TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4

Browse

Filters

2006 - 200942010 - 2019492020 - 202570

Settings

Has files: YesScopus Q: search.filters.scopusQuartile.Q4

Search Results

Now showing 1 - 10 of 123
  • Article
    İnfluenza A/B Virüs ve RSV Validasyon Standartlarının Dijital PCR ile Kantitasyonu
    (Ankara Microbiology Soc, 2025-07-26) Sayıner, Ayca Arzu; Bulgurcu, Alıhan
    Mikrobiyolojik tanı laboratuvarlarında kullanılacak tanı testleri için kantitatif standartların kullanıldığı yöntem doğrulama (verification) veya geçerli kılma (validation) çalışmaları gereklidir. Nükleik asit testlerinde sentetik nükleik asit veya plazmit yerine tam virüs içeren standartların kullanılması; ekstraksiyon, revers transkripsiyon ve amplifikasyonu içerecek şekilde tanı testinin tüm basamaklarının gerçek yaşam koşullarında değerlendirilmesini sağlar. Solunum yolu virüsleri için nükleik asit testlerine yönelik ticari kantitatif standart materyaller sınırlıdır. Bu çalışmada; influenza A virüs (infA), influenza B virüs (infB) ve respiratuvar sinsityal virüs (RSV) için dijital polimeraz zincir reaksiyonu [digital polymerase chain reaction (dPCR)] kullanılarak, kantitatif nükleik asit standartları geliştirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada; RSV, infA, infB RNA pozitif olduğu bilinen nazofarengeal sürüntü örneklerinin havuzlanmasıyla hazırlanan örneklerdeki viral nükleik asit miktarı, ticari primer/prob setleri (Qiagen, Almanya) kullanılarak dPCR (QIAcuity, Qiagen) yöntemiyle belirlenmiştir. Nükleik asit ekstraksiyonu, ticari bir kit (Xi’an Tianlong Science&Technology Co, Çin) kullanılarak yapılmıştır. dPCR yönteminin infA, infB ve RSV için analitik duyarlılık (LoD) ve kantitasyon alt sınırı (LoQ), çalışma içi ve çalışmalar arası tekrarlanabilirliği ve doğrusallığı belirlenmiştir. dPCR ile çalışılan örnekler, kantitatif revers transkripsiyon gerçek zamanlı [quantitative reverse transcription realtime (qrRT)] PCR (qRT-PCR) ile de çalışılarak Ct değerleri belirlenmiştir. Ct değerleri ile dPCR-kantitasyon sonuçları arasındaki ilişki lineer regresyon ile değerlendirilmiştir. İstatistiksel analiz GraphPad Prism 10.4.0 (GraphPad, ABD) ve Excel Analysis ToolPak kullanılarak yapılmıştır. İnfA, infB ve RSV için dPCR yönteminin LoD değerleri sırasıyla 93.75, 15.59 ve 26.23 kopya/mL olarak belirlenmiştir. dPCR yönteminin çalışma içi tekrarlanabilirliği (varyasyon katsayısı, %CV), düşük viral yükü olan örneklerde daha yüksek olmak üzere 0.06-7.97 arası saptanmıştır. Çalışmalar arası tekrarlanabilirlik 0.73-5.41 olarak bulunmuştur. İnfA ve infB için 3-4 log10, RSV için 7 log10 aralığında dilüsyonlar ile yapılan doğrusallık analizinde her üç virüs için de r 2≥ 0.99 olarak bulunmuştur. dPCR ile ölçülen konsantrasyonların, qRT-PCR Ct sonuçları ile korele olduğu saptanmıştır. dPCR ile qRT-PCR testlerinin çalışma içi ve çalışmalar arası tekrarlanabilirlik sonuçları karşılaştırıldığında, dPCR’nin %CV değerinin anlamlı olarak daha düşük olduğu saptanmıştır (p= 0.0312). Çalışma sonuçları dPCR yönteminin, kantitatif nükleik asit standartları elde etmede tekrarlanabilirliği yüksek ve güvenilir bir yöntem olduğunu göstermiştir. Elde edilen kantitatif standartlar ile viral yük belirlemeye yönelik tanı yöntemleri geliştirmek ve/veya bu tür testlerin yöntem onayı analizlerini yapmak mümkündür. Sonuç olarak çalışmada, havuzlanmış hasta örnekleri kullanılarak dPCR yöntemiyle infA, infB ve RSV için güvenilir kantitatif nükleik asit standartlar elde edilmiş ve dPCR yönteminin performans analizleri gerçekleştirilmiştir. Bu çalışma, dPCR ile kantitatif viral nükleik asit standartlarının üretimine bir örnek olmuştur.
  • Article
    Virtual Drug Screening Study to Discover Novel ERAP1 Allosteric Site Inhibitors for the Treatment of Ankylosing Spondylitis (AS)
    (Marmara Univ, Fac Pharmacy, 2025-04-08) Portakal, Hüseyin Saygın; Alp, Beste; Akyol, Mertcan
    Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (ERAP1) is one of the key molecules in the antigen presentation process. To date, associations of ERAP1 with Ankylosing Spondylitis (AS) have been revealed with strong data. As such, to target the allosteric site of ERAP1 exhibits a therapeutic potential in the treatment of AS. In this paper, 9,800 ligands from “FDA-Approved Drugs'', “World-not-FDA Approved Drugs'', and “Drugs in Clinical Trials'' datasets of ZINC15 database were screened to the allosteric site of ERAP1. The best scored drugs are filtered with ADME analysis, the toxicity and bioactivity profiles of the discovered drugs and the known inhibitors were investigated. Results revealed that ZINC000100052688 (Ventavis), ZINC000004217466, and ZINC000024760115 (Dactolicib) follow the Lipinski’s rule of five and have -10.0 kcal/mole, -9.8 kcal/mole, and -9.7 kcal/mole binding affinities to allosteric site of ERAP1, respectively. Furthermore, ZINC000004217466 is the most promising since it has high protease and enzyme inhibitory activity with no toxicity. Due to that to date, only few chemical ligands recognizing ERAP1 regulatory site have been synthesized, to reveal possible repurposable drugs is quite promising, and ZINC000004217466 is the best candidate among 9,800 drugs since it has rather binding affinity, proper chemical properties, no toxicity, and high bioactivity in the inhibition of ERAP1 regulatory site.
  • Article
    Aile Hekimlerinin Sağlıklı Yaşam Biçimi Davranışlarının ve Klinik Uygulamalarında Yaşam Biçimi Tıbbının Değerlendirilmesi
    (Galenos Publishing House, 2025-04-15) Semin, Ilgi; Kazdağlı, Hasan; Gökdemir, Özden; Semin, Makbule Ilgi
    Amaç: Bu çalışmanın amacı, aile hekimlerinin sağlıklı yaşam biçimi davranışlarını değerlendirmek ve klinik uygulamalarında yaşam biçimi tıbbına yönelik katılımlarını incelemektir. Yöntemler: Temmuz 2018 ile Ağustos 2019 tarihleri arasında aile hekimlerinden veri toplamak amacıyla çevrimiçi bir anket geliştirildi. Tanımlayıcı ve korelasyonel bir araştırma deseni kullanıldı. Çalışmada uygulanan anket, “katılımcıların kişisel bilgileri” ve “Sağlıklı Yaşam Biçimleri Davranış Ölçeği-II”i içermektedir. Kesitsel bir çalışma olarak tasarlanan bu araştırmada, örneklem kolayda örnekleme metodu ile sekiz ülkeden belirlenmiştir, ve anketler katılımcılara elektronik ortamda uygulanmıştır. Katılımcılara anketin süresi, veri saklama işlemleri, saklama süresi, araştırmacıların kimliği ve çalışmanın amacı hakkında bilgi verilmiştir. Bulgular: Çalışmaya 131 aile hekimi katılmış olup, erkek katılımcı oranı daha yüksek bulunmuştur. Sigara içme sıklığının Türk aile hekimleri arasında anlamlı derecede yüksek olduğu tespit edilmiştir (p=0,013). Ancak, ölçek toplam puanı veya altı boyutta alınan puanlar açısından aile hekimleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır. Sonuç: Çoğu aile hekimi, bu alanda daha fazla eğitim almak istediklerini belirtmiştir, bu da tıp fakültelerinin müfredatına eğitim müdahalelerin dahil edilmesi gerekliliğini göstermektedir. Ayrıca, iyi yapılandırılmış web tabanlı kitlesel çevrimiçi kurslar, aile hekimlerinin sağlıklı yaşam biçimi davranışları ve yaşam biçimi tıbbı uygulamalarına yönelik eğitim gereksinimlerini karşılamada etkili bir çözüm olabilir.
  • Article
    Impacts of Augmented Reality Marketing on Gen-Z Fashion Consumers Behavioral Intention
    (Chamber of Textile Engineers, 2024-12-31) Günduru, Beliz; Deniz, Deniz
    Yenilikçi teknolojiler tekstil ve moda endüstrisi için büyük önem arz etmektedir. Bu bağlamda bu araştırma çalışması, belirli bir artırılmış gerçeklik (AR) uygulamasını kullanarak AR teknolojilerinin Z Kuşağı moda tüketicilerinin davranışsal niyetleri üzerindeki etkisini anlamayı amaçlamaktadır. Bu çalışma, araştırma verilerini toplamak amacıyla 5 puanlık Likert Ölçeği ile modifiye edilmiş olan UTAUT2 modeline dayalı bir anket kullanılmıştır. Anket, yedi yapı altında dağıtılmış yirmi üç sorudan oluşmaktadır. 310 erkek ve kadın Z Kuşağı tüketicisi örneklem kullanılarak yapılan bulgular, algılanan değer (PV) boyutunun, Z Kuşağı tüketicilerinin moda alışverişi için AR teknolojisini kullanma niyetlerini olumlu yönde etkilediğini göstermektedir. Bulgular, araştırma modelinin davranışsal niyetin %75'ini açıkladığını ortaya koymaktadır. Tüm araştırma sonuçlarıyla, teknoloji kabul ve kullanım birleştirilmiş modeli-2 (UTAUT2) altı boyutu ile doğrulanmıştır. UTAUT2 modeline eklenen algılanan değer (PV) boyutu, modeli iyileştirmiştir. Orijinallik açısından, bu araştırma çalışması, gelişmiş bir AR uygulaması aracılığıyla belirli bir kullanıcı grubu olan Z Kuşağı moda tüketicilerinin davranışsal niyetleri üzerindeki artırılmış gerçeklik teknolojisinin etkilerini tanımlamaktadır.
  • Article
    Upregulated Acute Systemic Inflammation-Related Genes Based on Endotoxin Exposure Provide ‘Survival Benefit’ or Create ‘High Risk of Death’ in Leukaemia and Colon Cancer
    (Istanbul University, 2024-07-10) Duran, Gizem Ayna; Duran, Assist. Prof. Dr. Gizem Ayna; Ayna Duran, Gizem
    Objective: Although endotoxin exposure has been shown to trigger innate immune responses and promote cancer, it has also been shown to prevent cancer formation. In our study, survival analysis was performed to determine whether the upregulated genes triggered by endotoxins have hazardous effects on cancers or provide a survival benefit. Materials and Methods: Gene intensity values of control and bacterial endotoxin-administered individuals were obtained from the Gene Expression Omnibus database. Using the R "Linear Models for Microarray Data" package, differentially expressed gene analyses were conducted to determine genes that differ between healthy and bacterial endotoxin-administered samples. "ShinyGo 0.80" web-based tool was used to determine the disease types indicated by these genes. The "Kaplan-Meier Plotter" web-based tool was used to conduct survival analysis. Results: Genes that create an innate immune response to bacterial endotoxin exposure and are upregulated differently than in individuals without exposure were identified. According to gene enrichment analyses, the two main types of cancer identified were leukaemia/lymoma and colon cancer. We detected that MLF1, STAT5B, and BCL3 genes led to poor survival; however, the ARHGAP26 gene was protective for acute myeloid leukaemia patients. In the case of colon cancer, SMAD7 and TLR2 genes were determined as leading to "high risk of death". Conclusion: Once the systemic inflammation-related genes identified in our study are confirmed through laboratory experiments in samples taken from solid tissue in the case of colon cancer and at the level of genes obtained from blood samples in leukemias, genetically targeted treatments will also be possible.
  • Article
    Predictors of Gross Motor Function Level in Spastic Type Cerebral Palsy: a Retrospective Study
    (Turkey Assoc Physiotherapists, 2024-12-23) Ayaz Tas, Seda; Yakıt Yeşilyurt, Seda; Birinci Olgun, Tansu; Danis, Aysegul; Olgun, Tansu BİRİNCİ; Yeşi̇Lyurt, Seda YAKIT; Yakit Yebilyurt, Seda; Taş, Seda AYAZ; Birinci, Tansu
    Purpose: This study was conducted to identify the determinants of gross motor function in patients with spastic-type Cerebral Palsy (CP) who received physiotherapy from a single center for two years. Methods: One hundred and eight children with spastic-type CP (mean age: 6.43 +/- 4.83 years) were evaluated twice, before and after the two-year physiotherapy. The outcomes were the Gross Motor Function Classification System (GMFCS), Manual Ability Classification System (MACS), Communication Function Classification System (CFCS), and Eating and Drinking Ability Classification System (EDACS). Binary logistic regression analysis was used to determine whether factors such as age, sex, topographical distribution, and levels of GMFCS, MACS, CFCS, and EDACS could predict the improvement in GMFCS level after the two-year physiotherapy. Results: The odds ratio of improvement in GMFCS level was found to vary significantly with the topographical distribution, CFCS level, and EDACS level (p<0.05). Compared to the children with CFCS Level I, children with CFCS Level II, Level III, and Level IV were 0.001, 0.005, and 0.006 times less likely to improve in GMFCS level, respectively. Similarly, children with EDACS Level III and Level IV were respectively 1.605 and 1.548 times less likely to improve in GMFCS level compared to those with Level I. Conclusion: CFCS and EDACS were significant predictors of gross motor function level in spastic- type CP. Healthcare professionals can use CFCS and EDACS to predict the progression of gross motor function levels, thereby providing more appropriate interventions and more realistic predictions.
  • Article
    Expressions of the Satellite Repeat Hsat5 and Transposable Elements Are Implicated in Disease Progression and Survival in Glioma
    (Tubitak Scientific & Technological Research Council Turkey, 2024-08-23) Köse, Sıla Naz; Yaraş, Tutku; Bursalı, Ahmet; Oktay, Yavuz; Yandım, Cihangir; Karakulah, Gökhan
    The glioma genome encompasses a complex array of dysregulatory events, presenting a formidable challenge in managing this devastating disease. Despite the widespread distribution of repeat and transposable elements across the human genome, their involvement in glioma's molecular pathology and patient survival remains largely unexplored. In this study, we aimed to characterize the links between the expressions of repeat/transposable elements with disease progression and survival in glioma patients. Hence, we analyzed the expression levels of satellite repeats and transposons along with genes in low-grade glioma (LGG) and high-grade glioma (HGG). Endogenous transposable elements LTR5 and HERV_a-int exhibited higher expression in HGG patients, along with immune response-related genes. Altogether, 16 transposable elements were associated with slower progression of disease in LGG patients. Conversely, 22 transposons and the HSAT5 satellite repeat were linked to a shorter event-free survival in HGG patients. Intriguingly, our weighted gene coexpression network analysis (WGCNA) disclosed that the HSAT5 satellite repeat resided in the same module network with genes implicated in chromosome segregation and nuclear division; potentially hinting at its contribution to disease pathogenesis. Collectively, we report for the first time that repeat and/or transposon expression could be related to disease progression and survival in glioma. The expressions of these elements seem to exert a protective effect during LGG-to-HGG progression, whereas they could have a detrimental impact once HGG is established. The results presented herein could serve as a foundation for further experimental work aimed at elucidating the molecular regulation of glioma genome.
  • Article
    Citation - WoS: 1
    Citation - Scopus: 1
    YouTube as a Source of Information on Inflammatory Muscle Diseases: Can It Provide Valid and Reliable Information for Patients as Well as Healthcare Professionals?
    (Galenos Publishing House, 2024-08-07) Tanıgör, Göksel; Karabulut, Gonca
    Objective: The increasing use of the internet has resulted in its gaining a more active role in both patient and professional education, including the YouTube platform, a popular platform for sharing and watching videos. This study aimed to evaluate the quality, usefulness, and reliability of videos on inflammatory muscle diseases on YouTube, as well as their determinants for both patient and healthcare professional education. Materials and Methods: The keywords “Inflammatory muscle disease”, “Idiopathic inflammatory myositis”, “Inflammatory muscle disease treatment”, “Inflammatory myositis treatment”, “Dermatomyositis” and “Polymyositis” were searched on the site on April 22nd, 2022. According to the Global Quality scale, three categories (high quality, middle quality, and low quality) were created based on the educational value of YouTube videos. The reliability of the information was assessed using the DISCERN tool. The video parameters were compared between the quality groups to reveal the determinants of the quality. Results: Seventy-five videos of patients and 116 videos of healthcare professionals were included in the video after exclusion. The numbers of high, intermediate and low-quality videos were 27 (36%), 27 (36%), and 21 (28%) for videos for patients, and 20 (17.2%), 60 (51.8%), and 36 (31%), respectively. Only the number of likes was found to be a determinant of video quality for healthcare professionals (p<0.05), and none of the other determinants were found to predict the quality for both groups (p>0.05). Conclusion: YouTube is an open platform for information, and it includes various educational videos of various quality. Experts, such as physicians, should be encouraged to provide more content to help both patients and healthcare professionals obtain better quality information. © 2025 Elsevier B.V., All rights reserved.
  • Article
    Citation - WoS: 2
    Citation - Scopus: 2
    Right Vagotomy Alters Heart Rate Variability Temporarily and Increases Total Choline Levels in Rats
    (Walter de Gruyter GmbH, 2024-07-01) Barış, Elif; Ozel, Hasan Fehmı; Kazdağlı, Hasan; Özbek, Mustafa
    Objectives: The variability in the time intervals between heartbeats, known as heart rate variability (HRV), serves as a reflection of the intricate interplay between the sympathetic and parasympathetic neural systems. While the potential asymmetric effects of the left and right branches of the vagus nerve remain uncertain, this study aims to investigate the impact of unilateral, bilateral, and atropine interventions on HRV parameters and choline levels within cardiac tissue. Methods: 40 male adult Wistar albino rats were randomly assigned to the five groups (each n=8): sham-operated, atropine, right vagotomy, left vagotomy, and bilateral vagotomy. Heart rate variability (HRV) analyses were conducted, and the levels of total choline/acetylcholine in heart tissues were quantified. Statistical analyses were performed to assess the results. Results: The bilateral vagotomy and atropine groups exhibited higher heart rates and high frequency power (HF), along with reduced low frequency power (LF). Total power (TP) remained relatively unchanged. In the bilateral vagot- omy group, DFAα1 was significantly elevated while DFAα2 was reduced significantly. SD1 and SampEn were significantly lower in both the bilateral vagotomy and atropine groups. Notably, the right vagotomy group displayed significant changes primarily in the 15th minute, particularly in time- domain parameters, HF, TP, and SD1, with a significant in- crease observed in total choline levels. Conclusions: Our results revealed that asymmetrical vagal innervation induces distinct effects on heart rate variability parameters and total choline/acetylcholine levels in heart tissues. Our findings suggest that compensatory hemody- namic recovery, possibly driven by contralateral vagal overactivity, may contribute to these observed results.
  • Article
    Citation - WoS: 1
    Citation - Scopus: 1
    Myocardial Infarction in Young Adults: Diagnosis Begins Through Inspection
    (Kare Publ, 2024) Özpelit, Mehmet Emre; Kumral, Zeynep; Özpelit, Ebru; Çolak, Ayse
    Spontan koroner arter diseksiyonu (SKAD), genellikle orta yaşlı kadınları etkileyen nadir bir akut koroner sendrom formudur. Genetik vaskülopatiler de dahil olmak üzere bağ dokusu hastalıkları SCAD’ye yol açan önemli predispozan durumlardan biridir. Bu yazıda, anterior miyokard enfarktüsü geçiren ve vasküler tip Ehler-Danlos sendromu tanısı alan 36 yaşında bir erkek hasta sunulmuş ve literatür gözden geçirilmiştir.