TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
35 results
Search Results
Article 1,25-Dihydroxyvitamin D3 Induces N-Myc Downstream Regulated Gene-2 Expression In Papillary Thyroid Carcinoma Cells(2020) Sipahi, Murat; Keleş, Didem; Oktay, Gulgun; Bayraktar, Fırat; Doruk, MehmetPurpose: In addition to its role in serum calcium homeostasis, the anti-tumor function of 1,25-dihydroxyvitamin D3 (calcitriol) in cancer development is well established. N-myc Downstream Regulated Gene 2 which functions as a tumor suppressor gene has recently been shown to be downregulated in various cancer leading to increased tumor incidence, progression and metastasis. The goal of this study was to investigate the possible effects of calcitriol treatment on NDRG2 expression in BCPAP papillary thyroid carcinoma cells. Methods: The experiments were carried on human primary thyroid follicular epithelial cells (Nthy-ori-3-1), and human papillary thyroid carcinoma cells (BCPAP). The half maximal inhibitory concentration (IC50) of calcitriol on BCPAP cells was determined by WST-1 assay. BCPAP cells were treated with 15 and 30µM calcitriol for 24, 48, and 72 hours, respectively. Basal NDGR2 expression in Nthy-ori-3–1 and BCPAP cells as well as the alterations on NDRG2 expression in calcitriol treated BCPAP cells were evaluated with western blot. Results: A significant downregulation of NDRG2 was observed in BCPAP cells when compared to Nthy-ori-3–1 cells (p<0.01). IC50 dose of calcitriol was found to be 64, 54 and 43µM for 24, 48 and 72 hours, respectively. NDRG2 protein expression levels were significantly increased in 30µM calcitriol treated BCPAP cells after 48 hours (p<0.05). Conclusions: Calcitriol induced NDRG2 protein expression in BCPAP cells. We predict that calcitriol increased NDRG2 protein levels in BCPAP cells via c-Myc repression, which is upregulated by aberrant Wnt/β-catenin signaling. Further investigation is required to enlighten the possible effect mechanisms of calcitriol in BCPAP cells.Article Real-World Practices in RAS Wild-Type Metastatic Colorectal Cancer Patients Treated with Targeted Agents in the First-Line a Nationwide Onco-Colon Turkey Registry(2026-01-24) Özçelik, Melike; Bilir, Cemil; Çiçin, Irfan; Geredeli, Caglayan; Bozkurt, Oktay; Çelik, Sinemis; Sakin, AbdullahAmaç: Anti-EGFR ajanlarının etkinliği metastatik kolorektal kanserde (mKRK) gösterilmiştir. Gerçek yaşam verileri, klinik çalışmaların dışında kalan hastalara ait bulguları ortaya koymak açısından özellikle önemlidir. Bu nedenle, RAS vahşi tip mKRK’li hastalarda gerçek yaşam verilerini araştırmayı amaçladık. Yöntemler: Ocak 2016 ile Nisan 2019 tarihleri arasında mKRK tanısı alan hastalara ait tıbbi kayıtlar 28 merkezden toplandı. Hastalar, birinci basamak biyolojik tedavilere göre anti-EGFR grubu (Grup A (panitumumab) ve B (setuksimab)) ve anti- VEGF grubu (Grup C) olarak karşılaştırıldı. Bulgular: Belgelenmiş RAS vahşi tip mKRK’li toplam 1064 hasta değerlendirildi. Bu hastaların sırasıyla %33’ü panitumu- mab, %37’si setuksimab ve %30’u birinci basamakta anti-VEGF içeren rejimlerle tedavi edildi. Genel yanıt oranı Grup A, B ve C’de sırasıyla %46,4, %41,9 ve %41,5 idi (p = 0,170). Medyan genel sağkalım (OS) Grup A, B ve C’de sırasıyla 26, 27 ve 23 ay olarak bulundu (p = 0,044). Panitumumab, setuksimab ve bevacizumab alan hastaların medyan progresyonsuz sağka- lımı (PFS) sırasıyla 11,6, 11,0 ve 9,6 ay idi (p = 0,012). Çok değişkenli analizde, performans durumu (PS) 0-1 ve BRAF vahşi tip durumu OS için bağımsız prognostik faktörler olarak; yalnızca BRAF vahşi tip durumu ise PFS için bağımsız prognostik faktör olarak bulundu (p<0,05). Sonuç: Bu gerçek yaşam verilerinin analizi, RAS vahşi tip mKRK’de anti-EGFR ajanlarının karşılaştırılabilir etkinliğini doğ- rulamaktadır. Ancak, bu hastalarda anti-EGFR tedavisi, anti-VEGF tedavisine kıyasla PFS ve OS avantajı sağlamaktadır. Ayrıca, BRAF vahşi tip tümörlere sahip hastalarda PFS ve OS daha iyi bulunmuştur.Article The Evaluation of Health Status of Familial Mediterranean Fever Patients with Homozygous M694V Mutation(2025-09-02) Kehribar, Demet Yalcin; Ozgen, Metin; Baraz, Lale Saka; Çakar, AyşegülAim: Familial Mediterranean fever (FMF) is an autosomal recessive autoinflammatory disorder characterized by recurrent episodes of fever, serositis, and systemic inflammation. The M694V mutation in the MEFV gene is associated with a more severe disease phenotype, including early onset, frequent attacks, and an increased risk of amyloidosis. This study aimed to evaluate the clinical features, comorbidities, and treatment outcomes of FMF patients homozygous for the M694V mutation. Material and Methods: A retrospective analysis was conducted on 183 FMF patients homozygous for the M694V mutation, diagnosed and followed at our hospital between 2014 and 2022. Data on demographics, clinical characteristics, laboratory findings, and treatment modalities were collected. Results: The most common symptoms were abdominal pain (88%), joint pain (78%), and arthritis (46%). Proteinuria and amyloidosis were detected in 22.4% and 7.1% of patients, respectively. The average age of symptom onset was 14.1 years, with a mean annual attack frequency of 2.75. Comorbidities were present in 24% of patients, including spondyloarthritis and inflammatory bowel disease. Colchicine was the mainstay treatment (94.5%), while 21.8% required IL-1 inhibitors. Eight patients (4.4%) died during follow-up, five due to amyloidosis-related complications. Conclusion: M694V homozygous FMF patients exhibit a severe disease presentation associated with this variant with frequent attacks, high amyloidosis risk, and significant comorbidities. While colchicine remains essential, biologics are increasingly used for colchicine-resistant cases. Early diagnosis, individualized treatment, and regular monitoring are crucial to improving patient outcomes.Article HR-LCMS Based Metabolite Profiling of Methanolic Leaf Extract of Terminalia Pallida Brandis and Its Antioxidant Potential(2025-04-08) Guguloth, Dr. Sarvan KumarTerminalia species are being reported as medicinally useful. Terminalia pallida Brandis is one of the plants of the family Combretaceae. The aim of the present study is to catalog the phytochemical distribution and to validate the antioxidant potential of methanolic leaf extract (METP). Antioxidant potential of methanolic leaf extract was estimated by DPPH assay and phytochemical distribution was assessed by HR-LCMS analysis. The antioxidant test result of leaf extract displayed a potential free radical scavenging effect at test concentrations (p<0.001). In HR-LC-MS study a total of 29 bioactive compounds of a variety of chemical classes like flavanoids, alkaloids, fatty acids, diterpenoids, glycosides, amino acids and polyphenols etc were identified in both positive & negative ion mode, and among these few compounds possessed various biological activities. Based on these obtained results, it is concluded that METP constitute 29 bioactive compounds and possess potential antioxidant property in concentration dependent manner.Article Bibliometric Analysis on Methods and Tools Developed for DGE Analysis: Current Trends and Future Perspectives(2025-04-29) Kochan, NeclaDiferansiyel gen ekspresyonu (DGE) analizi, yeni nesil dizileme teknolojilerinin ortaya çıkışıyla önemli bir ilgi kazanmıştır. Bu durum, DGE analizi için çeşitli yöntemlerin ve araçların geliştirilmesine yol açmıştır. Bu çalışmada, Biblioshiny ve VOSviewer yazılımları kullanılarak, incelenen dönem boyunca eğilimleri araştırmak amacıyla bibliyometrik analiz yapılmıştır. 2005-2023 yılları arasında Web of Science veri tabanından, diferansiyel gen ekspresyonu ile ilgili terimleri konu alan ilgili makaleler taranmıştır. İncelenen dönem boyunca yayımlanan eğilimleri göstermek için Biblioshiny ve VOSviewer yazılımları kullanılarak ağ haritaları oluşturulmuştur. Toplamda 729 çalışma, DGE analizi metodolojilerindeki, araçlarındaki ve paketlerindeki eğilimleri ortaya koymak amacıyla incelenmiştir. Bu amaçla, ülke, kurum, kaynak, yazar ve anahtar kelime üretkenliği açısından eş-yazarlık, bibliyografik eşleşme ve eş-oluşum analizleri yapılmıştır. 2005 yılından sonra çıktı ve atıf sayılarında artış gözlenmiştir. Çalışma süresince ABD ve Çin, DGE analizine en çok katkı sağlayan ülkeler olarak öne çıkmıştır. Zamansal çalışmalar, belirli aralıklarla bir miktar azalma olmakla birlikte, zaman içinde yayınlarda önemli bir artış olduğunu ortaya koymuştur. En büyük düşüş, 2008 ile 2010 yılları arasında gözlenmiştir. Bu düşüşlere rağmen, DGE analizi, herhangi bir hastalığın mekanizmalarını, gen işlevlerini ve terapötik hedefleri anlamadaki temel rolü nedeniyle genomikte kritik bir konu olmaya devam etmektedir. Bu eğilim, mevcut yöntemlerin ve araçların, çeşitli hastalıklarla ilişkili anahtar bilgilendirici genleri tanımlamak için yeterince güçlü kabul edildiğini göstermektedir.Article Virtual Drug Screening Study to Discover Novel ERAP1 Allosteric Site Inhibitors for the Treatment of Ankylosing Spondylitis (AS)(Marmara Univ, Fac Pharmacy, 2025-04-08) Portakal, Hüseyin Saygın; Alp, Beste; Akyol, MertcanEndoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (ERAP1) is one of the key molecules in the antigen presentation process. To date, associations of ERAP1 with Ankylosing Spondylitis (AS) have been revealed with strong data. As such, to target the allosteric site of ERAP1 exhibits a therapeutic potential in the treatment of AS. In this paper, 9,800 ligands from “FDA-Approved Drugs'', “World-not-FDA Approved Drugs'', and “Drugs in Clinical Trials'' datasets of ZINC15 database were screened to the allosteric site of ERAP1. The best scored drugs are filtered with ADME analysis, the toxicity and bioactivity profiles of the discovered drugs and the known inhibitors were investigated. Results revealed that ZINC000100052688 (Ventavis), ZINC000004217466, and ZINC000024760115 (Dactolicib) follow the Lipinski’s rule of five and have -10.0 kcal/mole, -9.8 kcal/mole, and -9.7 kcal/mole binding affinities to allosteric site of ERAP1, respectively. Furthermore, ZINC000004217466 is the most promising since it has high protease and enzyme inhibitory activity with no toxicity. Due to that to date, only few chemical ligands recognizing ERAP1 regulatory site have been synthesized, to reveal possible repurposable drugs is quite promising, and ZINC000004217466 is the best candidate among 9,800 drugs since it has rather binding affinity, proper chemical properties, no toxicity, and high bioactivity in the inhibition of ERAP1 regulatory site.Research Project G Protein Kenetli Östrojen Reseptör 1 (Gper1)'In Gastrointestinal Adenokarsinom Hücrelerindeki Proliferatif ve Apoptotik Etkilerinin Araştırılması(2016) Kurt, Akif Hakan; Tosun, Metiner; Cetintas, Vildan BozokÇalışmamızda kadın hastalardan elde edilen AGS ve HT-29, mide ve kolorektal adenokarsinom hücre hatlarında GPER1 reseptörünün proliferatif ve apoptotik etkilerinin belirlenmesi ve hücreiçi sinyal yolaklarını araştırmak için GPER1 agonisti G-1 maddesi tek başına ve GPER1 protein kinaz ve kalsiyum kanal inhibitörleri varlığında hücre hatlarına uygulandı. Etken maddemiz G-1?in hangi hücre içi yolaklarla ilişkili olabileceğini bulmak için 10-5 M konsantrasyonda G-1 ile kombine olarak hücre içi sinyal yolaklarını inhibe eden inhibitörler; GPER1 inhibitörü G-15, protein kinaz A inhibitörü H-89, protein kinaz C (PKC) inhibitörü GF109203, fosfotidilinozitol 3-kinaz (PI3K) inhibitörü LY-294002, Rho-kinaz (ROCK) inhibitörü Y-27632, kalsiyum ATPaz inhibitörü tapsigargin ve inositol 1,4,5 trifosfat (IP3)inhibitörü 2-APM kullanıldı. Kombine uygulamaların hücre canlılığı üzerine etkisi 48. ve 72. saatlerde MTT yöntemiile değerlendirildi. MTT ve Xcelligance sonuçlarına göre, GPER1 agonisti G-1, AGS ve HT-29 hücreleri üzerinde konsantrasyona ve zamana bağlı olarak sitotoksik ve antiproliferatif etki göstermiştir. Hücre proliferasyon deney sonuçlarına göre AGS mide kanser hücre hattında GPER1 agonisti G-1'in oluşturduğu sitotoksik ve antiproliferatif etki inositol 1,4,5 trifosfat (IP3) bağımlı görünmektedir. HT-29 kolon kanser hücre hattında, GPER1 agonisti G-1'in oluşturduğu sitotoksik ve antiproliferatif etki fosfotidilinozitol 3-kinaz (PI3K) ve inositol 1,4,5 trifosfat (IP3) bağımlı görünmektedir. Yapılan denemelerde G-1 maddesinin en yüksek konsantrasyonu ile 72 saat inkübasyon sonunda AGS kanser hücre hattında % 49.1 oranında nekroz, % 9.9 erken apoptoz, % 4.1 geç apoptoz;HT-29 kanser hücre hattında % 32.6 nekroz, % 2.2 erken apoptoz, % 2.2 geç apoptoz gözlenmiştir. GPER1 agonisti G-1 in p53, Bcl-2 ve Bax ekspresyon üzerine etkisi sonuçlarına göre; G-1 in oluşturduğu apoptotik etkiye, p53 sinyal iletim yolağının aracılık ettiği görülmektedir (Bax ekspresyon artışı ve Bcl-2 ekspresyon azalması). Real-Time PCR ve görüntüleme sonuçlarına göre HT-29 ve AGS hücrelerinde siRNA kullanarak GPER1 ekspresyonubaşarılı bir şekilde baskılanmıştır. MTT hücre proliferasyon deney sonuçlarında, GPER1 agonisti G-1, siRNA uygulanmamış ve uygulanmış hücreler üzerinde benzer etki göstermiştir. GPER1 agonisti G-1'in oluşturduğu sitotoksik ve antiproliferatif etki GPER1 reseptör bağımlı görünmemektedir. Sonuç olarak; GPER1 agonisti G-1, AGS ve HT-29 kanser hücrelerinde yüksek dozda belirgin olarak sitotoksik ve antiproliferatif etki oluşturmuştur. Bu çalışma GPER1 agonisti G-1? i mide ve kolorektal kanser hastaları için yeni bir hedef haline getirebilir; mide ve kolorektal kanser hastaları üzerinde ikinci basamak çalışmaların yapılmasına öncülük edebilir.Research Project Hepatoselüler Karsinoma Hücrelerinde Telomerik Dna Replikasyonu Proteini Ctc1'in Kuadrupleks Dna (G4) Stabilizatörleri ile Kombine Olarak Hedeflenmesi(2021) Karagonlar, Zeynep Fırtına; Yandım, Cihangir; Sezan, Sıla; Karpat, ÖzümDNA onarım mekanizmaları, sağlıklı hücrelerin genomunun bütünlüğünün korunmasında çalışsa da, bu mekanizmalar kanser hücrelerine uygulanan tedavilerin verimini azaltmakta ve direnç geliştirmektedir. Bu sebeple kanserli hücreleri hedefleyerek geliştirilen DNA hasarı onarımının inhibisyon stratejisi meme ve over gibi kanserlerde PARP inhibitörleri (ör. Olaparib) kullanılarak başarıya ulaşmıştır. Fakat, karaciğer kanserinde bu stratejiler henüz sonuç vermemiştir. Karaciğer kanserinin en yaygın türü olan Hepatosellüler Karsinoma (HCC) tedaviye dirençli, çoklu moleküler karsinogenez basamağına sahip bir malignitedir. İleri HCC hastaları için Sorafenib ve Regorafenib gibi HCC?de öncelikli olan güdümlü terapiler geliştirilmesine rağmen, kansere yönelik tedavileri büyük ölçüde mevcut gereksinimin gerisindedir ve kanserin dirençle nüksetmesi gibi problemler mevcuttur. Bu projede yeni bir yaklaşımla, ilaç dirençli HCC hücrelerinde G-kuadruplekslerin neden olduğu DNA hasarının onarımından sorumlu telomerik replikasyon proteini CTC1 üzerinden telomerik DNA?nın hedeflenmesi amaçlanmaktadır. Literatürde, CTC1?in telomerlerin stabilitesi için kritik olduğu gösterilmiştir. CTC1?in susturulması, hatalı telomer replikasyonu, kök hücre tükenmesi ve telomerlerin kaybı ile sonuçlanmıştır. Kanserli hücrelerde CTC1 geninin susturulmasının diğer önemli sonucu hücrelerde artan radyosensitivitedir. Ayrıca, dirençli olmayan kontrollere kıyasla radyoterapi-dirençli melanom hücrelerinde CTC1 ekspresyonunun kritik artışı gözlemlenmiştir, yani tümörojenik hücrelerde CTC1 geninin direnç gelişiminde önemi gösterilmiştir. Bu projede, CTC1 inhibisyonuna sahip hücrelerde G4 stabilizatörleri ile ilave telomer DNA hasar yüklemesi indüklenerek kanser hücresi canlılığını azaltabilecek antitümör oluşum mekanizmaları araştırılmıştır. Ayrıca, bu çalışmada Sorafenib?e duyarlı hatların yanında, aynı hatların Sorafenib-dirençli klonları da kullanılarak önerilen stratejinin sorafenib direncine yönelik hassasiyete sebep olup olmadığı incelenmiştir. Kısaca, Epitelyal-benzeri (Huh-7) ve Mezenkimal-benzeri (Mahlavu) HCC hücre hatları ile öncesinde oluşturduğumuz Sorafenib-dirençli klonlarında da CTC1 geni susturularak, G4 stabilizatörleri ve Sorafenib ile tekli ve kombine ilaç uygulaması gerçekleştirilmiştir. Bu stratejinin kanserli hücre canlılığı ve DNA hasarına etkileri, immünositokimyasal boyama ve MTT Assay ile incelenmiştir. Ayrıca, susturulan hücrelerin büyüme hızı, sferoid ve koloni oluşumları incelenmiştir. Böylece, çalışmanın sonuçları hem Sorafenib dirençli hastalarda yeni tedavilerin planlanmasına hem de geleneksel kemoterapi seçeneklerinin veriminin artırılmasında translasyonel potansiyele sahiptir.Article Upregulated Acute Systemic Inflammation-Related Genes Based on Endotoxin Exposure Provide ‘Survival Benefit’ or Create ‘High Risk of Death’ in Leukaemia and Colon Cancer(Istanbul University, 2024-07-10) Duran, Gizem Ayna; Duran, Assist. Prof. Dr. Gizem Ayna; Ayna Duran, GizemObjective: Although endotoxin exposure has been shown to trigger innate immune responses and promote cancer, it has also been shown to prevent cancer formation. In our study, survival analysis was performed to determine whether the upregulated genes triggered by endotoxins have hazardous effects on cancers or provide a survival benefit. Materials and Methods: Gene intensity values of control and bacterial endotoxin-administered individuals were obtained from the Gene Expression Omnibus database. Using the R "Linear Models for Microarray Data" package, differentially expressed gene analyses were conducted to determine genes that differ between healthy and bacterial endotoxin-administered samples. "ShinyGo 0.80" web-based tool was used to determine the disease types indicated by these genes. The "Kaplan-Meier Plotter" web-based tool was used to conduct survival analysis. Results: Genes that create an innate immune response to bacterial endotoxin exposure and are upregulated differently than in individuals without exposure were identified. According to gene enrichment analyses, the two main types of cancer identified were leukaemia/lymoma and colon cancer. We detected that MLF1, STAT5B, and BCL3 genes led to poor survival; however, the ARHGAP26 gene was protective for acute myeloid leukaemia patients. In the case of colon cancer, SMAD7 and TLR2 genes were determined as leading to "high risk of death". Conclusion: Once the systemic inflammation-related genes identified in our study are confirmed through laboratory experiments in samples taken from solid tissue in the case of colon cancer and at the level of genes obtained from blood samples in leukemias, genetically targeted treatments will also be possible.Article Bioinformatics Based Drug Repurposing Approach for Breast and Gynecological Cancers: RECQL4/FAM13C Genes Address Common Hub Genes and Drugs(Galenos Publ House, 2025-01-02) Duran, Gizem Ayna; Duran, Assist. Prof. Dr. Gizem AynaObjective: The prevalence of breast cancer and gynaecological cancers is high, and these cancer types can occur consecutively as secondary cancers. The aim of our study is to determine the genes commonly expressed in these cancers and to identify the common hub genes and drug components. Materials and Methods: Gene intensity values of breast cancer, gynaecological cancers such as cervical, ovarian and endometrial cancers were used from the Gene Expression Omnibus database Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array project. Using the linear modelling method included in the R LIMMA package, genes that differ between healthy individuals and cancer patients were identified. Hub genes were determined using cytoHubba in Cytoscape program. “ShinyGo 0.80” tool was used to determine the disease-specific biological KEGG pathways. Drug.MATADOR from the ShinyGo 0.80 tool was used to predict drug-target relationships. Results: The RecQ Like Helicase 4 and Family with Sequence Similarity 13 Member C genes were found to be similarly expressed in breast cancer and gynaecological cancers. Upon KEGG pathway analyses with hub genes, Drug.MATADOR analysis with hub genes related to cancer related pathways was performed. We have determined these gene/drug interactions: NBN (targeted by Hydroxyurea), EP300 (targeted by Acetylcarnitine) and MAPK14 (targeted by Salicylate and Dibutyryl cyclic AMP). Conclusion: The drugs associated with hub genes determined in our study are not routinely used in cancer treatment. Our study offers the opportunity to identify the target genes of drugs used in breast and gynaecological cancers with the drug repurposing approach.