gözlemlendi. Tüm sonuçlar göz önünde bulundurulduğunda, fonksiyel gıda ambalaj uygulamaları için umut veren fonksiyonel kompozit polimer filmler geliştirilmiştir.
Effect of Dna G-Quadruplex Structures (g4) on Prokaryotic Gene Expression
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Gürz, Erokay; Doluca, Osman
DNA G-dörtlüleri (G4s), birkaç nükleotid aralıklı dört ardışık guanin tract'i içeren bir motife sahip olan ve Hoogsteen bağı ile bağlı üst üste dört guanin tetrad oluşturan 4 iplikli ikincil DNA yapılarıdır. G-dörtlüleri, birçok organizmada önemli genomik bölgelerde bulunurlar ve moleküler yapıları ve hücredeki işlevsel rolleri açısından kapsamlı olarak araştırılmışlardır. Grubumuz tarafından E. coli genomunda hem G4 hem de hairpin yapıları oluşturabilen, bunlar arasında geçiş yapabilen ve gen ifadesi üzerinde düzenleyici rolü olduğu varsayılan bir G4 motifi tanımlanmıştır. Gen ifadesinin işlevsel etkileri belirli G4 yapıları için çok değişken olabileceğinden, bu G4'ün gen düzenlemesi üzerindeki rolünü araştırmayı amaçladık. GFP raportör gen yapısının promotör bölgesine G4'ün varyantlarını ekledik, vektörü E. coli'ye transforme ettik ve floresan spektroskopisi ile gen ifadesini ölçtük. Ayrıca, gen ekspresyonu üzerindeki etkilerini daha kapsamlı bir şekilde araştırmak için hücreleri G4 yapısını stabilize ettiği bilinen ligandlar olan LiCl ve TMPyP4 ile muamele ettik. Gen ekspresyonunu etkileyen değişebilen anahtar mekanizmasında G4 yapısının hairpinden daha etkili olduğunu bulduk. Varyant grupları arasında, LiCl uygulaması genel ekspresyon modelini değiştirmedi ve TMPyP4 uygulaması, zayıflatma özelliği veya diziye özgü öngörülemeyen DNA ikincil yapısı etkileşimi ile ilgili olabilecek tutarsız bir model verdi. Bu sonuçlar, bu değişebilen G4'ler tarafından E. coli'deki gen ekspresyon mekanizmasının düzenlenmesinin anlaşılmasına olanak tanımaktadır.
Enhancing the G4-Catchall Algorithm Through Detection of Secondary Structures Within Extreme Loops
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Sönmez, Berçi̇n; Doluca, Osman
G-dörtlü yapılar, tek sarmallı guanin (G) açısından zengin DNA ve RNA dizileri gibi kanonik olmayan, telomerik nükleik asitler tarafından oluşturulan yüksek dereceli yapılardır. G-dörtlü gruplar, guanin bakımından zengin dizilerden ortaya çıkan bir kanonik olmayan nükleik asit yapıları sınıfını temsil eder. DNA ve RNA'da G-dörtlü oluşturan dizileri tahmin etmek için birçok algoritma geliştirilmiştir. Beklenti, DNA ve RNA'daki G-dörtlü dizilerini tahmin etmek için G4-CATCHALL algoritmasının geliştirilmiş bir sürümünün oluşturulabilmesidir. Potansiyel G-dörtlüleri içerdiği bilinen aşırı döngülerdeki ikincil yapıların tespitini entegre etmek ve tahminin doğruluğunu artırmak için genişletilmiş bir parametre seti kullanmak amaçlanmaktadır. Geliştirilen algoritmanın performansının hem sentetik hem de deneysel veri setlerinde değerlendirilmesi ve orijinal G4-CATCHALL algoritmasına katkı sağlaması beklenmektedir. İyileştirilmiş algoritmanın performansının hem sentetik hem de deneysel veri kümeleri üzerinde değerlendirilmesi, orijinal G4-CATCHALL algoritmasına katkıda bulunmak ve potansiyel terapötik uygulamaları daha anlaşılır kılmak için önemli olan potansiyel G-dörtlü oluşturma dizilerini belirlemede değerli bir araç olması bekleniyor.
Evaluation of Microbial Growth Parameters and Environmental Impacts of Microalgal Bio-Facade Modular Systems
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Teki̇n, Zehranur; Güngörmüşler, Mi̇ne
Bu yüksek lisans tezi, mikroalgal biyo-cephe modüler sistemlerinin biyomühendislik ve çevresel sürdürülebilirlikteki potansiyelini araştırmaktadır. Çalışma, bina cephelerinde mikroalg yetiştiriciliği için fotobiyoreaktör sistemlerinin optimize edilmesiyle ilgili zorlukların ve fırsatların değerlendirilmesine odaklanmaktadır. Hızlı büyüme oranları, farklı ortamlara uyum sağlama, yüksek lipit içeriği ve karbondioksit yakalama ve oksijen üretmedeki rolleri de dahil olmak üzere mikroalglerin benzersiz büyüme özellikleri vurgulanmaktadır. Araştırma, mikroalglerin bina cephelerine entegre edilmesinin çevresel ve ekonomik faydalarını değerlendirip, bunların kentsel binaların görsel ve çevresel çekiciliğine katkıda bulunma potansiyellerini açıklamaktadır. Tez ayrıca çevresel etkileri en aza indirirken büyümeyi ve üretkenliği en üst düzeye çıkarmak için fotobiyoreaktör sistemleri için tasarım yönergeleri de önermektedir. Genel olarak bu araştırma, Avrupa Yeşil Anlaşması hedefleri kapsamında çevresel sürdürülebilirlik ve karbondan arındırma hedefleriyle uyumlu olarak biyomühendislikte sürdürülebilir ve çevre dostu çözümlerin geliştirilmesine katkıda bulunmayı amaçlamaktadır.
In Silico Target Determination and Identification of Novel Agents Against Chemoresistant Acute Lymphoblastic Leukemia
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Özay, Başak; Ki̇raz Durmaz, Yağmur
Akut lenfoblastik lösemi, lenfosit kökenli bir malignitedir. Hayatta kalma oranı yüksek olmasına rağmen nüks ve ilaca direnç tedavide engel teşkil etmektedir. Bu nedenle, kemoterapi ilaçlarına karşı direnç ile ilişkili yeni genlerin tanımlanması ve bu direncin üstesinden gelebilecek olası inhibitörlerin belirlenmesi hayati önem taşımaktadır. Bu çalışma, asparaginaz, prednizolon, daunorubisin ve vinkristin dirençli ve hassas ALL hastalarının gen ekspresyon verilerini içeren GEO veri seti GSE635'in yanı sıra, onbir sağlıklı bireyin ekspresyon verilerini içeren GSE22529'u ve doğrulama seti olarak GSE19143'ü kullanmıştır. RMA normalizasyonu ve LIMMA kullanılarak dosyalar diferansiyel olarak eksprese edilen genler açısından analiz edilmiştir ve bu analizden seçilen iki protein, moleküler yerleştirme işleminden geçirildikten sonra bulunan olası inhibitörlerin GROMACS üzerinde moleküler dinamik simülasyonları yapılmıştır. Bunun sonucunda 1294 tane ekspresyonu anlamlı derecede artmış gen ve 25 merkez gen bulunmakla birlikte, 12 gen dört dirençli tipte ortak çıkmıştır. KEGG yolakları arasında PI3K-Akt ve kanserdeki yolaklarda önemli ölçüde zenginleşmiş gen olduğu görülmüştür. 3556 küçük molekülün iki proteine karşı taranması ve düşük bağlanma enerjili moleküllerin ADMET analizi ile incelenmesinin ardından üç inhibitör adayı ortaya çıkmıştır. Proteinlerden birine karşı MD analizi bağlanma bulgularını doğrulamak için kullanmış ve Eltrombopag'ın daha iyi bir inhibitör olma potansiyeli olduğunu göstermiştir. Ek olarak, Ph+ ALL hücresi SUP-B15 ve Ph- ALL hücresi Jurkat üzerin yapılan sitotoksik analizler benzer etkiler göstermiş ve ayrıca HUVEC hücreleri üzerinde yapılan analizler, ilaçların sağlıklı hücreler üzerinde önemli ölçüde daha az anti-proliferatif etkiye sahip olduğunu ortaya çıkarmıştır. Bu çalışma, kemorezistan ALL için potansiyel ortak hedef genleri ortaya çıkarmakta ve ilacın yeniden kullanılması yoluyla üç potansiyel inhibitör önermektedir.
Increasing Treatment Efficacy by Drug Repositioning in Acute Lymphoblastic Leukemia
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Tükel, Ezgi̇ Yağmur; Durmaz, Yağmur Ki̇raz
Akut lenfoblastik lösemi (ALL), hastalığın ilerlemesine katkıda bulunan çeşitli genetik anormalliklerle işaretlenmiş, önemli ölçüde heterojenliği ile tanınmaktadır. Baskın alt tip olan Philadelphia pozitif ALL (Ph+ ALL), BCR/ABL translokasyonu ile karakterize olup hastalığı yüksek riskli ve agresif hale getirir. İmatinib mesilat, tirozin kinaz inhibitörü (TKI) olarak, Ph+ ALL'nin tedavisinde etkili olmuştur. Fakat, dikkate değer etkisine rağmen, sürdürülebilir terapötik başarıya ulaşması, TKI direncinin ortaya çıkması nedeniyle zorlaşmaktadır. Bu nedenle, ALL tedavisi için alternatif sunabilecek hedeflerin belirlenmesi konusunda acil bir ihtiyaç bulunmaktadır. Bu tez, ilaçların yeniden konumlandırılması yoluyla yenilikçi ve etkili bir tedavi stratejisi önermeyi amaçlamaktadır. Çalışma, hastalık ilerlemesi ile ilişkilendirilen DEG'leri belirlemek amacıyla ALL ve Ph (+) ALL ile ilgili transkriptom veri setlerinin kapsamlı bir analizini içermektedir. Araştırma ALL için Maytansin ve İzoprenalin, Ph(+) ALL için Glipizid ve Desipramin'in terapötik müdahale için potansiyel adaylar olduğu belirlenmiştir. Seçilen ilaçların hem ALL (Jurkat) hem de Ph(+) ALL (SUP-B15) hücre hatları üzerindeki in vitro sitotoksik etkilerini doğrulamak için MTT ve Trypan blue deneyleri yapılmıştır. Ayrıca sitotoksik aktiviteye sahip olduğu belirlenen ilaçların hücreler üzerindeki apoptotik etkileri Annexin/FITC ikili boyama yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Bununla birlikte, Imatinib dirençli SUP-B15/R hücrelerinde Imatinib direncinin Desipramin ve Glipizid'in sitotoksik ve apoptotik aktiviteleri üzerineki etkisi belirlenmiştir. Deney sonuçlarına göre, belirlenen tüm ilaçların hücreler üzerinde sitotoksik ve apoptotik etkiler gösterdiği görülmüştür. Ayrıca, hem SUP-B15 hem de SUP-B15/R hücrelerinde İmatinib ile sinerjik dozlar elde edilmiştir. Sonuç olarak, sitotoksik ve apoptotik etkileri belirlenen yeniden konumlandırılmış ilaçların, hem Ph (-) ALL hem de Ph (+) ALL hastalarında tedavi etkinliğini artırarak sağkalım oranını artırma yolunu açabileceği düşünülmektedir.
An Investigation on the Optimized Production of a Microalgae-Based Biopolymer Using a Novel Media Composition for Chlorella Vulgaris
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Al-hammadi, Mohammed Saad Abdullah; Güngörmüşler, Mine
Üre ile ticari NPK gübresi içeren yeni bir kültür ortamı başarıyla yapıldı ve Chlorella vulgaris için optimize edildi ve mikroalg gelişimi için iyi bir potansiyel gösterdi ve elde edilen biyokütlenin maksimum ağırlığı 280 mg/L idi. Ayrıca, elde edilen biyokütle, 50 ml kültür ortamı için %92,9 ∓ 1,322 hasat verimliliğine sahip sentezlenmiş manyetik parçacıklar kullanılarak santrifüjleme ve modifiye edilmiş bir yöntemle başarılı bir şekilde toplandı ve daha sonra geri dönüştürülerek biyoplastik üretiminde kullanıldı. PLA tozu Chlorella vulgaris biyokütlesi ile solvent-döküm yönteminde karıştırılmış ve ilk kez 105°C'de PLA ile Chlorella vulgaris biyokütlesi için iki aşamalı tavlama işlemi uygulanmış ve tavlama işlemi yapılmayan bir yöntemle kıyaslanmıştır. Sonuçlar, çekme dayanımının iyileştiğini ve maksimum ortalamanın 15.646 ±1.631 MPa olduğunu gösterdi ve bu, bildiğimiz kadarıyla, solvent döküm yönteminde PLA ile birlikte Chlorella vulgaris kullanılarak elde edilen en yüksek dayanımdır. Ayrıca deniz suyunda biyolojik bozunma gözlenmiş ve üretilen polimer deniz suyunda önemli ölçüde bozunmuştur.
Investigation the Functions of Novel G-Quadruplex Structures in E. Coli Genome
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Portakal, Hüseyin Saygın; Doluca, Osman
G-dörtlüleri nükleik asit moleküllerinin özel üçüncül yapılardan biri olup kanonik olmayan topolojilerdir. Yıllar boyunca birçok organizmadaki G-dörtlülerinin biyolojik rolleri incelenmiş ve ortaya çıkarılmıştır. Özellikle insan genomunun düzenleyici bölgelerinde bulunması G-dörtlülerinin düzenleyici rollerini ve hücre metabolizmasındaki önemini göstermektedir. Escherichia coli (E. coli) proteomik ve genomik yapılarının detaylıca ortaya çıkarılması ile laboratuvar uygulamalarında model organizma haline gelerek günümüzde en popüler bakteriyel organizmalardan birisidir. Bu zamana kadar E. coli genomunda çeşitli genlerin yakınında bulunan 52 G-dörtlüsü oluşturan sekans hesaplama araçları ile analiz edilmiştir. Ancak biyolojik fonksiyonları henüz keşfedilmemiştir. Bu bağlamda bu çalışmada G-dörtlülerinin biyolojik rolleri G-dörtlüsüne bağlanan proteinlerin MALDI-TOF-TOF tekniği ve CRISPR/Cas9 tekniğiyle G-dörtlüsü nakavtının civarındaki genlerin ekspresyon seviyesine olan etkisinin araştırılmasıyla incelenmiştir. MALDI-TOF-TOF sonuçları uyumlu moleküler ağırlıkları ve eşleşme skorları göz önünde bulundurularak asetaldehit alkol dehidrogenaz (adh) ve DNA bağımlı RNA polimeraz beta altbirimi olarak iki farklı proteinin G-dörtlüsüne bağlanan protein olmak üzere yüksek olasılığa sahip olduğunu göstermiştir. Bu doğrultuda G-dörtlülerinin alkol fermentasyonu işleminde ve yakın genlerin transkripsiyonunda rol oynadığı tahmin edilmektedir. Ancak maalesef ki bu çalışma doğrultusunda geliştirilen ve G-dörtlülerinin yüksek stabilite sahip olmasından dolayı G-dörtlülerini düzenleyemeyen CRISPR/Cas9 yaklaşımının iyileştirilmesi gerekmektedir. G-dörtlülerinin biyolojik fonksiyonlarının ortaya çıkarılması bakteri metabolizmasındaki önemine ışık tutacak ve gelecek çalışmalar için bir mihenk taşı olacaktır.
Life Cycle Assessment of Maternity Products: a Bioengineering Approach
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Aksoy, İrem; Üçtuğ, Fehmi̇ Görkem
Yaşam döngüsü değerlendirmesi, süreçlerin veya ürünlerin potansiyel çevresel etkilerini ele alan analizdir. Çeşitli yönleriyle bir tür sürdürülebilirlik değerlendirme aracıdır. Yaşam döngüsü değerlendirmesinin yapılabilmesi için yaşam döngüsü değerlendirmesi ile ilgili standartlar olan ISO 14040 ve ISO 14044'e uyulması gerekmektedir. Bu çalışmada, bir tıbbi cihaz üreticisi tarafından üretilen anne-bebek ürünlerinin karşılaştırmalı yaşam döngüsü değerlendirmesini tamamlayarak olası çevresel etkilerini belirlemek amaçlanmıştır. Çalışmanın tamamlanabilmesi için amaçlanan yaşam döngüsü değerlendirmesi için gereken veriler direkt üretici firmadan sağlanmıştır. Bu veriler CCalC2 yaşam döngüsü değerlendirmesi karbon ayakizi yazılım aracı kullanılarak analiz edilmiştir. Karşılaştırmalı yaşam döngüsü değerlendirmesinin çıktısı olarak, aynı işlevlere sahip iki ürünün (alkalin pil ile çalışan göğüs pompası, şarj edilebilir batarya ile çalışan göğüs pompası) potansiyel çevresel etkileri değerlendirilmiştir. Literatüre göre, daha önce anne-bebek ürünlerinin yaşam döngüsü değerlendirmesi ile ilgili benzer bir çalışma olmadığı için, bu çalışmanın sonucunda bu ürünlerin karbon ayakizi gibi potansiyel çevresel etkileri yol gösterici olacaktır. Bu çalışma sonucunda toplam karbon ayak izi skoru ve diğer çevresel etki skorlarının en çok hammaddelerden kaynaklandığı tespit edilmiştir. Değerlendirme sonunda, biyo-bazlı plastiklerin toplam karbon ayak izi üzerindeki etkisi analiz edildi. Ham petrolden yapılan plastikler yerine biyo-bazlı plastiklerin kullanılmasının genel karbon ayak izi puanlarını azalttığı doğrulandı.
Molecular Mechanisms of Adhesion of Planktonic and Biofilm-Dispersed Escherichia Coli Cells To Silicon Nitride Investigated by Atomic Force Microscope
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Ördek, Ayşe; Duatepe, Fatma Pınar Gördesli
Nitrik oksit verici sodyum nitroprusit (SNP) kullanarak, c-di GMP yolaklarının hedeflenmesi ve böylece biyofilm dağılımının sağlanması biyofilmlerle mücadelede yaygın olarak kullanılan bir stratejidir. Ancak son araştırmalar biyofilm dağıldıktan sonra planktonik moda girdiği düşünülen bakterilerin aslında planktonik muadillerinden farklı özelliklere sahip olduğunu ve daha öldürücü olduğunu göstermiştir. Bu durum, biyofilmden dağılmış hücrelerin yüzeylere adezyonunu ve yeni biyofilmlere dönüşmesini kontrol etmek için geliştirilmiş stratejilere ihtiyaç olduğunu göstermektedir. Ancak planktonik hücrelere kıyasla biyofilmden dağılmış hücrelerin moleküler adezyon özellikleri hakkında çok az bilgi bulunmaktadır. Bu çalışmada, planktonik ve biyofilmden dağılmış E. coli hücrelerinin (kesikli ve sürekli sistem biyofilmlerine eklenen farklı SNP konsantrasyonunun fonksiyonları olarak) moleküler adezyonları arasındaki farkları ortaya çıkarmak amacıyla su içinde model silikon nitrat yüzeylerine uyguladıkları adezyon kuvvetleri atomik kuvvet mikroskobu (AKM) ile ölçülmüştür. Ek olarak, bakteri boyutları ve yüzey biyopolimerlerinin uzunlukları da belirlenmiştir. Yüksek değerlerdeki bakteri boyutları, adezyon kuvvetleri ve AKM verilerindeki heterojenlik, yüksek değerdeki hücre içi c-di GMP miktarlarıyla korelasyon göstermiştir. Özellikle 0.5 µM ve 2.5 mM (toksik) konsantrasyonlarda SNP kullanımının biyofilmden dağılmış hücrelerin moleküler adezyonunda ve c-di GMP miktarlarında önemli artışlara neden olduğu görülmüştür.Biyofilm dağılımında c-di GMP'nin rolü göz önüne alındığında, c-di GMP kaynaklı biyofilmden dağılmış hücrelerin moleküler adezyon mekanizmalarının araştırılması, literatürdeki boşlukların giderilmesine ve biyofilmle mücadele yöntemlerinin geliştirilmesine katkı sağlayacaktır.
A New Technique for Nanolithography Using Electrohydrodynamic Method and Argon Ion Etching Process
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Döğer, Hilal; Sağlam, Özge
Mikro ve nano yapı gerektiren cihazlar için çeşitli litografi teknikleri kullanılmaktadır. Günümüzde kullanılan litografi yöntemlerinde çok aşamalı prosesler veya yüksek maliyet sorunlarıyla karşılaşılabilmektedir. Çeşitli polimerlerden elde edilebilen ve yüksek elastikiyete sahip olan nanofiberler, cihaz geliştirmede sıklıkla kullanılmaktadır. Elektroeğirme yöntemi, nanofiberlerin istenilen kompozisyon ve çapta üretilebilmesi ve yakın mesafede kontrol edilerek desenlenebilmeleri nedeniyle, araştırmacılar tarafından sıklıkla tercih edilmektedir. Bu tezin amacı, elektrohidrodinamik yöntem ile üretilen nanofiberler ve argon iyon aşındırma işlemini kullanarak yeni bir tür nanolitografi tekniği geliştirmektir. İlk aşamada nanofiberler, termal buharlaştırma ile krom, gümüş ve altın ile kaplanmış silikon ve cam alttaşlar üzerine desenlendi. Sonrasında desenlenmiş yapılara sırasıyla argon iyon aşındırma ve polimer kaldırma işlemleri uygulanarak metalik desenler üretildi. Metalik desenlerin elektriksel karakterizasyonu, iki nokta ölçüm yöntemiyle gerçekleştirildi. Desenlerin morfolojisi, kaldırma işleminden önce ve sonra Atomik Kuvvet Mikroskobu ile elde edildi. Yapıların element analizi, Taramalı Elektron Mikroskobu-EDX ile yapıldı. Sistem parametrelerinin optimize edilmesiyle, nanofiberler ile alttaşlar üzerinde birbirine bağlı interdigitated yapıları içeren çeşitli metalik desenler başarılı bir şekilde üretildi. Sonuç olarak, nanofiberler önceki çalışmalarda kullanılmak için üretilirken, bu tezde nanofiberler bir araç olarak kullanılarak yeni bir nanolitografi yöntemi geliştirildi.
Optimization and Evaluation of the Process Parameters of Indigenous Cucumber Fermentation
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2022) Gül, Hazal; Güngörmüşler, Mine
Endüstriyel üretimde doğal ve katkısız fermantasyon işlemi sırasında mikrobiyal yük, yüksek işlem maliyeti, istenmeyen nihai ürün, organoleptik problemler gibi sorunlarla karşılaşılabilmektedir. Bu çalışmanın amacı, salatalık turşusu ürünü için ısıl işlem uygulanmadan endüstriyel olarak üretilebilir ve kabul edilebilir bir proses geliştirmektir. Salatalık turşusu örneklerine doğal bitki özleri (kekik, dereotu, defne yaprağı, biberiye, zencefil, fesleğen) uygulanarak turşuların fiziksel, kimyasal, organoleptik ve raf ömrü süreçleri Stat Ease® ile gözlemlenmiştir. One Factor at a Time ve Box Behnken methodları ile deneysel tasarım kullanılarak istatistiksel analizler tamamlanmıştır. Turşu örneklemelerinde 50 ppm ile 2000 ppm arasında farklı konsantrasyonlarda 6 adet bitki ekstraktı kullanılmıştır. Fiziksel ve duyusal özellikleri optimize etmek için istatistiksel analizlere göre en iyi 3 ekstrakta karar verilmiştir. Optimum ekstrakt ölçeğine karar vermek için 3 bitkisel ekstrakt (dereotu, kekik ve defne yaprağı) arasında Box Behnken Design methodu uygulanmıştır. Konserve gıdaların ısıl işlemleri yerine dereotu ve defne yaprağı ekstraktının kullanılmasının endüstriyel üretim için muadil bir proses ile uygulanabileceğine karar verilmiştir. Çalışma kapsamında 2019-2022 döneminde 2 farklı çalışma ile bu tez desteklenmiştir. Bu çalışmalar konserve ürünlerin doğal fermantasyon süreci ve karbon ayak izi analizi ile ilgili olup bu tezin temelini oluşturmaktadır.
Role of Growth Phase in Physiochemical Properties and Adhesion Capacities of Escherichia Coli and Bacillus Subtilis Cells at the Nano- and Macro- Scales
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2021) Aspar, Gamze Nur; Duatepe, Fatma Pınar Gördesli
Bakteriyel adezyon, üretimi bakteri büyüme fazına/zamanına bağlı olan bakteriyel yüzey biyopolimerlerinin fizyokimyasal özellikleri gibi birçok faktörden etkilenen karmaşık bir süreçtir. Bu tezde, farklı büyüme fazlarına/zamanlarına bağlı olarak meydana gelen Gram-negatif E. coli ve Gram-pozitif B. subtilis hücrelerinin yüzey fizyokimyasal özelliklerindeki değişikliklerin, bakteri hücrelerinin yüzeylere adezyon kapasitesini nasıl etkilediği nano- ve makro-ölçekte araştırılmıştır. Bakteri hücreleri ve silikon nitrat problar arasındaki nano ölçekli adezyon kuvvetleri ve enerjileri atomik kuvvet mikroskobu (AFM) ile su ve bir tampon solüsyonu altında ölçülmüştür. Su içerisindeki nano ölçekli adezyon kuvvetleri ve enerjileri deneyinden elde ettiğimiz sonuçlarımız, en yüksek adezyon kapasitesinin 4.5 saat büyütülen B. subtilis için ölçüldüğünü, E. coli için ise en yüksek adezyon kapasitesinin 6.5 saat büyütülen hücreler için ölçüldüğünü göstermiştir. Bununla birlikte, divalent katyonlar içeren tampon çözeltisindeki hücrelerin adezyon kapasitelerinin, su altındakine göre çok daha düşük olduğu AFM ölçümleri ile bulunmuştur. Makro-ölçekte termodinamik yaklaşım kullanılarak yapılan deneyler sonucunda elde edilen bakteriyel adezyon karşılaştırmaları, AFM kullanılarak nano-ölçekte elde edilen karşılaştırmalar ile doğrudan benzerlik göstermiştir. Termodinamik yaklaşım ayrıca hücre yüzeyinin hidrofobisite ve polarite gibi fizyokimyasal özellikleri hakkında da bilgi sağlamıştır. AFM sonuçları ile birleştirildiğinde, E. coli için lipopolisakkaritlerin (LPS'lerin) ve B. subtilis için hücre-duvarı ilişkili teikoik asitlerin (WTA'ların) hem nano hem de makro düzeylerde bakterilerin adezyonuna öncülük ettiği sonucuna varılmıştır. Bakterilerin bu negatif yüklü yüzey biyopolimerlerinin miktarı ve bunlarla ilişkili adezyon kapasiteleri, hücrelerin büyüme fazı/zamanı ile değişmiştir.
Structural and Affinity Analysis of Selex-Generated Aptamers and Optimization Through In-Silico Mutagenesis
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2024) Yeşi̇lyurt, Yağmur; Doluca, Osman
Bu tezin amacı, SELEX metodu ile üretilen aptamerlerin kapsamlı bir yapısal analizini gerçekleştirmek ve bu analize dayanarak, afinitesini artırmak için modifiye edilmiş bir aptamer oluşturmak amacıyla bir iş akışı tasarlamaktır. İlk olarak, biyoiformatik yazılımları ile bir aptamer dizisinden 2D ve 3D yapılar elde edilerek, aptamerlerin fiziksel yapıları detaylıca incelenmiştir. Moleküler yerleştirme yöntemi ve moleküler dinamik (MD) simülasyonları kullanılarak, aptamerin hedef molekülle etkileşimi analiz edilmiştir. Devamında, in-silico mutajen yoluyla elde edilen aptamerle hedef molekülün afinitesinin iyileştirilip iyileştirilemeyeceği araştırılmıştır. Hedef hormonuna karşı, aptamerin performansının iyileştirilmesi için moleküler etkileşimler analiz edilmiş ve bağlanma afinitesini artırabilecek mutasyonlar önerilmiştir. Çalışmada, literatürdeki alsager22 aptamerinin 2D ve 3D yapıları ve hedef hormonu olan östradiol ile bağlama bölgesi elde edilmiştir. Afinite analizi sonucunda, aptamerin östradiolle en iyi afinite göstermesine rağmen, hedef dışı hormonlar olan progesteron, testosteron, androstenedionla beklenmedik etkileşimleri saptanmıştır. 63 potansiyel mutant aptamer arasından seçilen mutant alsager22 ile yapılan ileri analizler, mutasyonun aptamerin genel yapısını ve hormon bağlanma bölgesini değiştirdiğini göstermiştir. Bu doğrultuda, güvenilir ve tekrarlanabilir bir süreç olmadığı için mutasyon ile daha iyi afinite elde edileceği genel kanısına varılamamıştır. Yine de ΔG değerleri karşılaştırıldığında çalışma boyunca en yüksek afinite, seçilen mutant aptamer ve östradiol ile gerçekleştirilen MD simülasyonunda gözlemlenmiştir. Bu bulgular, mutasyonla daha iyi afinite elde etme olasılığının varlığını, ancak çok fazla mutasyon olasılığı olduğu için kapsamlı bir işlem gücü gerektiğini ortaya koymaktadır.
Synoptic Mapping of Dna Damage in the Replicative Senescence of Human Fibroblasts
(İzmir Ekonomi Üniversitesi, 2023) Köse, Sila Naz; Yandım, Ci̇hangi̇r
Hücrenin doğal yaşlanmasıyla ilişkilendirilen replikatif senesans, büyüme duraklaması ve immün fenotiple ayırt edilir. Telomer kısalamasıyla DNA hasarı arasındaki güçlü bağlantı, senesansın temelinde tanınmış olsa da, çalışmalar, telomer uzunluğundan bağımsız olarak replikatif senesansın potansiyeline işaret etmektedir. Özellikle, replikatif senesans sırasında telomer dışında DNA hasarının biriktiği bildirilmiştir, ancak bu süreçte etkilenen belirli genomik bölgeler henüz belirsiz kalmaktadır. Bu tez, replikatif senesans sırasında endojen DNA hasarını haritalamayı ve DNA hasarına yatkın insan genomunun bölgelerini tanımayı amaçlamaktadır. Ana araştırma motivasyonu, hücresel yaşlanma sırasında muhtemelen mutasyona uğrayan genleri, düzenleyici elementleri ve tekrarlanan motifleri açığa çıkarmaktır. Fibroblast senesans modelinden yararlanarak, genç, erken yaşlı ve geç yaşlı hücrelerin moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. Bu süreci takiben, γ-H2AX DNA hasar belirteci ile kromatin immünopresipitasyonu ve yeni nesil dizileme yapılmıştır. Şaşırtıcı bir şekilde, γ-H2AX mekanizmalarının sadece telomerik bölgelerde değil, aynı zamanda gen zengin bölgelerde, düzenleyici elementlerde ve LINE, SINE ve çeşitli satelit dizileri gibi tekrarlanan DNA'lar içinde de görüldüğü gözlemlenmiştir. Bu, replikatif senesans sırasında meydana gelen endojen DNA hasarının sadece telomerlerle sınırlı olmadığını göstermektedir. Ayrıca, gen ontoloji analizi, etkilenen genlerin bağışıklık sistemi aktivasyonu, hücre ölümü, damarlaşma, diyabet ve kanserle ile ilgili olduğunu ortaya koymuştur. Bulgularımız, mutasyonların yaşlanan genomda rastgele birikmediğini, bunun yerine hücrelerin senesansa ilerlerken bilinen yaşa bağlı fenotiplere ve hastalıklara yönelik belirgin bir eğilim gösterebileceğini düşündürmektedir. Bu yeni bilgi, yaşlanma süreçlerinin anlaşılmasını zenginleştirmekte ve yaşla ilişkili hastalıklarda DNA hasarına yönelik müdahalelerin geliştirilmesine rehberlik edebilir. Bu tez, TÜBİTAK 3501 programından (Proje No: 219Z371) fon desteği almıştır.

Browse

Browsing Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Tez Koleksiyonu by Department "İEÜ, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyomühendislik Ana Bilim Dalı"