TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
16 results
Search Results
Article Real-World Practices in RAS Wild-Type Metastatic Colorectal Cancer Patients Treated with Targeted Agents in the First-Line a Nationwide Onco-Colon Turkey Registry(2026-01-24) Özçelik, Melike; Bilir, Cemil; Çiçin, Irfan; Geredeli, Caglayan; Bozkurt, Oktay; Çelik, Sinemis; Sakin, AbdullahAmaç: Anti-EGFR ajanlarının etkinliği metastatik kolorektal kanserde (mKRK) gösterilmiştir. Gerçek yaşam verileri, klinik çalışmaların dışında kalan hastalara ait bulguları ortaya koymak açısından özellikle önemlidir. Bu nedenle, RAS vahşi tip mKRK’li hastalarda gerçek yaşam verilerini araştırmayı amaçladık. Yöntemler: Ocak 2016 ile Nisan 2019 tarihleri arasında mKRK tanısı alan hastalara ait tıbbi kayıtlar 28 merkezden toplandı. Hastalar, birinci basamak biyolojik tedavilere göre anti-EGFR grubu (Grup A (panitumumab) ve B (setuksimab)) ve anti- VEGF grubu (Grup C) olarak karşılaştırıldı. Bulgular: Belgelenmiş RAS vahşi tip mKRK’li toplam 1064 hasta değerlendirildi. Bu hastaların sırasıyla %33’ü panitumu- mab, %37’si setuksimab ve %30’u birinci basamakta anti-VEGF içeren rejimlerle tedavi edildi. Genel yanıt oranı Grup A, B ve C’de sırasıyla %46,4, %41,9 ve %41,5 idi (p = 0,170). Medyan genel sağkalım (OS) Grup A, B ve C’de sırasıyla 26, 27 ve 23 ay olarak bulundu (p = 0,044). Panitumumab, setuksimab ve bevacizumab alan hastaların medyan progresyonsuz sağka- lımı (PFS) sırasıyla 11,6, 11,0 ve 9,6 ay idi (p = 0,012). Çok değişkenli analizde, performans durumu (PS) 0-1 ve BRAF vahşi tip durumu OS için bağımsız prognostik faktörler olarak; yalnızca BRAF vahşi tip durumu ise PFS için bağımsız prognostik faktör olarak bulundu (p<0,05). Sonuç: Bu gerçek yaşam verilerinin analizi, RAS vahşi tip mKRK’de anti-EGFR ajanlarının karşılaştırılabilir etkinliğini doğ- rulamaktadır. Ancak, bu hastalarda anti-EGFR tedavisi, anti-VEGF tedavisine kıyasla PFS ve OS avantajı sağlamaktadır. Ayrıca, BRAF vahşi tip tümörlere sahip hastalarda PFS ve OS daha iyi bulunmuştur.Article Primer Nöroendokrin Meme Karsinomu ve Nöroendokrin Difeeransiyasyonlu Meme Karsinomunun Radyolojik Özellikleri(2025) Koc, Ali Murat; Altın, Levent; Adibelli, Zehra Hilal; Özdemir, Özlem; Tunçez, Hülya Çetin; Çavdar, Demet Kocatepe; Zengel, BahaGiriş: Primer nöroendokrin meme karsinomu (NMK) ve nöroendokrin diferansiye meme kanseri (NDBC) meme kanserinin nadir görülen alt tipleridir. Amacımız bu heterojen tümör grubunun görüntüleme özelliklerini incelemek ve histopatolojik bulgularını tartışmaktır. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada hastanemiz veri kayıt arşivi taranarak 5 yıl içerisinde NMK ve NDBC tanısı alan hastalar incelendi. Ultrasonografi, mamografi ve dinamik manyetik rezonans görüntüleme (MRG) özellikleri Meme Görüntüleme Raporlama ve Veri Sistemi (BI- RADS) 5. sözlüğüne göre retrospektif olarak değerlendirildi. Östrojen reseptörü, progesteron reseptörü, Her2 ekspresyonu, ki67 oranı ve histolojik derece kaydedildi. Ki67 oranına göre radyolojik özellikler karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmaya 47 hastaya ait 51 lezyon (5/51 primer NMK, 46/51 NDBC) dahil edildi. NDBC grubunda en sık görülen histolojik tip %81 (37/46) oranında invaziv duktal karsinomdu. Ultrasonografide lezyonların %85,7'si düzensiz şekilli, %52,4'ü mikrolobüle ve %92,9'u cilde dik uzun eksenli idi. Hastaların %77,3'ünde (34/44) asimetri ve doku distorsiyonu görüldü. 79,5'inde mikrokalsifikasyon vardı. Mikrokalsifikasyon ile ki67 değeri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir korelasyon vardı. Mikrokalsifikasyonlu lezyonların çoğunda ki67 değeri %20'nin altındaydı (p=0,002). MRG'de lezyonların %83,3'ü hızlı kontrast tutulumu gösterirken, %56,3'ü yıkanma gösterdi. Difüzyon kısıtlaması %93,8 oranında gözlendi. Lezyonların %96'sında östrojen veya progesteron reseptörü pozitifti. Tartışma: NMK ve NDBC, radyolojik olarak düzensiz sınırlara sahip, uzun aksı cilde dik, heterojen kontrast tutulumu ve difüzyon kısıtlılığı gösteren kitleler olarak görülür. Histopatolojik olarak sıklıkla hormon pozitif ve Her2 negatiftirler. Bu konuda geniş hasta serileri ile prospektif çalışmalara ihtiyaç vardır.Article Yaşlı Hastalarda Mide Kanseri Cerrahisinin Perioperatif Sonuçlarının Değerlendirilmesi(2025-03-12) Sezer, Taylan Özgür; Ersin, Muhtar Sinan; Fırat, Özgür; Bozbiyik, Osman; Uc, Can; Girgin, TolgaAmaç: Mide kanseri dünyada en sık görülen beşinci kanserdir. Toplumun yaşlanmasıyla beraber ileri yaş grubunda da mide kanseri görülebilmektedir. Çalışmamızın amacı 80 yaş ve üstü hastalarda mide kanseri cerrahisinin erken dönem sonuçlarının değerlendirilmesidir. Gereç ve Yöntem: Ocak 2015 Haziran 2022 tarihleri arasında mide kanseri nedeniyle opere edilen 80 yaş ve üstü hastalar; klinik, histopatolojik ve erken dönem perioperatif sonuçlar retrospektif olarak değerlendirildi. Bulgular: Çalışmaya toplam 23 hasta dahil edildi. Hastaların yaş ortalaması 81.9 idi. Hastaların sekizi kadın 15’i erkekti. Üç hastaya neoadjuvant sistemik tedavi uygulanmış idi. On bir hastaya total gastrektomi, beş hastaya distal gastrektomi, yedi hastaya proksimal gastrektomi uygulandı. İlk 90 günde iki hastada (%8,69) eksitus, üç hastada (%13,04) morbidite gelişti. Sonuç: Yaşlı hasta grubu özel bir hasta grubudur. Tedavi süreci planlanırken hasta bazlı karar verilmelidir. Mümkünse medikal olarak fit hasta grubuna cerrahi rezeksiyon uygulanmalıdır.Article A Copula-Based Classification Using Agglomerated Feature Selection_Extraction: An Application in Cervical Cancer Diagnostic(Ankara University, Faculty of Science, 2025-09-23) Kochan, Necla; Sheikhi, AyyubThe use of gene-expression datasets has significantly enhanced our understanding of complex diseases such as cancer. The importance of the relationship between genes in analyzing such datasets has been highlighted, indicating their crucial role in diagnosing the disease accurately. In this study, we investigate the associated copulas between attributes to extract fundamental block-related components. Subsequently, we perform a classification algorithm based on these components to classify a labeled target variable. Specifically, examining the practical implications and effectiveness of our approach in real-world scenarios, we provide a novel illustrative application in cervical cancer classification.Article PSMB8 as a Novel Target for AML Therapy: Uncovering Synergistic Potential with PI3K Inhibitors(2025-03-25) Kiraz, Yağmur; Ateş, OnurAkut miyeloid lösemi (AML), progenitör kan hücrelerindeki genetik mutasyonlar nedeniyle hematopoetik kök hücrelerde meydana gelen düzensizliklerden kaynaklanan bir kemik iliği hastalığıdır. Bu mutasyonlar, malign klonal miyeloid kök hücrelerin kontrolsüz çoğalmasına yol açar. Miyeloid sarkomlar ve lösemi kutisi gibi ekstramedüller belirtiler ortaya çıkabilse de, temel sorun hematolojik hücre üretimindeki bozulmalardır. Yaşlı hastalarda tam remisyon oranı yüksek olmasına rağmen, önemli sayıda hasta üç yıl içinde nüks yaşamaktadır. Bu sorunun üstesinden gelmek için yeni hedeflerin belirlenmesi gerekmektedir. Önceki çalışmamızda, AML hastalarında PSMB8’in yüksek ekspresyon seviyeleri göstermesi ve düşük ekspresyon seviyelerine sahip hastalara kıyasla daha düşük sağkalım oranları ile ilişkilendirilmesi dikkatimizi çekmiştir. Daha önceki çalışmamızda, PSMB8 hedef alınarak sanal ilaç taramaları, ADMET analizi ve ardından Moleküler Dinamik (MD) simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalar sonucunda AML tedavisi için üç potansiyel ilaç adayı belirlenmiştir: Adozelesin, Fiduxosin ve Omipalisib. PI3K/mTOR inhibitörü olarak bilinen Omipalisib, AML gelişiminde PI3K/mTOR yolak proteinlerinin aşırı ekspresyon göstermesi nedeniyle sitotoksisite analizi için dikkatimizi çekmiştir. Sonraki aşamada, HL60 hücre hattında Omipalisib’in sitotoksisitesi, PSMB8 inhibitörü olan ONX-0914 ile karşılaştırılmıştır. Bu araştırma, PSMB8'in Akut Myeloid Lösemi için olası bir hedef olabileceğini ve potansiyel bir ilacın hedefli tedavi için kullanılabileceğini gösterdi.Article Citation - Scopus: 1Evaluation of Response to Treatment in Breast Cancer-Related Lymphedema(Turkish Society of Physical Medicine and Rehabilitation, 2024-10-31) Eyigor, Sibel; Çınar, Ece; Tanigor, Goksel; İnbat, Menekse Ozgur; Güvercin, Ezgi Yıldız; Kabayel, Sedef Çalışkan; Çalışkan Kabayel, Sedef; Yıldız Güvercin, EzgiObjectives: The primary objective of this study was to assess and compare the response to the breast cancer-related lymphedema (BCRL) treatment with Breast Cancer-Related Lymphedema of the Upper Extremity (CLUE) scores, bioimpedance spectroscopy (BIS), and the volume-assessments /measurements. The secondary objective of the study was to investigate whether CLUE played a role in the treatment response and to examine its correlation with the other measures of lymphedema. Patients and methods: Between January 2019 and June 2019, a total of 40 patients (2 males, 38 females; mean age: 57.8±12.5 years; range, 45 to 70 years) who were diagnosed with unilateral Stage 2-3 BCRL and underwent treatment were included. The patients’ upper extremity volumes were assessed and the patients were evaluated with the CLUE score, the Disabilities of the Arm, Shoulder, and Hand Outcome Measure (QuickDASH) score, BIS, and hand grip strength before and after the complete decongestive therapy. Results: Correlation analyses revealed that CLUE total score and BIS values were correlated with the reduction in the volumes (p=0.04 and p<0.001, respectively). The CLUE total score was also found to be positively correlated with the BIS values (p<0.001). Hand grip strength and QuickDASH scores were not found to be correlated with the changes in the volume and CLUE total scores. Conclusion: The development of a structured clinical assessment such as CLUE provides clinicians for a standardized evaluation for BCRL. The diagnosis of subclinical lymphedema can be detected earlier by using the BIS and CLUE scale and lymphedema comorbidity and treatment costs can be reduced.Article Prolonged Β-Hydroxybutyrate Ketosis Enhances Ponatinib Response of K562 Chronic Myeloid Leukaemia Cells(Dokuz Eylul Univ inst Health Sciences, 2025-01-31) Özkaya, Ali Burak; Geyik, Öykü Gönül; Malcanlı, SenanurPurpose: Ketosis is a metabolic state characterized by production of ketone bodies, including acetoacetate, β-hydroxybutyrate (BHB), and acetone, in response to reduced blood glucose levels. BHB stands out as the principal ketone body in nutritional ketosis which has diverse therapeutic implications for metabolic, nondegenerative and neoplastic disorders. In current study we investigated the impact of ketosis on chronic myeloid leukaemia (CML) cell viability and drug response. Materials and Methods: We investigated the impact of BHB-mediated ketosis on the viability of K562 cells, an in vitro model of CML, and explored the influence of BHB on the sensitivity of these cells to ponatinib, a multi-targeted tyrosine kinase inhibitor used in CML treatment. We used MTT assay to measure cell viability and Hoechst/PI assay to measure cell death. Results: Our findings reveal that BHB concentrations ranging from 1 mM to 5 mM, which fall within the physiological range of ketosis, elicit a minimal yet concentration-dependent reduction in cell viability. We also observed that while a 24-hour pre-treatment with BHB did not enhance the response of K562 cells to ponatinib, prolonged ketosis (4 days) improved response of cells to the drug by decreasing final cell viability from 25.15% to 13.12%. The primary mode of viability inhibition by ponatinib was cell death which was further intensified by exposure to prolonged ketosis. Conclusion: Ketosis induced by ketogenic diet of ketone body supplementation is considered as safe and effective adjuvant cancer therapy options and here, we report its potential effectiveness in the context of CML.Article Differential Effects of Sertraline and Penfluridol on EMT and ECM Remodeling in Glioblastoma Cell Lines(Dokuz Eylul Univ inst Health Sciences, 2025-01-31) Keleş Bartık, Didem; Oktay, Gulgun; Surer,Seniz Inanc; Sipahi, Murat; Keles, DidemPurpose: Glioblastoma multiforme (GBM) is an aggressive brain tumor with poor prognosis due to rapid recurrence, chemoresistance, and limited efficacy of standard therapies. Epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and matrix metalloproteinase (MMP)-mediated extracellular matrix (ECM) remodeling are critical processes in GBM progression and metastasis. The aim of this study is to examine the potential effects of sertraline and penfluridol on the EMT process and gelatinase activity in human glioblastoma cell lines. Material and Methods: U87 and U251 human glioblastoma cells were treated with sertraline and penfluridol at previously identified IC50 doses. Protein levels of EMT markers, E-cadherin, vimentin, Snail, Slug, Twist1, phospho-Akt (p-Akt), and tissue inhibitor of metalloproteinases-2 (TIMP-2), were evaluated using Western blotting. Additionally, the impact of sertraline and penfluridol on the release and activity of MMP-2 and MMP-9 were assessed through gelatin zymography. Results: Both sertraline and penfluridol significantly reduced vimentin expression in U251 cells, indicating inhibition of the mesenchymal phenotype. Conversely, these drugs increased vimentin levels in U87 cells, highlighting cell line-specific differences. Sertraline and penfluridol also increased TIMP-2 levels in U251 cells but not in U87 cells. Neither drug altered MMP-2 or MMP-9 activity in either cell line, suggesting that their effects on ECM remodeling may be mediated through TIMP-2 upregulation rather than direct modulation of gelatinase activity. Conclusion: These findings suggest that sertraline and penfluridol potentially inhibit EMT and reduce ECM degradation in U251 cells but exert contrasting effects in U87 cells. This highlights the heterogeneity of GBM tumors and the importance of personalized therapeutic approaches.Article Upregulated Acute Systemic Inflammation-Related Genes Based on Endotoxin Exposure Provide ‘Survival Benefit’ or Create ‘High Risk of Death’ in Leukaemia and Colon Cancer(Istanbul University, 2024-07-10) Duran, Gizem Ayna; Duran, Assist. Prof. Dr. Gizem Ayna; Ayna Duran, GizemObjective: Although endotoxin exposure has been shown to trigger innate immune responses and promote cancer, it has also been shown to prevent cancer formation. In our study, survival analysis was performed to determine whether the upregulated genes triggered by endotoxins have hazardous effects on cancers or provide a survival benefit. Materials and Methods: Gene intensity values of control and bacterial endotoxin-administered individuals were obtained from the Gene Expression Omnibus database. Using the R "Linear Models for Microarray Data" package, differentially expressed gene analyses were conducted to determine genes that differ between healthy and bacterial endotoxin-administered samples. "ShinyGo 0.80" web-based tool was used to determine the disease types indicated by these genes. The "Kaplan-Meier Plotter" web-based tool was used to conduct survival analysis. Results: Genes that create an innate immune response to bacterial endotoxin exposure and are upregulated differently than in individuals without exposure were identified. According to gene enrichment analyses, the two main types of cancer identified were leukaemia/lymoma and colon cancer. We detected that MLF1, STAT5B, and BCL3 genes led to poor survival; however, the ARHGAP26 gene was protective for acute myeloid leukaemia patients. In the case of colon cancer, SMAD7 and TLR2 genes were determined as leading to "high risk of death". Conclusion: Once the systemic inflammation-related genes identified in our study are confirmed through laboratory experiments in samples taken from solid tissue in the case of colon cancer and at the level of genes obtained from blood samples in leukemias, genetically targeted treatments will also be possible.Article Bioinformatics Based Drug Repurposing Approach for Breast and Gynecological Cancers: RECQL4/FAM13C Genes Address Common Hub Genes and Drugs(Galenos Publ House, 2025-01-02) Duran, Gizem Ayna; Duran, Assist. Prof. Dr. Gizem AynaObjective: The prevalence of breast cancer and gynaecological cancers is high, and these cancer types can occur consecutively as secondary cancers. The aim of our study is to determine the genes commonly expressed in these cancers and to identify the common hub genes and drug components. Materials and Methods: Gene intensity values of breast cancer, gynaecological cancers such as cervical, ovarian and endometrial cancers were used from the Gene Expression Omnibus database Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array project. Using the linear modelling method included in the R LIMMA package, genes that differ between healthy individuals and cancer patients were identified. Hub genes were determined using cytoHubba in Cytoscape program. “ShinyGo 0.80” tool was used to determine the disease-specific biological KEGG pathways. Drug.MATADOR from the ShinyGo 0.80 tool was used to predict drug-target relationships. Results: The RecQ Like Helicase 4 and Family with Sequence Similarity 13 Member C genes were found to be similarly expressed in breast cancer and gynaecological cancers. Upon KEGG pathway analyses with hub genes, Drug.MATADOR analysis with hub genes related to cancer related pathways was performed. We have determined these gene/drug interactions: NBN (targeted by Hydroxyurea), EP300 (targeted by Acetylcarnitine) and MAPK14 (targeted by Salicylate and Dibutyryl cyclic AMP). Conclusion: The drugs associated with hub genes determined in our study are not routinely used in cancer treatment. Our study offers the opportunity to identify the target genes of drugs used in breast and gynaecological cancers with the drug repurposing approach.