TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
749 results
Filters
Settings
Search Results
Article Symmetric Orthogonalization and Probabilistic Weights in Resource Quantification(Tubitak Scientific & Technological Research Council Turkey, 2026-02-18) Torun, GokhanTransforming nonorthogonal bases into orthogonal ones often compromises essential properties or physical meaning in quantum systems. Here, we demonstrate that Löwdin symmetric orthogonalization (LSO) outperforms the widely used Gram-Schmidt orthogonalization (GSO) in characterizing and quantifying quantum resources, with particular emphasis on coherence and superposition. We employ LSO both to construct an orthogonal basis from a nonorthogonal one and to obtain a nonorthogonal basis from an orthogonal set, thereby mitigating ambiguity related to the basis choice in defining quantum coherence. Unlike GSO, which depends on the ordering of input states, LSO applies a symmetric transformation that treats all vectors equally and minimizes deviation from the original basis. This procedure yields basis sets with enhanced stability, preserving the closest possible correspondence to the original physical states while satisfying orthogonality. Building on LSO, we also introduce Löwdin weights - probabilistic weights for nonorthogonal representations that provide a consistent measure of resource content. We explicitly contrast these with Chirgwin-Coulson weights, demonstrating that Löwdin weights ensure nonnegativity, a prerequisite for information-theoretic measures. These weights further enable the quantification of coherence and the characterization of superposition, providing a degree of superposition as a distinct measure, as well as facilitating the assessment of state delocalization through entropy and participation ratios. Our theoretical and numerical analyses confirm LSO's superior preservation of quantum state symmetry and resource characteristics, underscoring the critical role of orthogonalization methods and Löwdin weights in resource theory frameworks involving nonorthogonal bases.Article Impact of Inspiratory Muscle Strength and Lung Function on Functional Exercise Capacity in Post-Myocardial Infarction Patients: A Cross-Sectional Study(Galenos Publishing House, 2025-09-18) Aktan, Rıdvan; Ozalevli, Sevgi; Dursun, Huseyin; Aktan, Özge Ocaker; Ocaker Aktan, OzgeOBJECTIVE: This study aims to investigate the contribution of lung function and respiratory muscle strength in predicting functional exercise capacity in post-myocardial infarction (MI) subjects. MATERIAL AND METHODS: This cross-sectional study included 56 stable post-MI subjects. Lung function was assessed using a digital spirometer, and respiratory muscle strength was measured using an intraoral pressure meter. The 6-minute walk distance (6MWD) was conducted to assess functional exercise capacity. Correlations and multiple regression analyses were performed to evaluate predictors of 6MWD, considering demographic factors, lung function, and respiratory muscle strength. The Bland-Altman plot was used to investigate the agreement between observed and predicted 6MWDs. RESULTS: Significant positive correlations were found between 6MWD and forced vital capacity (FVC)%predicted (r = 0.528, P = 0.022) and maximum inspiratory pressure (MIP)%predicted (r = 0.640, P = 0.022). Age (r = -0.350, P = 0.008) and body mass index (BMI) (r= -0.561, P < 0.001) were negatively correlated with 6MWD. The best regression model included MIP%predicted (β = 0.332, P = 0.002), BMI (β = -0.264, P = 0.012), being male (β = 0.262, P = 0.003), age (β = -0.210, P = 0.020), and FVC%predicted (β = 0.219, P = 0.026) as significant unique contributors. The final multiple linear regression model was significant [F (5, 50) = 19.08, P < 0.001] and explained 65.6% of the variance (R2 = 0.656) in the 6MWD. CONCLUSION: Lung function and respiratory muscle strength significantly contribute to functional exercise capacity in post-MI. This study emphasizes the importance of comprehensive respiratory function assessments in rehabilitation strategies to improve exercise capacity in patients with post-MI.Article Mobilizing Nature-Based Solutions Through Temporary Urban Interventions: A Civic Guide to Ephemeral Landscapes(2025) Doğu, Tuba; Hande Atmaca; Doğu, Tuba; Çetın, Hande AtmacaThe potential of permeable urban landscapes has gained increasing attention in contemporary academic scholarship on nature-based solutions (Nbs). The common thread of these solutions is related to pressing issues arising from responses to climate change caused by urban densification, necessitating innovative strategies for enhancing environmental resilience. However, these strategies often require extensive timeframes and large-scale implementation. In contrast, temporary approaches to urbanism have the potential to provide answers to these strategies by focusing on citizen-engaged, small-scale, low-cost and low-tech actions. This study engages these two planning approaches in dialogue by focusing on overlooked urban interstices—small and unnoticed impervious spaces that have significant potential to become permeable. Developing a conceptual framework, the research explores how ephemeral installations can transform these interstices into nature-based, scalable and socially engaged landscapes. Applying this framework, the study adopts prototyping as an experimental research method, structured around three phases: (1) experimentation: incorporating nature-based aggregates, (2) fabrication: forming scalable and modular tiles, and (3) dissemination: creating social value with workshops. Building over the findings of these phases, the paper concludes with a proposal for a civic urban guide that outlines all these practical strategies for activating underutilized spaces through accessible and low-maintenance interventions. The guide aims to inspire civic engagement and environmental awareness, offering a model for small-scale, bottom-up interventions in line with broader Nbs objectives. In doing so, the research proposes a comprehensive approach to urban resilience that bridges planning theories, material experimentation, and public engagement.Article İnfluenza A/B Virüs ve RSV Validasyon Standartlarının Dijital PCR ile Kantitasyonu(Ankara Microbiology Soc, 2025-07-26) Sayıner, Ayca Arzu; Bulgurcu, AlıhanMikrobiyolojik tanı laboratuvarlarında kullanılacak tanı testleri için kantitatif standartların kullanıldığı yöntem doğrulama (verification) veya geçerli kılma (validation) çalışmaları gereklidir. Nükleik asit testlerinde sentetik nükleik asit veya plazmit yerine tam virüs içeren standartların kullanılması; ekstraksiyon, revers transkripsiyon ve amplifikasyonu içerecek şekilde tanı testinin tüm basamaklarının gerçek yaşam koşullarında değerlendirilmesini sağlar. Solunum yolu virüsleri için nükleik asit testlerine yönelik ticari kantitatif standart materyaller sınırlıdır. Bu çalışmada; influenza A virüs (infA), influenza B virüs (infB) ve respiratuvar sinsityal virüs (RSV) için dijital polimeraz zincir reaksiyonu [digital polymerase chain reaction (dPCR)] kullanılarak, kantitatif nükleik asit standartları geliştirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada; RSV, infA, infB RNA pozitif olduğu bilinen nazofarengeal sürüntü örneklerinin havuzlanmasıyla hazırlanan örneklerdeki viral nükleik asit miktarı, ticari primer/prob setleri (Qiagen, Almanya) kullanılarak dPCR (QIAcuity, Qiagen) yöntemiyle belirlenmiştir. Nükleik asit ekstraksiyonu, ticari bir kit (Xi’an Tianlong Science&Technology Co, Çin) kullanılarak yapılmıştır. dPCR yönteminin infA, infB ve RSV için analitik duyarlılık (LoD) ve kantitasyon alt sınırı (LoQ), çalışma içi ve çalışmalar arası tekrarlanabilirliği ve doğrusallığı belirlenmiştir. dPCR ile çalışılan örnekler, kantitatif revers transkripsiyon gerçek zamanlı [quantitative reverse transcription realtime (qrRT)] PCR (qRT-PCR) ile de çalışılarak Ct değerleri belirlenmiştir. Ct değerleri ile dPCR-kantitasyon sonuçları arasındaki ilişki lineer regresyon ile değerlendirilmiştir. İstatistiksel analiz GraphPad Prism 10.4.0 (GraphPad, ABD) ve Excel Analysis ToolPak kullanılarak yapılmıştır. İnfA, infB ve RSV için dPCR yönteminin LoD değerleri sırasıyla 93.75, 15.59 ve 26.23 kopya/mL olarak belirlenmiştir. dPCR yönteminin çalışma içi tekrarlanabilirliği (varyasyon katsayısı, %CV), düşük viral yükü olan örneklerde daha yüksek olmak üzere 0.06-7.97 arası saptanmıştır. Çalışmalar arası tekrarlanabilirlik 0.73-5.41 olarak bulunmuştur. İnfA ve infB için 3-4 log10, RSV için 7 log10 aralığında dilüsyonlar ile yapılan doğrusallık analizinde her üç virüs için de r 2≥ 0.99 olarak bulunmuştur. dPCR ile ölçülen konsantrasyonların, qRT-PCR Ct sonuçları ile korele olduğu saptanmıştır. dPCR ile qRT-PCR testlerinin çalışma içi ve çalışmalar arası tekrarlanabilirlik sonuçları karşılaştırıldığında, dPCR’nin %CV değerinin anlamlı olarak daha düşük olduğu saptanmıştır (p= 0.0312). Çalışma sonuçları dPCR yönteminin, kantitatif nükleik asit standartları elde etmede tekrarlanabilirliği yüksek ve güvenilir bir yöntem olduğunu göstermiştir. Elde edilen kantitatif standartlar ile viral yük belirlemeye yönelik tanı yöntemleri geliştirmek ve/veya bu tür testlerin yöntem onayı analizlerini yapmak mümkündür. Sonuç olarak çalışmada, havuzlanmış hasta örnekleri kullanılarak dPCR yöntemiyle infA, infB ve RSV için güvenilir kantitatif nükleik asit standartlar elde edilmiş ve dPCR yönteminin performans analizleri gerçekleştirilmiştir. Bu çalışma, dPCR ile kantitatif viral nükleik asit standartlarının üretimine bir örnek olmuştur.Article Determining the Factors Affecting the Satisfaction of Patient in Sedoanalgesia Due to Distal Radius Fracture in Emergency Department(Galenos Publ House, 2025-05-21) Ellidokuz, Hülya; Aksay, Ersin; Oray, Nese Colak; Özgür, Sefer; Güzelce, Mustafa Can; Colak, NeseIntroduction: Patients with distal radius fractures (DRF) are frequently admitted to the emergency departments (EDs). Reduction with procedural sedation and analgesia (PSA) and followed by plaster/splint are the treatment of choice. We aimed to determine the factors affecting the satisfaction in patients with DRF undergoing PSA. Methods: This prospective, observational, cross-sectional study included 70 patients with DRF. The socio-demographic features, comorbidities, level of satisfaction with PSA procedure, physical factors of the environment, physician and patient satisfaction were evaluated. PSA satisfaction scores “1, 2 and, 3” were grouped as “dissatisfied group” and “4-5” points as “satisfied group” with the Likert scale. Patient satisfaction was compared between the groups according to the satisfaction levels. Results: The median satisfaction level was found 4 (interquartile range 4-5). Their satisfaction with the given information about the PSA procedure and the cleanliness of the area where the procedure was performed was higher in the satisfied group than the dissatisfied group (p=0.014 and p=0.007, respectively). Also, as the level of residents of emergency physicians, the satisfaction of the patients increased (p=0.025). There was no significant difference between the groups in terms of age, gender, educational status, comorbidities, fracture type, additional injury, selected sedo-analgesic drugs, Richmond Agitation Sedation Scale and, complications (p>0.05). Satisfaction was high in all physicians. Conclusion: PSA procedure was satisfactory by a majority and can be performed safely in the ED. The residency period of the physician who performed the PSA, satisfaction with the given information about PSA and the cleanliness of the area were affecting the patient satisfaction.Article Virtual Drug Screening Study to Discover Novel ERAP1 Allosteric Site Inhibitors for the Treatment of Ankylosing Spondylitis (AS)(Marmara Univ, Fac Pharmacy, 2025-04-08) Portakal, Hüseyin Saygın; Alp, Beste; Akyol, MertcanEndoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (ERAP1) is one of the key molecules in the antigen presentation process. To date, associations of ERAP1 with Ankylosing Spondylitis (AS) have been revealed with strong data. As such, to target the allosteric site of ERAP1 exhibits a therapeutic potential in the treatment of AS. In this paper, 9,800 ligands from “FDA-Approved Drugs'', “World-not-FDA Approved Drugs'', and “Drugs in Clinical Trials'' datasets of ZINC15 database were screened to the allosteric site of ERAP1. The best scored drugs are filtered with ADME analysis, the toxicity and bioactivity profiles of the discovered drugs and the known inhibitors were investigated. Results revealed that ZINC000100052688 (Ventavis), ZINC000004217466, and ZINC000024760115 (Dactolicib) follow the Lipinski’s rule of five and have -10.0 kcal/mole, -9.8 kcal/mole, and -9.7 kcal/mole binding affinities to allosteric site of ERAP1, respectively. Furthermore, ZINC000004217466 is the most promising since it has high protease and enzyme inhibitory activity with no toxicity. Due to that to date, only few chemical ligands recognizing ERAP1 regulatory site have been synthesized, to reveal possible repurposable drugs is quite promising, and ZINC000004217466 is the best candidate among 9,800 drugs since it has rather binding affinity, proper chemical properties, no toxicity, and high bioactivity in the inhibition of ERAP1 regulatory site.Article Exploring the Potential of Lavandula stoechas in Smoking Cessation: A Molecular Docking Study of α4β2 Nicotinic Acetylcholine Receptor Interactions(Istanbul Univ, Fac Pharmacy, 2025-05-07) Barış, Elif; Portakal, Hüseyin SaygınBackground: Lavandula stoechas, commonly known as lavender, has traditionally been used in various therapeutic applications, including smoking cessation. The molecular interaction of Lavandula stoechas compounds with the α4β2 nicotinic acetylcholine receptors, which are crucial for smoking cessation, is not well understood. This study aims to analyze these interactions and compare them with the known smoking cessation drug varenicline tartrate. Methods: Molecular docking analysis was performed on essential compounds of Lavandula stoechas to assess their binding affinities to the α4β2 nicotinic acetylcholine receptors. The study utilized the crystal structure of the receptor and conducted virtual drug screening using AutoDock Vina in the PyRx Virtual Screening Tool. ADME (Absorption, Distribution, Metabolism, and Excretion) and toxicity profiles were also predicted using in silico methods. Results: The molecular docking revealed that several Lavandula stoechas compounds exhibited signif7 icant binding affinities to the α4β2 receptor. Compounds with the highest binding affinities were identified and compared with varenicline. The ADME and toxicity profiles indicated that these compounds had more favorable properties than varenicline, suggesting their potential as alternative smoking cessation agents. Discussion: The findings demonstrate that Lavandula stoechas contains compounds with significant binding affinities to the α4β2 nicotinic acetylcholine receptors, similar to varenicline. This indicates a potential role for Lavandula stoechas in smoking cessation therapy. The favorable ADME and toxicity profiles of these compounds further support their potential as alternatives to current smoking cessation drugs. This study paves the way for further research into the therapeutic applications of Lavandula stoechas in smoking cessation.Article Aile Hekimlerinin Sağlıklı Yaşam Biçimi Davranışlarının ve Klinik Uygulamalarında Yaşam Biçimi Tıbbının Değerlendirilmesi(Galenos Publishing House, 2025-04-15) Semin, Ilgi; Kazdağlı, Hasan; Gökdemir, Özden; Semin, Makbule IlgiAmaç: Bu çalışmanın amacı, aile hekimlerinin sağlıklı yaşam biçimi davranışlarını değerlendirmek ve klinik uygulamalarında yaşam biçimi tıbbına yönelik katılımlarını incelemektir. Yöntemler: Temmuz 2018 ile Ağustos 2019 tarihleri arasında aile hekimlerinden veri toplamak amacıyla çevrimiçi bir anket geliştirildi. Tanımlayıcı ve korelasyonel bir araştırma deseni kullanıldı. Çalışmada uygulanan anket, “katılımcıların kişisel bilgileri” ve “Sağlıklı Yaşam Biçimleri Davranış Ölçeği-II”i içermektedir. Kesitsel bir çalışma olarak tasarlanan bu araştırmada, örneklem kolayda örnekleme metodu ile sekiz ülkeden belirlenmiştir, ve anketler katılımcılara elektronik ortamda uygulanmıştır. Katılımcılara anketin süresi, veri saklama işlemleri, saklama süresi, araştırmacıların kimliği ve çalışmanın amacı hakkında bilgi verilmiştir. Bulgular: Çalışmaya 131 aile hekimi katılmış olup, erkek katılımcı oranı daha yüksek bulunmuştur. Sigara içme sıklığının Türk aile hekimleri arasında anlamlı derecede yüksek olduğu tespit edilmiştir (p=0,013). Ancak, ölçek toplam puanı veya altı boyutta alınan puanlar açısından aile hekimleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır. Sonuç: Çoğu aile hekimi, bu alanda daha fazla eğitim almak istediklerini belirtmiştir, bu da tıp fakültelerinin müfredatına eğitim müdahalelerin dahil edilmesi gerekliliğini göstermektedir. Ayrıca, iyi yapılandırılmış web tabanlı kitlesel çevrimiçi kurslar, aile hekimlerinin sağlıklı yaşam biçimi davranışları ve yaşam biçimi tıbbı uygulamalarına yönelik eğitim gereksinimlerini karşılamada etkili bir çözüm olabilir.Article Which Measures and Parameters of Heart Rate Variability Analysis May Be Useful for Early Detection and Predicting Prognosis of Sepsis? a Systematic Review(Galenos Publ House, 2025-02-26) Ozel, Hasan Fehmı; Kazdağlı, HasanSepsis, kardiyovasküler, solunum ve termoregülasyon gibi sistemlerde patolojik değişikliklere neden olur. Bu değişiklikler de kalp hızı değişkenliğinde (HRV) alterasyonlara neden olur. Vital bulgularda veya hastalığın klinik sunumunda herhangi bir değişiklik olmasa bile, enfeksiyona bağlı olarak sempatik sinir sistemi aktivasyonu nedeniyle HRV parametreleri değişebilir. Bu sistematik derlemedeki amacımız, literatürü inceleyerek sepsise ilişkin HRV ölçümlerini ve parametrelerini sunmak ve bunların sepsisin şiddetini ve ölüm riskini tahmin etmedeki olası rolünü araştırmaktır. Veritabanları, Nisan 1996 - Mayıs 2023 tarihleri arasında İngilizce dilinde yayınlanmış sepsis üzerine HRV analizlerini insan çalışmalarını bildiren orijinal araştırma makaleleri için tarandı. Makale araması tamamlandıktan sonra, 79 makale daha ayrıntılı bir değerlendirmeye tabi tutulmak üzere seçildi ve bu makalelerin tam metinleri incelendikten sonra 13 makale kriterlere uygun olarak sınıflandırıldı. Her HRV parametrelerinin ortalama değerleri her çalışmanın örnek büyüklüğüne göre düzeltildi ve genel ortalamalar hesaplandı. İstatistiksel karşılaştırmalar Wilcoxon eşleştirilmiş diziler testi ile yapıldı. Toplam 1453 hastanın yer aldığı dokuz çalışma dahil edildi, ortalama yaş 64,24 yıl ve tüm katılımcıların %53,9’u erkekti. Dahil edilen çalışmaların hepsi zaman, frekans domain analizi gerçekleştirdi ve dört tanesi bu analizlere ek olarak doğrusal olmayan analizler gerçekleştirdi. Dokuz çalışmanın yedisini acil serviste ve ikisini hastanelerin yoğun bakım ünitelerinde gerçekleştirildi. Altı çalışma sağ kalanlar ile hayatını kaybedenler arasındaki parametreleri, üç çalışma ise sepsisin farklı şiddet seviyeleri arasındaki parametreleri karşılaştırdı. SDNN, RMSSD, SDNN, HTI, LFnu, HFnu, LF/HF oranı, SD1, SD2, eğilimsiz dalgalanma analizi (DFA)α1 ve DFAα2, sepsis sonucuyla ilişkili gibi görünmektedir. Bu nedenle, sepsisin erken teşhisi için bu parametrelerin izlenmesinin faydalı olabilir.Article Experimental Study of Evolution of Breach Resulting From Piping at Upper Part of Earth-Fill Dam(Turkish Chamber Civil Engineers, 2025-03-01) Guney, Mehmet Sukru; Tayfur, Gokmen; Bor, Asli; Okan, Merve; Dumlu, Emre; Aklık, PelinPiping and overtopping are the most important causes of earth-fill dam failure. Such dams may erode under seepage, causing a reduction in the structural strength. The aim of this study was to investigate the temporal evolution of the breach and flow rate from the breach resulting from the piping in earth-fill dams. The experiments were carried out at Hydraulics Laboratory of Civil Engineering Department of İzmir University of Economics. The dam was constructed by using a mixture consisting of 85 % sand and 15 % fine (low plasticity clay). In the first scenario a circular tunnel with a diameter of 2 cm was created along the centreline at 6 cm below the dam crest whereas in the second one it was located at the upper edge. Six cameras at different locations recorded the evolution of the progress of the breach formation. The pump flow rate was measured by magnetic flow meter, and the continuity equation was used to calculate the flow rate values from the breach. The time-varied values of the total breach areas were determined using the Gauss Area formula. The image processing method was also applied in the determination of the breach areas. The time-dependent changes of water depth in the channel were also recorded. The obtained experimental findings are presented and commented, together with the universal dimensionless curves. The failure of the dams occurred mainly because of the head cut erosion developed from downstream to upstream. When breaching started, the orifice flow was converted to open channel flow where breach bottom behaved like a broad crested weir. In the second scenario, the rigid lateral side considerably influenced the flow rate and the development of the breach. The peak flow rate corresponding to the first scenario was found approximately 2.3 times greater than that of the second one. The maximum values of all the breach parameters were reached earlier in the case of the seepage along the centerline. The ratios between the values corresponding to the first and the second scenarios were found as 3.25 and 1.75 for maximum breach areas at downstream and at upstream sides, respectively. These ratios were 2.44 and 1.37 for the average breach widths at downstream and upstream sides, respectively. A very good agreement was found between the area values obtained from Gauss area method and image processing technique, in both scenarios. This fact demonstrated that either of these two approaches can be used to determine the time-dependent breach areas. These experimental findings provide the opportunities for the calibration and validation of the numerical models used in the relevant numerical investigations. This study also offers guidance for the strategies concerning emergency action plans related to the failure of homogeneous earth-fill dams when the piping starts at upper part of the homogeneous earth-fill dams.