TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / TR Dizin Indexed Publications Collection
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14365/4
Browse
8 results
Search Results
Research Project Raw 264.7 Makrofaj Hücre Kültüründe Lipopolisakkarid ile Oluşturulan in Vitro Sepsis Modelinde Vareniklinin İnflamasyon ve Migrasyon Süreçleri Üzerine Alfa7 Nikotinik Asetilkolin Reseptörü Aracılı Etkileri(2020) Arici, M. Aylin; Barış, Elif; Efe, Hande; Tosun, Metiner; Gümüştekin, MukaddesVücutta oluşan sistemik bir inflamatuvar yanıt olan sepsiste gelişen inflamasyonun kontrolünde kolinerjik antiinflamatuvar yolak önemli bir işlev görmektedir. Çalışmamızda, fare RAW 264.7 makrofaj hücrelerinde lipopolisakkarit (LPS) ile oluşturulan in vitro inflamasyon modelinde bir alfa-7 nikotinik asetilkolin reseptör (?7nAChR) agonisti olan vareniklinin inflamatuvar sitokinler, hücre proliferasyonu ve migrasyonu üzerine etkileri araştırılmıştır. Makrofaj hücrelerine artan konsantrasyonlarda (0,1-0,5-0,8-1 µM) LPS uygulaması sonucunda 24 saatte değişen sitokin konsantrasyonuna göre etkin LPS dozu belirlenmiştir. Ardından, etkin LPS dozu kullanılarak artan konsantrasyonlarda vareniklinin (1-3-10-30 µM) 24 saat sonunda sitokin düzeylerini üzerine etkisi belirlenmiş ve deksametazonun etkisi ile karşılaştırılmıştır. Vareniklin varlığında nikotinik asetilkolin reseptörlerinin (nAChR) işlevi selektif olmayan nAChR antagonisti mekamilamin; ?7nAChR'lerin işlevi ise selektif ?7nAChR antagonisti metililkakonitin ile araştırılmıştır. Vareniklinin LPS ile uyarılan hücre proliferasyonu ve migrasyonuna olan etkisi gerçek zamanlı olarak incelenmiştir. LPS uygulamasından 24 saat sonra hücreler toplanmış ve ELISA ile IL-1ß, IL-6 ve TNF? seviyeleri belirlenmiştir. İlaç uygulamalarından 24 saat sonra gerçek zamanlı hücre proliferasyonu ve migrasyon testleri yapılmıştır. Vareniklin, konsantrasyona bağlı olarak (1-3-10-30 µM), deksametazon uygulamasına benzer şekilde, LPS uygulamasına bağlı 24 saat sonra artan IL-1ß, IL-6 ve TNF? düzeyleri azaltmıştır. Bulgularımız, vareniklinin LPS ile uyarılan IL-1ß, IL-6 ve TNF? düzeylerini çoğunlukla ?7nAChR aracılığı ile azaltığını düşündürmektedir. Ek olarak, vareniklin LPS kaynaklı hücre proliferasyonunu ve migrasyonunu inhibe etmektedir. Vareniklinin, antiproliferatif etkinliğinden farklı olarak, migrasyonu ?7nAChR aktivasyonu ile baskıladığı gözlenmektedir. Sonuç olarak bulgularımız, ?7nAChR agonisti vareniklinin kolinerjik antiinflamatuvar yolak üzerine etki ederek makrofaj proliferasyonu ve migrasyonunun yanı sıra sitokin salıverilişini de baskılayarak antiinflamatuvar etkinlik gösterdiğini düşündürmektedir.Research Project İnsan Primer Fibroblast Hücre Kültür Karakterizasyonu İçin Biyosensör Geliştirilmesi(2021) Akdoğan, Gül; Demirdover, Cenk; Uygun, Zihni Onur; Sağın, Ferhan GirginHücre Kültürü, deneysel çalışmaların vazgeçilmez araçlarından biridir. Üç boyutlu organizmanın doğrudan kullanılamadığı pek çok deneysel çalışmanın uygulanabilir modeli olarak tercih edilmektedir. Herhangi bir doku parçası mekanik ya da enzimatik yollarla belirli hücreler elde etmek için kültüre edilebilir. Bu kültür işlerinin inceliklerinin yanında, primer kültürlerde ayrıca dikkat edilmesi gereken en önemli nokta, heterojen bir hücre topluluğunun içinden kendi ilgilendiğimiz hücre topluluğunun karakterizasyonunu yaparak deneylere bu hücreler üzerinden devam edebilmektir. Bu projede, ticari olarak elde edilebilen hücre hattının, ya da stabil ve kanıtlanmış bir deney hayvanı modelinin bulunmadığı durumlarda sıklıkla tercih edilen ve insandan doğrudan elde edilen primer kültürler üzerinde durulmuştur. Bu projenin amacı; çeşitli dokulardan elde edilen primer fibroblast hücre kültürlerinin karakterizasyonu için fibroblast biyobelirteci olarak bilinen ısı şok proteini 47 (HSP47) proteinini tanıyan bir biyosensör geliştirilmesinin sağlanmasıdır. Biyosensörler, analit ve biyoaktif molekül ilişkisine dayalı olarak geliştirilen ucuz, güvenilir ve hızlı ölçüm sistemleridir. HSP47 biyosensörünün geliştirilmesi için, spesifik moleküller olan antikorların, dönüştürücü yüzeyinin modifikasyonundan sonra yüzeye immobilize edilmesi ve bundan sonra da HSP-47 molekülü ile antikor arasındaki afiniteye bağlı olarak yüzeyin elektrokimyasal olarak incelenmesi gerçekleştirilmiştir. Bunun için altın nanopartikül elektrotlar kullanılmış ve grafen oksit ile modifiye edilmişlerdir. Biyosensörün performansı hem standartlarda hem de hücrelerde test edilmiştir. Biyosensörün düşük tespit limiti (LOD) ve lineer tespit limiti (LOQ) sırasıyla 0,06 ng/mL ve 0,183 ng/mL olarak hesaplandı. Doğrusal ölçüm aralığı 10-160 pg/mL arasında elde edildi. Böylece literatürde ilk kez HSP47?nin primer fibroblast kültürlerinde belirlenmesi için impedimetrik bir biyosensör geliştirilmiş oldu.Article Hepatit C Virusunun Genomik Varyasyonları ve Kliniğe Etkileri(2015) Abacıoğlu, Yusuf Hakan; Ergünay, KorayHepatit C virusu (HCV), tüm dünyada yaygın olarak bulunan, 110 milyonu aşkın kişiyi enfekte etmiş, ciddi bir halk sağlığı tehdidi oluşturan kronik hepatit etkenidir. Maruziyetin ardından, kronik hastalık riski yüksek olan ve koruyucu bir aşısı bulunmayan HCV; siroz, transplantasyon gerektiren karaciğer yetmezliği ve hepatoselüler karsinomun önde gelen enfeksiyöz etkenleri arasında yer almaktadır. Replikasyon mekanizmaları ve konaktaki enfeksiyon dinamikleri nedeniyle, virus, enfekte kişilerde türümsüler (quasispecies) olarak tanımlanan, birbirine çok benzer genetik varyantları içeren bir popülasyon halinde bulunur. HCV enfeksiyonlarında patogenez ve hastalığın ilerleyişi, virusa ait genetik çeşitlilik ve türümsü kompozisyonlarında izlenen değişikliklerle doğrudan ilgilidir. Virus, yüksek düzey çeşitlilik gösteren varyant havuzundan, iç ya da dış kaynaklı seçici baskıların varlığında replikasyonunu sürdürebilecek mutantların oluşumu ile, hastalık patogenezini devam ettirir. Enfeksiyon süresince, türümsüler birçok değişikliğe uğrar ve konağın hümoral ve hücresel yanıtından kaçan mutantlar, antiviral tedaviye karşı da dirençli mutantların oluşumu için zemin hazırlar. Yeni jenerasyon dizileme tekniklerinin de katkısıyla, HCV'nin kökeni ve epidemiyolojisi, ayrıca hastalık süreçlerinde izlenen genomik çeşitlilik üzerine birçok güncel bilgi elde edilmiştir. Bu derlemede, HCV'nin genetik çeşitliliğini oluşturan temel mekanizmalar ve klinik gidişle bağlantılı olarak konakla olan etkileşimler; virus ve konak yönünden hümoral ve hücresel immün yanıt, enfeksiyonun erken ve geç dönemlerindeki değişiklikler ve kronik enfeksiyona ilerleme süreci açılarından ele alınmaktadır. Ek olarak virus epidemiyolojisi ve moleküler evrimi üzerine güncel bulgular, türler arası ve popülasyon perspektifl erinden yorumlanmaktadır. Doğrudan etkili antivirallere dayalı rejimlerin uygulamaya girdiği günümüzde, genetik varyasyonlar ve tedaviye direnç ile ilişkileri, güncel saptama yöntemleri de özetlenerek tartışılmaktadırArticle Yabani Kemiricilerde Eski Dünya Hantavirus Igg Antikorlarının Saptanması için Elısa ve İmmünoblot Yöntemlerinin Optimizasyonu(2016) Sözen, Mustafa; Öktem, İbrahim Mehmet Ali; Polat, Ceylan; Abacıoğlu, Yusuf Hakan; Karataş, Ahmet; Matur, FerhatHantaviruslar, enfekte kemiricilerin salya, dışkı ve idrar gibi salgılarında bulunan virus partiküllerinin solunması ya da enfekte kemiricilerle direkt temas sonucu insanlara bulaşmaktadır. Ülkemizde, hantavirus tiplerinden Dobrava (DOBV), Puumala (PUUV), Saaremaa (SAAV), Tula (TULV) ve Seoul (SEOV) viruslarının taşıyıcısı olan kemirici türleri bulunmaktadır. Türkiye'deki kemiricilerde hantaviruslara özgül antikor varlığı, ilk kez 2004 yılında Karadeniz ve Ege bölgelerinden toplanan kemiricilerde gösterilmiştir. İlk renal sendromlu kanamalı ateş (RSKA) olguları ise 2009 yılında yine Karadeniz bölgesinden bildirilmiştir. Yaban hayatı ve sahadaki kemirici popülasyonlarında hantavirus prevalansının önceden belirlenmesi, hantaviruslara bağlı olguların durumu hakkında bilgi edinilmesi ve sahadaki risk durumunun ortaya konması açısından önem taşımaktadır. Kemiricilere ait örneklerin, DOBV ve PUUV gibi Avrasya'da sık görülen ve ülkemizde de görüldüğü bilinen bazı RSKA etkenleri açısından taranmasında kullanılabilecek şekilde optimize edilmiş bir ticari ürün bulunmamaktadır. Bu çalışmada, insan serumlarının taranması için üretilmiş, ticari enzim temelli immünolojik yöntem (ELISA) ve immünoblot testlerine ait antijenler kullanılarak, kemirici örneklerinde hantavirusa özgül antikorların taranmasına uygun testlerin optimizasyonu sağlanmıştır. ELISA (Anti-Hantavirus Pool ELISA; Euroimmun, Almanya) ve immünoblot (Euroline Anti-Hanta Profi le 1 strips; Euroimmun, Almanya) yöntemlerinin optimizasyonu için, en uygun serum ve konjugat dilüsyonları denenmiş ve ELISA yöntemi tarama, immünoblot yöntemi ise doğrulama amacıyla kullanılmıştır. Belirlenen bu prosedür ile, Apodemus ve Microtus türlerinden 84 kemiriciye ait serum örnekleri değerlendirilmiş ve elde edilen sonuçlar ile optimize edilen ELISA yönteminin eşik değeri, duyarlılık ve özgüllüğü saptanmıştır. ELISA yönteminin optimizasyonu için 1/50, 1/100 ve 1/200 serum dilüsyonları ile 1/10.000, 1/20.000 ve 1/40.000 konjugat dilüsyonları; immünoblot yönteminin optimizasyonu için ise 1/50 ve 1/100 serum dilüsyonları ile 1/5.000 ve 1/10.000 konjugat dilüsyonları değerlendirilmiştir. ELISA için "horseradish" peroksidaz enzimi ile işaretli keçi anti-fare IgG konjugatı, immünoblot için ise alkalen fosfataz ile işaretli keçi anti-fare IgG konjugatı kullanılmıştır. İnkübasyon süresi, yıkama sayısı ve substrat seçimi için üretici fi rmanın protokolü uygulanmıştır. ELISA yöntemi için 1/50 serum dilüsyonu ve 1/10.000 konjugat dilüsyonu, immünoblot için ise 1/100 serum dilüsyonu ve 1/5.000 konjugat dilüsyonu optimal değerler olarak belirlenmiştir. Optimize edilen ELISA yöntemiyle, belirlenen eşik değerine (ODantikor varlığı saptanmıştır. Doğrulama amacıyla kullanılan optimize immünoblot yöntemiyle ise, ELISA ile pozitif bulunan 22 örneğin -serum yetersizliği nedeniyle- 20'si çalışılmış ve 17'sinde DOBV antikor pozitifl iği saptanmıştır. Bu kemiricilerden 11'i Apodemus fl avicollis, üçü Apodemus agrarius, ikisi Microtus guentheri ve biri de Apodemus sylvaticus türlerine aittir. Her iki yöntem ile elde edilen sonuçlar karşılaştırıldığında, optimize ELISA yönteminin %100 duyarlılık ve %95 özgüllükte olduğu belirlenmiştir. Bu çalışma ile kemirici serumlarının taranmasında kullanılabilecek, kolaylıkla ulaşılabilen ticari ürünlerden elde edilen antijenlerin kullanıldığı, hızlı ve güvenilir sonuç veren bir yöntem oluşturulmuştur. Benzer çalışmalar ile farklı türden kemiricilere yönelik olarak optimize edilecek serolojik yöntemler, alanda aktif izlem ve denetleme çalışmalarının gerçekleştirilmesi açısından büyük önem taşımaktadır.Article Covıd-19 Tedavisinde Kullanılan İlaçların Güvenliliği(2021) Gümüştekin, Mukaddes; Barış, Elif; Arici, M. AylinCOVID 19 hastalığı etkeni SARS CoV 2, ateş, öksürük, nefes darlığı gibi semptomlara neden olan bir virüstür. Ülkemizi ve tüm dünyayı etkileyen COVID 19 pandemisinde, spesifik olarak COVID 19 enfeksiyonu tedavisi için geliştirilmemiş ve farklı endikasyonlarda kullanılan ilaçların yeniden konumlandırıldığı ve tedavi ile ilgili pek çok klinik araştırmanın yürütüldüğü bilinmektedir. Hastalığın tedavisinde halen klinik araştırmalarla etkililiği ve güvenliliği tanımlanmış bir ilaç bulunmamaktadır. Tedavi yönetimi, elde edilen klinik deneyime göre güncellenmekte ve farklı ülkelerde farklı tedaviler kullanılmaktadır. Şu an için hastalığın tedavisinde kullanılan ilaçlar arasında; antiviraller, antimalaryaller, antibiyotikler, immunomodülatör ilaçlar ve antikoagulan ilaçlar ön plandadır. Tüm bu bahsedilen ilaç gruplarında yer alan ilaçların, COVID 19 hastalığında kullanımında güvenlilikleri ile ilgili olarak da bilgiler gün geçtikçe artmaktadır. Antivirallerden remdesivire bağlı karaciğer fonksiyon testlerinde yükseklik, lopinavir ritonavire bağlı hiperlipidemi, antimalaryallerden hidroksiklorokin ve antibiyotiklerden azitromisine bağlı QT uzaması, immunomodülatörlerden tosilizumaba bağlı nötropeni, antikoagulanlara bağlı ise kanama riski dikkati çekmektedir. Bu derlemede, COVID 19 hastalığı tedavisinde kullanılan ilaçlara bağlı advers reaksiyonlar literatür ışığında sunulmaktadır.Article Meme Kanseri Hücre Hatlarında Propranolol ve Paklitakselin Anjiyogenez Üzerine Etkisi(2019-03-31) Vatansever, H. Seda; Tuğlu, İbrahim; Özbilgin, Kemal; İnan, Sevinç; Şimşek, Fatma; Müftüoğlu, Sevda; Tuğlu, Mehmet İbrahim; Vatansever, SedaAmaç: Bu çalışmanın amacı infantil hemanjiyomvakalarında kullanılan propranolol (PR) ile kemoterapötikbir ajan olarak yaygın kullanılan Paklitakselin (PX) kanserhücreleri üzerine etkisini incelenmesidir.Gereç ve Yöntem: Tripan mavisi ile hücre sayımıyapılarak hücrelerin ikilenme zamanları belirlendi. MTTtesti ile de ilaçların sitotoksik etkisi ve IC50 değerleri analizedildi. İnvazyon yönünden farklı iki meme kanseri hücrehattında (MDA-MB-231 ve MCF-7) anti-VEGF, antieNOS, anti-iNOS ve anti-ERK1/2 primer antikorlarıindirek immunohistokimyasal yöntemle incelendi.İmmunoreaktivitenin değerlendirilmesi için H skorlamasistemi kullanıldı.Bulgular: MTT testi ile hücrelere uygulanacak ilaçdozlarının IC50 değerleri MDA için; PX: 5 nmol, PR: 50µm ve MCF- 7 için; PX: 3,7 nmol, PR: 50 µm olarakbulundu. İmmunohistokimyasal uygulamada kanserhücrelerinde kontrol gruplarının immunoreaktivitesişiddetli ve/veya çok şiddetli artmış iken PX, PR vekombine uygulanan ilaç gruplarında boyanma şiddetianlamlı veya çok anlamlı olarak azaldı.Sonuç: Bu çalışma ile kemoterapötik olarak uygulananpaklitaksele ek olarak anti anjiyogenik ilaç uygulamalarınındamarlarda vazodilatasyon, hücre çoğalması, göçü veyaşam süresini etkilemesi sonucunda anjiyogeneziazaltması veya önlemesi açısından meme kanserinintedavisinde önemli olduğu düşünülmüştür.Article Citation - WoS: 2Citation - Scopus: 2Optimization of Elisa and Immunoblot Methods for the Detection of Igg Antibodies Against Old World Hantaviruses in Wild Rodents(Ankara Microbiology Soc, 2016-04-07) Polat, Ceylan; Karatas, Ahmet; Sozen, Mustafa; Matur, Ferhat; Abacioglu, Hakan; Oktem, Mehmet Ali; Öktem, İbrahim Mehmet AliHantaviruses infect humans via inhalation of viral particles in infected rodents' secretions such as saliva, urine and faeces or via direct contact with infected rodents. The rodent species that are known as the carriers of Dobrava (DOBV), Puumala (PUUV), Saaremaa (SAAV), Tula (TULV) and Seoul (SEOV) viruses are found in our country. The presence of specific antibodies against hantaviruses have been demonstrated in rodents collected from Black Sea and Aegean Regions of Turkey in 2004 for the first time. The first hantavirus-related hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) cases were reported in Black Sea region in 2009. The determination of the hantavirus prevalence in wild life and rodent populations in the field is crucial for the information about hantavirus-related cases and to clarify the state of risk. There is no commercial product optimized for the screening of rodent serum samples in terms of HFRS agents like DOBV and PUUV that are widely seen in Eurasia as well as Turkey. In this study, the antigens belonging to the commercial enzyme-linked immunoassay (ELISA) and immunoblot tests that are produced for the screening of human sera were used for the development of antibody screening tests against hantavirus in rodent sera and were optimized. The most appropriate serum and conjugate dilutions were determined for the optimization of ELISA (Anti-Hantavirus Pool ELISA; Euroimmun, Germany) and immunoblot (Euroline Anti-Hanta Profile 1 strips; Euroimmun, Germany) methods. Optimized ELISA method was used for the screening and optimized immunoblot method was used for the confirmation. A total of 84 wild rodent sera that belonged to Apodemus and Microtus species were evaluated with this procedure and the cut-off value, sensitivity and specificity of optimized ELISA method were determined. For the optimization of ELISA 1/50, 1/100 and 1/200 serum dilutions and 1/10.000, 1/20.000 and 1/40.000 conjugate dilutions were tested. For the optimization of immunoblot, 1/50 and 1/100 serum dilutions and 1/5.000 and 1/10.000 conjugate dilutions were tested. The horseradish peroxidase conjugated goat anti-mouse IgG for ELISA and the alkaline phosphatase conjugated goat anti-mouse IgG for immunoblot were used. We followed the manufacturer's recommendations for the incubation parameters, substrate and the number of washes. 1/50 serum dilution and 1/10.000 conjugate dilution for ELISA and 1/100 serum dilution and 1/5.000 conjugate dilution for immunoblot were determined as optimal concentrations. By using the optimized ELISA, 26.2% (22/84) of rodents were found positive for hantavirus antibodies according the determined cut-off value (OD450/620: 0.325). By using immunoblot as a confirmatory test, 20 out of 22 ELISA positive samples could be studied because of the insufficient amount of sera and 17 of them was found positive in terms of DOBV antibodies. Of these rodents 11 were Apodemus flavicollis, three were Apodemus agrarius, two were Microtus guentheri and one was Apodemus sylvaticus. When the results of ELISA were compared to immunoblot results, the optimized ELISA's sensitivity and specificity were found as 100% and 95%, respectively. In this study, a method that can be used in the screening of rodent sera was constituted which uses commercial antigens that can be provided easily, gives fast and reliable results. Similar serological methods optimized for different types of rodents are of great importance for the realization of active follow-up and monitoring of the studies in the field.Article Citation - WoS: 2Citation - Scopus: 2Analysis of Nucleotide Changes in Rt-Pcr Primer/Probe Binding Regions in Sars-Cov Isolates Reported From Turkey(Ankara Microbiology Soc, 2021-07-16) Demir, Ayse Banu; Bulgurcu, Alihan; Appak, Ozgur; Sayiner, Ayca ArzuThe SARS-CoV-2 virus, which caused the COVID-19 epidemic, caused more than 55 million cases and nearly 1.5 million deaths worldwide. For the microbiological diagnosis of the disease, the most valid method is detecting the presence of the viral genome by real-time reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR). However, due to the nature of the RNA viruses, frequent mutations may affect the sensitivity of the analyses made on the genetic material of the virus, such as PCR. In this study, we aimed to investigate the mutations in the primer-probe binding regions of the rRT-PCR panels used in COVID-19 diagnosis. SARS-CoV-2 whole genome sequence data (n= 194) isolated from COVID-19 cases in Turkey and uploaded on GISAID database from the centers in Istanbul (n= 78), Ankara (n= 58), Kars (n= 47), Bursa (n= 2), Adiyaman (n= 2), Erciyes (n= 1) and Kocaeli (n= 1) between March 17-September 14, 2020 were analyzed. In order to determine the nucleotide changes, SARS-CoV-2 sequences from Turkey were compared to the reference genome sequence (NC_045512.1) present in GenBank website. The constructed data set was aligned using the MAFFT program and was checked manually if the sequences were in the same frame by using the AliView program. Primer-probe binding sites of the thirteen SARS-CoV-2 rRT-PCR panels from seven different institutes (US CDC, China CDC, Charite CDC, Pasteur, HKU, Thailand, NIID) that are being used in COVID-19 diagnosis were evaluated in terms of nucleotide changes within the corresponding regions compared to the reference genome. Sequence diversities in the viral genomes were determined via positional nucleotide numerical calculator and entropy calculator modules and nucleotide and entropy changes in primer-probe binding regions for each rRT-PCR panel were examined. Among thirteen different primer-probe panels, nucleotide changes in the target regions of the seven primer-probe panels were determined. When viral sequences with nucleotide changes in the primer-probe binding regions were examined, the most common changes were observed in the China CDC N-forward primer and US CDC N3-forward primer binding regions. It is important that the kits to be used as diagnostic tests are designed specific to the regions with less nucleotide changes. Nucleotide changes may not be critical for DNA amplification for most PCR panels, but should be carefully monitored as they may affect the sensitivity of the assay. If the risk of alteration of the designed region is high, the primer - probe binding sites should be checked frequently and updated when necessary.