TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
44 results
Search Results
Article A Preliminary Study of Possible Fibrotic Role of Meprin Metalloproteases in Scleroderma Patients(Turkish League Against Rheumatism (TLAR), 2021-12-31) Avşar, Aydan Köken; Merih Birlik, A.; Koçak, Ayşe; Harmancı, Duygu; Akdoğan, Gül; Birlik, Merih; Birlik, A. Merih; Güner, Gül AkdoganObjectives: This study aims to investigate the possible fibrotic role of meprin metalloproteases and possible fibrotic effects of activator protein-1 (AP-1) in scleroderma patients. Patients and methods: Between April 2018 and April 2019, a total of 85 scleroderma patients (9 males, 76 females; mean age: 54.9 +/- 12.1 years; range, 22 to 80 years) who met the 2013 American College of Rheumatology/European League Against Rheumatism criteria and 80 healthy control individuals (10 males, 70 females; mean age 42.9 +/- 10.2 years; range, 19 to 65 years) were included. Patients' data and blood samples were collected. Messenger ribonucleic acid expressions of interleukin (IL)-6, AP-1 subunits, and tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) were analyzed by quantitative real-time polymerase chain reaction. Serum meprin alpha and beta protein levels were analyzed using the enzyme-linked immunosorbent assay. Results: Meprin alpha and meprin beta protein levels increased in scleroderma patients. The AP-1 subunits (c-Fos, c-Jun), IL-6, and TNF-alpha increased in scleroderma patients, compared to controls. Conclusion: Our results provide evidence showing that increased meprins levels may be related to AP-1 levels and increased meprins levels may responsible for increased inflammatory TNF-alpha and IL-6 levels. All these data suggest meprins as promising therapeutic targets to restore the balance between inflammation and extracellular matrix deposition in scleroderma.Article İnfluenza A/B Virüs ve RSV Validasyon Standartlarının Dijital PCR ile Kantitasyonu(Ankara Microbiology Soc, 2025-07-26) Sayıner, Ayca Arzu; Bulgurcu, AlıhanMikrobiyolojik tanı laboratuvarlarında kullanılacak tanı testleri için kantitatif standartların kullanıldığı yöntem doğrulama (verification) veya geçerli kılma (validation) çalışmaları gereklidir. Nükleik asit testlerinde sentetik nükleik asit veya plazmit yerine tam virüs içeren standartların kullanılması; ekstraksiyon, revers transkripsiyon ve amplifikasyonu içerecek şekilde tanı testinin tüm basamaklarının gerçek yaşam koşullarında değerlendirilmesini sağlar. Solunum yolu virüsleri için nükleik asit testlerine yönelik ticari kantitatif standart materyaller sınırlıdır. Bu çalışmada; influenza A virüs (infA), influenza B virüs (infB) ve respiratuvar sinsityal virüs (RSV) için dijital polimeraz zincir reaksiyonu [digital polymerase chain reaction (dPCR)] kullanılarak, kantitatif nükleik asit standartları geliştirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada; RSV, infA, infB RNA pozitif olduğu bilinen nazofarengeal sürüntü örneklerinin havuzlanmasıyla hazırlanan örneklerdeki viral nükleik asit miktarı, ticari primer/prob setleri (Qiagen, Almanya) kullanılarak dPCR (QIAcuity, Qiagen) yöntemiyle belirlenmiştir. Nükleik asit ekstraksiyonu, ticari bir kit (Xi’an Tianlong Science&Technology Co, Çin) kullanılarak yapılmıştır. dPCR yönteminin infA, infB ve RSV için analitik duyarlılık (LoD) ve kantitasyon alt sınırı (LoQ), çalışma içi ve çalışmalar arası tekrarlanabilirliği ve doğrusallığı belirlenmiştir. dPCR ile çalışılan örnekler, kantitatif revers transkripsiyon gerçek zamanlı [quantitative reverse transcription realtime (qrRT)] PCR (qRT-PCR) ile de çalışılarak Ct değerleri belirlenmiştir. Ct değerleri ile dPCR-kantitasyon sonuçları arasındaki ilişki lineer regresyon ile değerlendirilmiştir. İstatistiksel analiz GraphPad Prism 10.4.0 (GraphPad, ABD) ve Excel Analysis ToolPak kullanılarak yapılmıştır. İnfA, infB ve RSV için dPCR yönteminin LoD değerleri sırasıyla 93.75, 15.59 ve 26.23 kopya/mL olarak belirlenmiştir. dPCR yönteminin çalışma içi tekrarlanabilirliği (varyasyon katsayısı, %CV), düşük viral yükü olan örneklerde daha yüksek olmak üzere 0.06-7.97 arası saptanmıştır. Çalışmalar arası tekrarlanabilirlik 0.73-5.41 olarak bulunmuştur. İnfA ve infB için 3-4 log10, RSV için 7 log10 aralığında dilüsyonlar ile yapılan doğrusallık analizinde her üç virüs için de r 2≥ 0.99 olarak bulunmuştur. dPCR ile ölçülen konsantrasyonların, qRT-PCR Ct sonuçları ile korele olduğu saptanmıştır. dPCR ile qRT-PCR testlerinin çalışma içi ve çalışmalar arası tekrarlanabilirlik sonuçları karşılaştırıldığında, dPCR’nin %CV değerinin anlamlı olarak daha düşük olduğu saptanmıştır (p= 0.0312). Çalışma sonuçları dPCR yönteminin, kantitatif nükleik asit standartları elde etmede tekrarlanabilirliği yüksek ve güvenilir bir yöntem olduğunu göstermiştir. Elde edilen kantitatif standartlar ile viral yük belirlemeye yönelik tanı yöntemleri geliştirmek ve/veya bu tür testlerin yöntem onayı analizlerini yapmak mümkündür. Sonuç olarak çalışmada, havuzlanmış hasta örnekleri kullanılarak dPCR yöntemiyle infA, infB ve RSV için güvenilir kantitatif nükleik asit standartlar elde edilmiş ve dPCR yönteminin performans analizleri gerçekleştirilmiştir. Bu çalışma, dPCR ile kantitatif viral nükleik asit standartlarının üretimine bir örnek olmuştur.Article Geçmişten Geleceğe: Sağlıkta Sanal Gerçeklik ve Uygulama Alanları(2024-01-30) Döner, Nedime Hazal; Usta Yeşilbalkan, Öznur; Yeşilbalkan, Öznur UstaSanal gerçeklik terimi birbirine zıt iki kelime olan “sanal” ve “gerçek” kelimesinden türemiştir. Sanal gerçeklik uygulamaları kullanıcılara oluşturulan yapay ortama girebilme ve orada çeşitli deneyimler yaşama imkanı sunar. Ayrıca mesafe, ulaşım zorluğu veya engellilik nedeniyle randevu almakta güçlük çeken hastalar için uygun maliyetli, erişilebilir, esnek ve kapsamlı müdahaleler sunmaktadır. Sanal gerçeklik uygulamalarının, savunma ve havacılık endüstrilerinde, eğitim ve öğretim alanlarında, resim, eğlence ve oyun dünyasında, sağlık bakımı ve tedavisinde artarak kullanıldığı görülmektedir. Sanal gerçekliğin sağlıkla ilgili alanlarda artan kullanımı göz önüne alındığında, sanal gerçeklik müdahalelerinin hasta yönetiminde güçlü araçlar olma potansiyeli olduğu söylenebilir. Bir hastalığı tedavi etmekten ziyade bireye bakım vermeye odaklanan, merkezinde bireyin yer aldığı örgütsel bir model anlayışını ele alan sanal gerçeklik uygulamalarının; hastalığın yönetimini etkileme, hastanın bir bütün olarak ele alınmasıyla bakıma dahil edilmesi ve hasta uyumunu arttırma gibi birçok alanda olumlu etkilerinin olduğu bildirilmiştir. Sanal gerçeklikteki doğal etkileşim, bireylerin belirlenen görevlere katılımını kolaylaştırmasının yanı sıra sanal gerçeklik uygulamaları kullanıcıların ihtiyaçlarına ve yeteneklerine uyarlanabilecek gerçek zamanlı geri bildirimler sunmaktadır. Bu derlemenin amacı, sağlık alanında kullanılan sanal gerçeklik uygulamaları ve bakım sürecine olan etkilerini incelemektir.Article Expressions of the Satellite Repeat Hsat5 and Transposable Elements Are Implicated in Disease Progression and Survival in Glioma(Tubitak Scientific & Technological Research Council Turkey, 2024-08-23) Köse, Sıla Naz; Yaraş, Tutku; Bursalı, Ahmet; Oktay, Yavuz; Yandım, Cihangir; Karakulah, GökhanThe glioma genome encompasses a complex array of dysregulatory events, presenting a formidable challenge in managing this devastating disease. Despite the widespread distribution of repeat and transposable elements across the human genome, their involvement in glioma's molecular pathology and patient survival remains largely unexplored. In this study, we aimed to characterize the links between the expressions of repeat/transposable elements with disease progression and survival in glioma patients. Hence, we analyzed the expression levels of satellite repeats and transposons along with genes in low-grade glioma (LGG) and high-grade glioma (HGG). Endogenous transposable elements LTR5 and HERV_a-int exhibited higher expression in HGG patients, along with immune response-related genes. Altogether, 16 transposable elements were associated with slower progression of disease in LGG patients. Conversely, 22 transposons and the HSAT5 satellite repeat were linked to a shorter event-free survival in HGG patients. Intriguingly, our weighted gene coexpression network analysis (WGCNA) disclosed that the HSAT5 satellite repeat resided in the same module network with genes implicated in chromosome segregation and nuclear division; potentially hinting at its contribution to disease pathogenesis. Collectively, we report for the first time that repeat and/or transposon expression could be related to disease progression and survival in glioma. The expressions of these elements seem to exert a protective effect during LGG-to-HGG progression, whereas they could have a detrimental impact once HGG is established. The results presented herein could serve as a foundation for further experimental work aimed at elucidating the molecular regulation of glioma genome.Article Concurrent Diagnosis of Sjogren’s Syndrome and Polycthemia Vera: a Rare Co-Existence(2023-12-17) Ünal, Serkan; Kocaer, Sinem BurcuThis case report explores the unprecedented concurrent diagnosis of Sjogren’s syndrome (pSS) and polycythemia vera (PV) in a 62-year-old woman presenting with erythrocytosis, classic pSS symptoms, and a positive JAK2-V617F mutation. While autoimmune diseases and hematological malignancies frequently coexist, the combination of PV and pSS has not been previously documented. Despite recurrent phlebotomies for PV, the patient experienced persistent symptoms and elevated inflammatory markers. The case underscores the complexity of managing rare coexisting conditions, emphasizing the importance of considering a broad spectrum of hematological malignancies in primary SS patients. The patient is currently receiving hydroxyurea and hydroxychloroquine with regular follow-ups, shedding light on the challenges associated with the treatment of such unique clinical scenarios. This report contributes to the medical literature by expanding our understanding of potential associations between autoimmune disorders and hematological malignancies beyond conventional patterns.Article Demir Yükü Artmış Karaciğerde İnce İğne Aspirasyon Sitolojisi (iias) ve Tru-cut Biyopsisi: Deneysel Bir Çalışma(2023-01-02) Adalı, Yasemen; Eroğlu, Hüseyin Avni; Makav, Mustafa; Karayol, Sunay Sibel; Fındık Güvendi, Gülname; Gök, Mustafa; Guvendi, Gulname FindikAmaç: İnce iğne aspirasyon sitolojisi (İİAS) tru-cut biyopsiye göre daha güvenli, basit, hızlı ve uygun maliyetlidir ve hasta uyumu genellikle daha iyidir. Birçok organda kullanılan İİAS’nin karaciğerdeki parankimal hastalıklarda kullanımına ilişkin fazla veri yoktur. Bu nedenle bu çalışmada İİAS’nin demir birikimini ve karaciğer hasarını göstermedeki faydası değerlendirilmiştir. Yöntem: Çalışmada 2 kontrol grubu yer aldı. Çalışma sonunda herhangi bir uygulama yapılmayan bu gruplardan İİAS ve tru-cut biyopsi örnekleri alındı. Yirmi sekiz gün süreyle intraperitoneal demir dekstran (88 mg/kg) verilerek demir yüklenmesi oluşturulduktan sonra çalışma gruplarına İİAS ve tru-cut biyopsi işlemleri de yapıldı. Preparatlarda hepatosit hasarı, enflamasyon ve demir birikimi histopatolojik olarak değerlendirildi. Hepatektomi materyaline göre her iki yöntemin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif ve negatif prediktifliği ve tanısal doğruluğu hesaplandı. Bulgular: Hepatosit hasarında; sensitivite (%60), tanısal doğruluk (%66,7) ve negatif öngörü (%50) tru-cut grubunda anlamlı olarak daha yüksek bulundu. Enflamasyonun değerlendirilmesinde yöntemlerin birbirine üstün olmadığı ve İİAS’nin demir birikiminde %83,3 duyarlılık ve tanısal doğrulukla tru-cut biyopsi oranlarına (%100) neredeyse yaklaştığı görüldü. Sonuç: Demire bağlı karaciğer hasarında altın standart doku incelemesi olmalı, bu nedenle tru-cut biyopsi ilk seçenek olmalıdır. Ancak mevcut çalışma sonuçlarına dayanarak tru-cut biyopsinin kullanılamadığı kanamaya yatkınlık, cerrahi erişimin mümkün olmaması, eşlik eden farklı hastalıkların varlığı ya da hasta oryantasyonu ve kooperasyonunun zayıf olduğu durumlarda İİAS’nin daha invaziv seçeneklere göre tercih edilebileceği önerilmektedir.Article Trafik Kazasına Bağlı Kafa Travması Sonrası Maluliyet Değerlendirme Kuruluna Başvuran Olguların Nöropsikiyatrik Sekeller Açısından İncelenmesi(2023-12-01) Ünaldı, Şeyma Tuğçe; Poyraz, Turan; Bora, İbrahim Emre; Can, İsmail ÖzgürAmaç: Travma, az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde, ölümlerin en önemli nedenidir. Beyin, kraniyum ve skalp gibi koruyucu katmanlara sahip olmasına rağmen, çeşitli travmalar sonucu kalıcı nörolojik ve psikiyatrik sekellere neden olacak şekilde hasarlanabilir. Çalışmamızda trafik kazasına bağlı kafa travması sonrası maluliyet açısından değerlendirilmek üzere Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Adli Tıp Anabilim Dalı’na başvuran hastaların demografik verilerini değerlendirmeyi, nöropsikiyatrik sekelleri değerlendirme aşamasında objektif veri kriterlerinin gerekli olduğunu vurgulamayı amaçladık. Yöntem: 01.01.2019-31.12.2020 tarihleri arasında anabilim dalımız maluliyet kurulunda değerlendirmesi yapılan kafa travmalı olgular sosyodemografik özellikleri, olaydan sonra gelişen nöropsikiyatrik şikayetleri, nöropsikolojik test sonuçları ve işgöremezlik oranı/süresi açısından incelenmiştir. Bulgular: Çalışma süresinde araştırılan hastalardan 579’unda kafa travması meydana geldiği, 579 hastanın 173’ünde kafa içi yaralanmaya bağlı nöropsikiyatrik sekel olduğu ve buna bağlı iş göremezlik oranı belirlendiği görüldü. Olguların %79,2’sinin erkek, %20,8’inin kadın olduğu, yaş ortalamalarının 29,6±15,6 olduğu gözlendi. Çalışma sonucunda en sık 113 olguda (%65,3) unutkanlık, 60 olguda (%34,6) baş ağrısı, 48 olguda (%27,7) psikiyatrik bulgular saptanmıştır. Sonuç: Çalışma sonucunda kafa travmalarına bağlı gelişen nöropsikiyatrik sekellerin oldukça yaygın ve çeşitli olduğu görülmüştür. Travma sonrası klinik tablonun ve travmanın şiddetinin objektif kriterlerle değerlendirilmesi gerekmektedir. Ayrıntılı muayene, nöropsikolojik test ve radyolojik tetkikler bu tip olguların gözden kaçırılmasını önleyecektir.Article The first uniportal VATS sleeve lobectomy in Türkiye: A case report(2024) Hakkı ULUTAŞ; Gülçek, İlham; Kalkan, Muhammed; Ulutas, HakkıIn recent years, video-assisted thoracic surgery (VATS) has become the gold standard approach in the surgical treatment of early-stage non-small cell lung cancer. Especially in cases of central tumors, sleeve lobectomies that preserve parenchyma and respiratory reserves are performed instead of pneumonectomies by experienced clinics. Here, we present the first case of uniportal VATS right bronchial sleeve upper lobectomy for right main bronchial invasion in Turkey, which was successfully performed in August 2022. A patient diagnosed with laryngeal carcinoma who had been in remission for 5 years complained of a cough. Computed thoracic tomography showed hilar peribronchial thickening and an endobronchial lesion (EBL) extending from the right upper lobe bronchus to the main bronchus, almost completely obstructing the upper lobe bronchus. Bronchoscopy revealed that the right upper lobe entrance was obstructed with EBL, and its distance to the carina was 1.6 cm. Bronchoscopic biopsy revealed squamous cell carcinoma. The thorax was entered through an incision of approximately 3 cm in the right fifth intercostal space. First, the right upper lobe pulmonary arteries and superior pulmonary vein were dissected and cut. The main bronchus was divided until the intermediate bronchus. With the help of an endoscissor, the main and intermediate bronchus were incised with appropriate surgical margins, and the lobectomy material was removed. Both macroscopic appearance and frozen and microscopic main and intermediate bronchus surgical margin tumor negativity were confirmed. One suture was passed through the lateral cartilage from the inside out, and the needle was fixed to the posterior pleura. Membranous and cartilage parts were continuously anastomosed with a double-needle 3/0 prolene suture at 2–3 mm intervals. Pathological evaluation confirmed squamous cell carcinoma with a tumor diameter of 1.7 cm, hilar 1/11 lymph node metastasis, and negative surgical margin. Adhering to oncologic principles, sleeve resections, which are difficult even with the currently known open techniques, can be performed effectively and safely with uniportal VATS in experienced centers.Article Chebyshev Polynomial Solution for the Sir Model of Covid 19(2023-12-31) Özdek, DemetIn this study, we deal with solving numerically initial value problem of a mathematical model of COVID-19 pandemic in Turkey. This model is a SIR model consisting of a nonlinear system of differential equations. In order to solve these equations, a collocation approach based on the Chebyshev polynomials is used. Chebyshev polynomials are orthonormal polynomials and the orthonormality reduces the computation cost of the method as an advantage. Another advantage is that the present method does not require any discretization of the domain. So the method is easy to implement. The main idea of the method is to convert the model to a system of nonlinear algebraic equations. For this we write the approximate solution of the system and its first derivative as the truncated series of Chebyshev polynomials with unknown coefficients in matrix forms and then utilizing the collocation points, the SIR model is converted to a system of the nonlinear equations. The obtained system is solved for the unknown coefficients of the assumed Chebyshev polynomial solution by MATLAB, and so the approximate solution is obtained. In order to check the robustness of the method, residual error of the solution is reviewed. The results show that the method is efficient and accurate.Letter Citation - WoS: 1Citation - Scopus: 1About The Article Titled “a Different Scintigraphic Perspective On The Systolic Function Of The Left Ventricle-1” [“sol Ventrikül Sistolik Fonksiyonuna Sintigrafik Olarak Farklı Bir Bakış Açısı-1” Başlıklı Makale Hakkında](Galenos Publishing House, 2024-02-23) Taşçı, Cengiz; Tascs, Cengiz[No abstract available]